鳌拜所受的第三次打击是在顺治七年（1650）。这年七月，多尔衮生病，暗示贝子锡翰，想请顺治帝亲临探视自己，锡翰遂秉承其意“请驾临幸”，多尔衮却又以“违令渎请”罪之，并追究鳌拜包庇之罪，论死，后改免死罚赎、降爵。是年十一月，多尔衮死，顺治亲政。
顺治亲政后，闻知鳌拜、索尼等人曾经盟誓“一心为主，生死与共”，忠心耿耿，遂对鳌拜极为敬重，视为心腹重臣。从此以后，鳌拜随侍顺治身边，直接参与管理国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部、协和太后与皇帝之间的关系、祭奠过世王公妃嫔、协助会审案狱，并倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，等等。顺治十三年（1656），鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治亲临鳌拜府邸去看望慰问。顺治十四年（1657）冬，孝庄文皇后（即皇太极妻博尔济吉特氏）病重，顺治朝夕侍侯。鳌拜也昼夜于宫中侍候，都顾不上自己休息吃饭，深获顺治帝的赞赏。
晚年专权
顺治十八年（1661）正月初八，年轻的福临去世。顺治立下遗诏，指定由皇三子玄烨嗣位（即康熙帝），以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。顺治死后，四位辅政大臣曾经在顺治灵前盟誓，表示同心同德辅佐小皇帝玄烨。虽然这一盟誓意义重大，但事实证明四大臣并不能抱成一团，忠心辅主。
位居四辅臣之首的索尼是四朝元老，位望隆重，但已年老多病，畏事避祸，在很多事情上往往疏于过问。苏克萨哈属正白旗，原本依附多尔衮。多尔衮死后，朝局一变，苏克萨哈出来告发刚刚死去的多尔衮，因此受到顺治重用，在四辅臣中名列第二。正由于苏克萨哈是从多尔衮那边分化出来的，索尼等人都瞧不起他。鳌拜与苏克萨哈虽是姻亲，二人却常常因政见不合而发生争论，宛如仇敌。列名第三的遏必隆出自名门，但为人庸懦，遇事无主见，又属镶黄旗，常常附和鳌拜。鳌拜虽居四辅臣之末位，但由于资格老，军功高，常常气势夺人，却得以擅权自重，日益骄横，开始走上专权的道路。
费扬古之子倭赫是康熙身边的侍卫，在御前对鳌拜表现得不怎么礼貌，鳌拜对此深为衔恨。康熙三年（1664）四月，鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢射鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛（鳌拜之弟）。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。不过，鳌拜这次意图打击苏克萨哈的举动失算直接导致了自己的下台。
鳌拜没有想到却有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并无大罪，只因惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。
康熙六年（1667）六月，索尼病死。索尼虽然在生前未能遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个动作却在其身后造成解决鳌拜问题的良好转机。这年，小皇帝玄烨已年满14岁。索尼上书请小皇帝遵循先帝顺治14岁亲政的先例，开始亲政。七月，康熙亲政，加恩辅臣，仍命佐理政务。皇帝已经亲政，却又无法应对鳌拜的威胁，苏克萨哈便上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝。这个举动别有意味，那就是既然苏克萨哈已经卸任（此时他已经排名第一），那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。于是鳌拜给苏克萨哈罗织了心怀奸诈、久蓄异志、欺藐幼主、不愿归政等24款罪名，提出应处凌迟、族诛之刑。康熙同样深知苏克萨哈并不该杀，虽然自己已经亲政，却仍然无力保全苏克萨哈一命。鳌拜气势汹汹，竟在御前“攘臂上前，强奏累日”，最终将苏克萨哈处以绞刑，并诛其族。苏克萨哈的被杀，使鳌拜与康熙之间的矛盾急剧上升。
至此，索尼已故，苏克萨哈被杀，四大辅臣只剩下一个无足轻重的遏必隆，鳌拜更加肆无忌惮，为所欲为。虽然康熙已经亲政，但鳌拜并不想归政于他。当时在康熙宫廷中的法国传教士白晋记载说：“在康熙十五六岁时，四位摄政王中最有势力的宰相（即鳌拜），把持了议政王大臣会议和六部的实权，任意行使康熙皇帝的权威，因此，任何人都没有勇气对他提出异议。”此时的鳌拜已经对康熙的皇权构成了严重威胁。
康熙决意铲除鳌拜集团。鳌拜党羽已经遍布朝廷内外，行动稍有不慎，必将打草惊蛇，酿成大变。康熙决定不露声色，于是挑选一批身强力壮的亲贵子弟，在宫内整日练习布库为戏。鳌拜见了，以为是皇帝年少，沉迷嬉乐，不仅不以为意，心中反暗自高兴。康熙八年（1669）五月，康熙先将鳌拜的亲信派往各地，离开京城，又以自己的亲信掌握了京师的卫戍权。然后他召鳌拜入宫觐见。鳌拜此前常常出入宫廷，不以为奇。这次一召，他就毫无提防地来了。此前，康熙召集身边练习布库的少年侍卫说：“你们都是朕的股肱亲旧，你们怕朕，还是怕鳌拜？”大家说：“怕皇帝。”康熙于是布置逮捕鳌拜事宜。等到鳌拜入宫，康熙一声令下，少年们一拥而上，鳌拜猝不及防，被摔倒在地，束手就擒。
接着，康熙命议政王大臣等审讯鳌拜。大臣们审实后，宣布鳌拜30条罪状，应处以革职、立斩。据法国传教士白晋记载，当时鳌拜请求觐见康熙，让康熙看他为救康熙祖父皇太极而留下的伤疤。结果，累累伤痕和对上两代皇帝的功绩，终于使他保住了性命。康熙念及鳌拜资深年久，屡立战功，且无篡弑之迹，遂对他宽大处理，免死禁锢。其党羽或死或革。不久，鳌拜就在禁所死去， 卒于康熙八年（1669）。
人物评价
康熙诛鳌拜诏：“妄称顾命大臣，窃弄威权。”
乾隆四十五年谕曰：“鳌拜当日自恃政柄在握，辄敢擅权骫法，邀结党羽，残害大臣，罪迹多端，难以枚举。”
和硕康亲王爱新觉罗·杰书等，“鳌拜系国家大臣、背负先帝重托。任意横行。欺君擅权。文武各官、尽出门下。”
清-徐珂：“鳌拜当国，势甚张，以帝幼，肆行无忌。”
清-昭梿《啸亭杂录》：“国初鳌拜辅政时，凡一时威福，尽出其门。”
《清史稿》：“四辅臣当国时，改世祖之政，必举太祖、太宗以为辞。然世祖罢明季三饷，四辅臣时复徵练饷，并令并入地丁考成。此非太祖、太宗旧制然也，则又将何辞？索尼忠於事主，始终一节，锡以美谥，诚无愧焉。苏克萨哈见忌同列，遂致覆宗。遏必隆党比求全，几及於祸。鼇拜多戮无辜，功不掩罪。圣祖不加诛殛，亦云幸矣。”
戴逸：“鳌拜性情刚愎，器量狭隘，势力愈张，骄横日甚。”
余沐《正说清朝十二臣》：“鳌拜作为‘天子自将之师’镶黄旗的重要将领，忠心事主，始终不渝，在皇太极去世后坚决拥立其子为皇位继承人，甚至不惜兵戎相见，最终争得福临继位。他为此与睿亲王多尔衮结下怨仇，在后者摄政期间，多次遭受残酷打击，三次论死。当年曾一起盟誓的黄旗大臣这时早已分化瓦解，改变初衷转而投靠多尔衮者（如谭泰）大获好处。故主皇太极既已去世，其子福临也得以即位，鳌拜此时完全可以为谋求个人利益而党附多尔衮，这在古往今来的官场上是司空见惯之事。但鳌拜面对如此险恶处境，却仍然不屈不挠，始终没有迎合多尔衮。就此而言，鳌拜作为清初一员骁将，其性格是梗直倔强、敢于抗争的。他对故主皇太极忠心耿耿，一片赤诚，而对顺治也始终坚守臣节，称得上是一个难得的忠义之臣。而影视剧中，鳌拜形象给人们留下的都是骄横跋扈、贪婪不法的奸恶形象，他的忠贞梗直这一面恐怕还是鲜为人知的。” …
