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魏晋南北朝时，随着宗教观念与无神论思想的冲突，形神问题的争论又有发展。
佛教宣扬“因果报应”，主张神不灭，认为人的精神不随形体的消灭而消灭。晋代僧人慧远说：神“感物而非物,故物化而不灭。”
道教与佛教不同,主张炼形养神，修行成仙，长生不死。葛洪提出：“有因无而生焉，形须神而立焉。”寇谦之、陶弘景亦持类似观点，都致力于炼丹与医药，以求形神俱得超化，达到形不朽而神不灭的境界。
南北朝时代唯物主义思想家着重对佛教的因果报应与神不灭论展开了批判，主要代表是范缜。范缜著《神灭论》，提出形质神用说，从根本上否定了神不灭。他说：“形者神之质,神者形之用,是则形称其质，神言其用，形之与神不得相异。”质是实体，用是作用，他认为作用是不可能脱离实体而独立存在的。范缜以“质用”关系说明形神，比较彻底地解决了形神问题。
