公元前46年，恺撒回罗马后召集军队，攻打逃至北非与努米底亚王犹巴结成同盟的庞培余党，于塔尔索斯会战中获完全胜利。之后，恺撒回到罗马，进行长达十天的凯旋式。
回到罗马的恺撒推动各项改革，包括给予北意大利和西西里岛人民罗马公民权、请专家制作儒略历、建立和平广场等。
在公元前45年，庞培两个儿子逃到西班牙发动叛乱，恺撒再次远征西班牙，于孟达会战中击败叛军，庞培长子劳斯阵亡，次子流亡西西里。恺撒回国之后，于公元前44年宣布成为终生独裁官。
凯撒之死
公元前44年，为拯救卡莱会战中被俘虏的9000名罗马士兵，
恺撒宣布将远征帕提亚。但是，当时的占卜师说“只有王者才能征服帕提亚”，此举更加深共和派议员的不安，认为恺撒终将称王。二月，在一项典礼上，执政官安东尼将花环献给恺撒，并称呼恺撒为王。虽然恺撒拒绝，但反恺撒一派却变的更为恐惧，于是策划谋杀恺撒。
参加反对恺撒的阴谋的大约有60多人，为首的是该尤斯·卡西乌斯、马可斯·布鲁图斯、德基摩斯·布鲁图斯。他们称自己为解放者（Liberators），这些人在刺杀恺撒前曾和卡西乌斯会面，卡西乌斯告诉他们说如果东窗事发他们就必须要自杀。在公元前44年3月15日，一群元老叫恺撒到元老院去读一份陈情书，陈情书是元老写来要求恺撒把权力交回议会。可是这陈情书是假的。当马克·安东尼从一个叫做卡斯卡的解放者那里听到消息，他赶紧到元老院的阶梯上要阻挡恺撒。可是这些参与预谋的元老在庞贝兴建的剧院前先找到了恺撒，把他领到了剧院的东门廊。
恺撒在读这假的陈情书的时候，卡斯卡把恺撒的外套给脱开然后用刀刺向他脖子。恺撒警觉到卡斯卡，转过身抓住卡斯卡的手，用拉丁语说：“恶人卡斯卡，你在作什么?”被吓到的卡斯卡转向其他元老，用希腊话说：“兄弟们，帮我！”。一下子包含布鲁图斯的所有人都开始刺向恺撒。恺撒想要脱逃，可是因为血流太多眼睛看不见所以摔倒，最后这些人在他倒在地上的时候把他杀害了。根据史学家尤特罗匹斯（Eutropius）的说法，当时有60多人参与这谋杀。
阴谋者本想把他的尸体投入台伯河，但是慑于执政官马克·安东尼和骑兵长官雷必达而没有这么做。
恺撒的遗嘱是按照其岳父的要求，在马克·安东尼的家中启封宣读的。这份遗嘱是在前一年的9月13日立下的，并一直保存在维斯塔贞女祭司长手里。在这份遗嘱中，恺撒指定自己姐姐的三个孙子为自己的继承人：给屋大维四分之三的财产，其余四分之一由鲁基乌斯·皮
那留斯和克文图斯·佩蒂尤斯分享；为自己可能出世的孩子指定了监护人，其中几个竟是参与阴谋的凶手；还指定屋大维为自己的家庭成员，将自己的名字传给他，并规定德基摩斯·布鲁图斯为第二顺序继承人；此外，他还把台伯河的花园留给人民公用，并赠予每个公民300塞斯特尔提乌斯。
阴谋刺杀他的人中间，几乎没有谁在他死后活过3年的。所有人都被判有罪，并以不同方式死于非命：一部分人死于海难，一部分人死于屋大维和其他恺撒部将随后发动的战争，有些用刺杀恺撒的同一把匕首自杀。
恺撒死时58岁，死后被按照法令列入众神行列，被尊为“神圣的尤利乌斯”。
