永元三年（91年），龟兹、姑墨、温宿等国都投降。朝廷任命班超为西域都护，徐干为长史，拜白霸为龟兹王，派司马姚光来护送他。班超和姚光命龟兹废掉原来的国王尤里多，扶立白霸。姚光把尤里多带回了京师。班超便驻扎在龟兹它乾城。此时，西域诸国，只剩焉耆、危须（今新疆焉耆东北）、尉犁（今新疆库尔勒东北）三国，因为曾经杀害西域都护陈睦，心怀恐惧，尚未归降。其余各国，都已平定。
万里封侯
永元六年（94年）秋天，班超调发龟兹、鄯善等八国的部队共七万人，进攻焉耆、危须、尉犁。大军行到尉犁地方，班超派使者通告三国国王：“都护这次到这里来，只想要安定、抚慰三国。你们如果想要改过从善，就应该派首领来迎接我们，那么你们王侯以下的人都会得到赏赐。抚慰完毕我们便会回军。现在赏赐你们国王彩色丝绸五百匹。”焉耆王广便派左将北鞬支送来牛酒，迎接班超。班超指责他说：“你虽然是匈奴侍子，可你掌握了国家大权，我都护亲自来到，你们国王不按时欢迎，都是你的罪过。” 班超手下的人劝他杀了北鞬支，班超不同意，他说：“这不是你们能考虑到的。这个人的权力比国王还要重。现在我们还没有进入他们的国境便杀了他，会让他们产生怀疑，如果他们加强防备，守住险要，我们怎么能够到得他们的城下呢？”于是班超送给北鞬支不少礼物，放他回国。焉耆王广见北鞬支安然无恙，就亲率高官在尉犁迎接班超，奉献礼物。
但他并非真想让班超进入他的国境。焉耆王一从班超那里返回，立即下令拆掉了国境山口的围桥，班超却从别的道路进入其国，在距王城二十里的地方驻扎部队。焉耆王见班超突然到来，大惊，想逃入山中顽抗。焉耆国左侯元孟，过去曾在京师作为人质，悄悄派使者向班超报信。班超为了稳定焉耆国贵族，斩杀了元孟的使者。班超定下时间宴请三国国王及大臣，声言届时将厚加赏赐。焉耆王广、尉犁王泛及北鞬支等三十多人信以为真，一起到会。焉耆国相腹久等十七人害怕被杀，逃跑了，危须王也没有来。
宴会开始，大家坐定，班超突然变了脸色，责问焉耆王等：“危须王为什么不来？腹久一班人为什么逃跑？”喝令武士把广、泛等一举捉获，并在当年陈睦所驻的故城，把他们全部斩杀，传首京师。又纵兵抢掠，斩杀五千多人，俘获一万五千人，马畜牛羊三十多万头。班超另立元孟为焉耆国王，为稳定局势，班超在那里停留了半年。至此，西域五十多个国家都归附了汉王朝，班超终于实现了立功异域的理想。
永元七年（95年），朝廷为了表彰班超的功勋，下诏封他为定远侯，食邑千户，后人称之为“班定远”。
永元九年（97年），班超派甘英出使大秦（罗马帝国），甘英至西海（波斯湾）而还。
归国病逝
班超感觉久居在偏远的异地，年老以后便逐渐开始思念故国。
永元十二年（100年），班超上书朝廷请求能够回国，他的妹妹班昭也上书请求把班超召回国，奏章送达后，和帝被感动，于是召班超回朝。班超在西域共三十一年。
永元十四年（102年）八月，班超回到洛阳后，被任命为射声校尉。班超的胸肋本来就有病，在回国后，病情加剧，和帝派遣中黄门慰问，并赐给他医药。
同年九月，班超逝世，享年七十一岁。朝廷感到怜悯，派使者专门吊唁致祭，赏赐极为优厚。
人物评价
总评
班超居家常亲事勤苦之役，不耻劳辱。他口齿辩给，博览群书，能够权衡轻重，审察事理。他为人有大志，不修小节，但内心孝敬恭谨。他以非凡的政治和军事才能，在西域的三十一年中，正确地执行了汉王朝“断匈奴右臂”的政策，自始至终立足于争取多数，分化、瓦解和驱逐匈奴势力，因而战必胜，攻必取。不仅维护了东汉的安全，而且加强了与西域各族的联系，为平定西域，促进民族融合，做出了卓越贡献。
历代评价
相者：生燕颔虎颈，飞而食肉，此万里侯相也。
刘庄：吏如班超，何故不遣而更选乎？
刘炟：超遂逾葱领（帕米尔高原），迄县度（兴都库什山），出入二十二年，莫不宾从。改立其王，而绥其人。不动中国，不烦戎士，得远夷之和，同异俗之心，而致天诛，蠲宿耻，以报将士之仇。
班昭：超以一身转侧绝域，晓譬诸国，因其兵众，每有攻战，辄为先登，身被金夷，不避死亡。
范晔《后汉书》：①时政平则文德用，而武略之士无所奋其力能，故汉世有发愤张胆、争膏身于夷狄，以要功名，多矣。祭肜、耿秉启匈奴之权，班超、梁慬奋西域之略，卒能成功立名，享受爵位，荐功祖庙，勒勋于后，亦一时之志土也。②定远慷慨，专功西遐。坦步葱、雪，咫尺龙沙。
王禹偁：自古画策安边，铭功绝域者，赵充国班定远称为名将。然皆年余七十，垂老穷荒，而后能著其效。非一朝一夕之故也！
傅伯寿：陈汤之斩单于，傅介子之刺楼兰，冯奉世之平莎车，班超之定西域，皆为有汉之隽功。
陈普：三十六人抚西域，六头火炬走匈奴。古今参合坡头骨，尽是离披见鹘乌。
张预《十七史百将传》：孙子曰：“过则从。”超之吏士谓“死生从司马”。又曰：“火人。”超因风纵火而杀虏使。又曰：“衢地合交。”超请招慰乌孙而攻龟兹。又曰：“用而示之不用。”超欲击莎车而诡言散去。又曰：“以饱待饥。”超收谷坚守而败月氏是也。
徐钧：人生适意在家山，万里封侯老未还。燕颔虎头成底事，但求生入玉门关。
冯梦龙：必如班定远，方是满腹皆兵，浑身是胆。赵子龙（赵云）、姜伯约（姜维）不足道也。
黄道周：班超壮士，燕颔虎头。困而投笔，远博封侯。鄯礼忽衰，知有敌谋。三十六人，危亡之秋。激众举火，夜烧尽遒。鄯善碎胆，纳子拜投。更使西域，斩巫若沤。疏勒辨种，立忠逐兜。一时威德，有恩有仇。恐汉弃我，抱马足留。威震西域，不许妄求。逆既诛斩，降则准收。五十余国，贡属不休。玉关生入，壮志大酬。
王夫之：①班超以简，而制三十六国之命，子勇用之而威亦立。 ②班超之于西域，戏焉耳矣；以三十六人横行诸国，取其君，欲杀则杀，欲禽则禽，古今未有奇智神勇而能此者。盖此诸国者，地狭而兵弱，主愚而民散，不必智且勇而制之有余也。万里之外，孱弱之夷，苟且自王，实不能逾中国一亭长。其叛也，不足以益匈奴之势；其服也，不足以立中夏之威；而欺弱凌寡，挠乱其喙息，以诧奇功，超不复有人之心，而今古称之，不益动妄人以为妄乎？发穴而攻蝼蛄，入沼而捕鳅鯈，曰：“智之奇勇之神也。一有识者笑之久矣。”光武闭玉门，绝西域，班固赞其盛德。超，固之弟也。尝读固之遗文，其往来报超于西域之书，述窦宪殷勤之意，而羡其远略，则超与固非意异而不相谋也。其立言也如彼，其兄弟相奖、诬上徼幸以取功名也如此，弄文墨趋危险者之无定情，亦至此乎！班氏之倾危，自叔皮而已然，流及妇人而辩有余，其才也，不如其无才也。 ③班超之告任尚曰：“塞外吏士，本非孝子顺孙，皆以罪过徙补边屯，宜荡佚简易，宽小过，总大纲。”此后世将兵之善术也，然繇此而言兵者难矣。严之，则兵心离而无与效死；宽之，则恣其骄暴而以病民；故曰难也。
赵翼：班超、梁慬同卷，以其立功绝域也。
郑观应：古之为将者，经文纬武，谋勇双全；能得人，能知人，能爱人，能制人；省天时之机，察地理之要，顺人和之情，详安危之势。凡古今之得失治乱，阵法之变化周密，兵家之虚实奇正，器械之精粗巧拙，无不洞识。如春秋时之孙武、李牧，汉之韩信、马援、班超、诸葛亮，唐之李靖、郭子仪、李光弼，宋之宗泽、岳飞，明之戚继光、俞大猷等诸名将，无不通书史，晓兵法，知地利，精器械，与今之泰西各国讲求将才者无异。
蔡东藩《后汉演义》：①西汉有张骞，东汉有班超，皆一时人杰，不可多得。吾谓超之功尤出骞上，骞第以厚赂结外夷，虽足断匈奴右臂，而浪糜金帛，重耗中华，虽曰有功，过亦甚矣。超但挈吏士三十六人，探身虎穴，焚杀虏使，已见胆力；厥后执兜题，定疏勒，指挥任意，制敌如神，而于中夏材力，并不妄费，此非有大过人之才智，宁能及此？ ②用夷攻夷，原攘夷之上策，但亦必才如班超，方足收功，否则平虏不足，启衅有余，几何而不丧师偾事耶！ ③疏勒王忠，为超所立，乃以莎车之厚赂，甘心背超，戎狄之贪利忘义，可见一斑。幸超能将计就计，不烦血刃，缚而诛之，南道复通。或谓超专以诈计御虏，故虏亦报以诈谋。讵知兵不厌诈，本诸古训，宋襄陈余，为千古笑，况施诸戎狄间乎？厥后拔莎车，却龟兹诸国，老成胜算，游刃有余，而西域乃为之胆落。盖御虏之道，智略为先，兵力次之，不如是不足以挫彼凶横也！超真一人杰矣哉！ ④投笔从戎胆略豪，积功才得换征袍；漫言生相原应贵，要仗胸中贯六韬。 ⑤班超有抚定西域之大功，年老不得召归，幸有同产女弟之博学贞操，为后宫所师事，方得以一篇奏牍，上感九重。至超归而月余即殁，狐死首丘，吾犹为超幸矣！ …
