由于《国记》秉笔直书，尽述拓跋氏的历史，详备而无所避讳，其中直书了拓跋氏一些不愿人知的早期历史。而石碑树立在通衢大路旁，引起往来行人议论。鲜卑贵族看到后，无不愤怒，先后到拓跋焘前告状，指控崔浩有意暴扬国恶。拓跋焘命令收捕崔浩及秘书郎吏，审查罪状。崔浩被捕后，承认自己曾经接受过贿赂。其实他对自己所犯何罪，也不明白。拓跋焘亲自审讯他时，他惶惑不能应对。
公元450年7月5日（太平真君十一年六月己亥），太武帝诛杀崔浩。在送往城南行刑时，“卫士数十人溲（撒尿）其上，呼声嗷嗷，闻于行路。自宰司之被戮，未有如浩者”。同时，秘书郎吏以下也都被杀，而清河崔氏同族无论远近，姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏都被连坐灭族。史称“国史之狱”
北方士族在“国史之狱”遭到了沉重打击。宋人刘攽等说：“拓跋氏乘后燕之衰，蚕食并、冀，暴师喋血三十余年，而中国略定。其始也，公卿方镇皆故部落酋大，虽参用赵魏旧族，往往以猜忌夷灭”。他们指出鲜卑贵族与赵魏大族的矛盾，是颇有见地的，而崔浩正是这种矛盾的牺牲品，“国史之狱”只不过是一个借口罢了。
不久，太武帝北巡阴山，后悔诛杀崔浩。时北部尚书宣城公李孝伯病世，拓跋焘说：“李宣城可惜！”既而又说：“朕失言，崔司徒可惜，李宣城可哀！”
轶事典故
讨论诸葛亮
崔浩与毛修之交好，常常与他共同论说。讨论时，谈到陈寿《三国志》作者有古代良史风范，其所著述，文义典正，都是扬于王廷的文字，虽微却显，婉而成章，班史以来还没有超过陈寿的。
毛修之说：“我过去在蜀地，听长老说，陈寿曾任诸葛亮门下书佐，被诸葛鞭挞百下，所以他论诸葛武侯说：‘应变将略，非其所长。”崔浩于是与他论说道：“承祚评述诸葛亮的时候，是有故意过美之誉，按查诸葛亮的行迹，不是不相符，不是夹带私恨。为什么这样说呢？诸葛亮任刘备的丞相，正当九州鼎沸之际，英雄奋发之时，君臣相得，鱼水合欢，却不能与曹氏争夺天下，舍弃荆州，退入巴蜀，诱夺刘璋，伪连孙氏，据守穷困崎岖之地，僭号边夷之间。这是下策了。诸葛亮可与赵他为偶，而拿他与管仲、萧何相比，不也是言过其实？说陈寿贬抑诸葛亮并未失实。况且诸葛亮既然据有蜀地，依山势险固，不达时宜，不量势力。严威酷法，控制蜀人；矜才负能，意气矫举。想以边夷之众与上国抗衡。出兵陇右，再攻祁山，又攻陈仓，疏漏迟缓失去时机，大败而返；后入秦川，不再攻城，要求野战。魏兵知其意图，闭垒坚守，以不战使诸葛服。诸葛智穷势尽之后，郁愤攻心，发病而死。由此说来，哪能与古代善战将帅见可而进，知难而退的做法相比呢？”毛修之认为崔浩说的很有道理。
人物评价
总评
崔浩作为军事谋略家，深为道武帝、明元帝和太武帝所器重。作为统一战争的谋主，崔浩参与了北魏王朝三代帝王重大的军事决策，多谋善断，算无遗策，屡建功勋，在北魏统一中国北方的一系列战争中起了重要作用。此外，崔浩才艺通博，除了在军事和政治上的成就外，在天文、历法、法律、饮食、宗教等方面都做出过重要贡献。 崔浩的才干与权力，引起了执政的北方贵族及其他人的忌妒，相与谮毁，以修史宣杨“国恶”的罪名被灭九族。
历代评价
拓跋嗣：“崔浩博闻强识，精于天人之会。”
拓跋焘：“卿才智渊博，事朕祖考，忠著三世，朕故延卿自近。其思尽规谏，匡予弼予，勿有隐怀。”
魏收：“崔浩才艺通博，究览天人，政事筹策，时莫之二，此其所以自比于子房也。属太宗为政之秋，值世祖经营之日，言听计从，宁廓区夏。遇既隆也，勤亦茂哉。谋虽盖世，威未震主，末途邂逅，遂不自全。岂鸟尽弓藏，民恶其上？将器盈必概，阴害贻祸？何斯人而遭斯酷，悲夫！”
《魏书》：“浩织妍洁白，如美妇人。而性敏达，长于谋计。常自比张良，谓已稽古过之。”
朱敬则：“神人无功，达人无迹。张子房元机孤映，清识独流。践若发机，应同急箭；优游澹泊，神交太虚，非诸人所及也。至若陈平、荀彧、贾诩、荀攸、程昱、郭嘉、田丰、沮授、崔浩、张宾等，可谓天下之菁英。帷幄之至妙，中权合变，因败为功，爰自秦汉，讫於周隋。”
苏图元：“张宾崔浩，曾施神国之谋。荀彧田丰，亦运制胜之策。”
杜牧：“周有齐太公，秦有王翦，两汉有韩信、赵充国、耿恭、虞诩、段颎，魏有司马懿，吴有周瑜，蜀有诸葛武侯，晋有羊祜、杜公元凯，梁有韦睿，元魏有崔浩，周有韦孝宽，隋有杨素，国朝有李靖、李勣、裴行俭、郭元振。如此人者，当此一时，其所出计画，皆考古校今，奇秘长远，策先定於内，功后成於外。”
徐钧：“智谋断国灼蓍龟，自比留侯果是非。一死人言缘史事，谁知谋泄为南归。”
陈亮：“夫崔浩之佐魏，料敌制胜，变化无穷，此其智之不可敌，虽子房无以逺过也，而其料柔然尤为竒中。”
陈子龙：”自汉以后，文武渐分，然犹有虞诩、诸葛亮、周瑜、陆逊、司马懿、羊祜、杜预、温峤、谢玄、韦睿、崔浩、李靖、裴行俭、郭元振、裴度、李德裕、韩琦、李纲、虞允文之徒奋策儒素建功阃外，为时宗臣。彼岂必有抟虎之力，射雕之技哉？不过深明古今之事，能决机宜之便耳。“
王夫之：“于崔浩以史被杀，而重有感焉。浩以不周身之智，为索虏用，乃欲伸直笔于狼子野心之廷，以速其死，其愚固矣。然浩死而后世之史益薉，则浩存直笔于天壤，亦未可没也。直道之行于斯民者，五帝、三王之法也，圣人之教也，礼乐刑政之兴废，荒隅盗贼之缘起，皆于史乎徵之，即有不典，而固可徵也。若浩者，仕于魏而为魏史，然能存拓拔氏之所繇来，详著其不可为君师之实，与其乘闲以入中国之祸始，俾后之王者鉴而知惧，以制之于早，后世之士民知媿而不屑戴之为君，则浩之为功于人极者亦伟矣。浩虽杀，魏收继之，李延寿继之，撰述虽薉，而诘汾、力微之薉迹犹有传者，皆浩之追叙仅存者也。”
康熙帝：崔浩研精经术，练习政事，洵魏臣之杰出者。其不信佛法，尤度越时俗，卓然高蹈，何乃师受道士之术而崇奉尊礼之？且上其书以蛊惑君心，得罪名教不浅。
政治主张
《魏书?卢玄传》记载崔浩欲“齐整人伦，分明姓族”，卢玄曾经劝他“宜其三思”可是崔浩的态度是“虽无异言，竟不纳。”点明了崔浩的死因。从社会阶级去解释崔浩，会发现他代表的是北方的士族，他的思想也是北方士族的思想，《魏书?崔浩传》提到崔浩“留心于制度、科律及经术之言。作家祭法，次序五宗，蒸尝之礼，丰俭之节，义理可观。性不好老庄之书。”这是东汉以来儒家大族的传统，后面又谓崔浩“上推太初，下尽秦汉变弊之迹，大旨先以复五等为本。”其中“五等”即是儒家士族的理想，《三国志》记载：“相国晋王奏复五等爵。”可见得崔浩与司马氏的理想相符。
崔浩选士是家世与人伦并进，在他心目中，能具备高官及儒学二条件之姓族，才是他理想的一等门第，透过选士，最终目的就是复兴儒家的五等爵制。《北史?李?》提到选助教时，崔浩“举其弟子箱子与卢度世、李敷三人应之。”他不选李?是因为他出自范阳李氏，非高门大族，反观之，李敷出自赵郡李氏，卢度世出自范阳卢氏，皆出自高门。
死因考证
陈寅恪认为：“崔浩之死，或以为是华夷之辨的民族问题，或以为是佛道之争的宗教问题，其实不然，其主要原因应在社会阶级方面，即崔浩欲“齐整人伦，分明姓族。”终因国史之事罹祸。”
华夷之辨，实非崔浩致死之因，《宋书?柳元景传》记载柳光世言：“虏主拓跋焘南寇汝、颍，浩密有异图，光世要河北义士为浩应。浩谋泄被诛，河东大姓坐连谋夷灭者甚众。”似崔浩有民族意识，其实不对，因为崔浩常为鲜卑出谋献策，对北魏帮助莫大，《宋书?柳元景传》说的偏袒南朝实则是崔浩依实际情势做的判断而已，且《魏书?卢度世传》论及崔浩竟未提此事，《通鉴?考异》司马光亦云：“《宋书?柳元景传》与魏事不同，今从《后魏书》。”可见得柳光世之言，不过虚张华夷之见自托于南朝，不足为据。…
