在讨伐西川的同时，当时实力最强的河东节度使李克用被朱温、李匡威、赫连铎联军打败，这对昭宗来说是一个天大的喜讯。从个人情感上讲，昭宗对李克用一直没有好感。李克用出身沙陀贵族，仅此一点就使深受传统民族观念影响的昭宗对他怀有疑虑，而且李克用带领的这支军队对唐朝也是功过参半。李克用曾经帮助唐朝消灭了黄巢起义军，为兴复唐室立下了汗马功劳，也曾经兵临长安，逼迫僖宗再度流亡，昭宗自己也饱受颠沛之苦。但最重要的是，当时对朝廷威胁最大的几股势力中，李克用的沙陀军队最强大。李克用兵多将广，势力庞大，是当时屈指可数的几个强藩之一。昭宗要削弱强藩，首先便将李克用列入打击的对象。但是，当时的中央禁军不仅人数不多，也缺乏训练，根本无法与李克用相抗衡，只能借助其他藩镇的力量。
与此同时，朱温、李匡威、赫连铎三人上书表示李克用不除，终是国患，因此要继续攻打李克用。昭宗接到奏章后，更是喜上加喜，如果出现两败俱伤的局面那就再好不过了。但是，昭宗心头也有一些不安，毕竟李克用在黄巢起义中为唐王室立下了赫赫战功，趁着李克用新败去讨伐，从情理上说不过去。更重要的是，朱温、李匡威、赫连铎的军队能否再次打败李克用还是个疑问。如果李克用失败了还好说，万一他胜利了，昭宗自己将处于非常不利的境地。昭宗感到事情难以决断，便召开殿前会议，令三省及御史台四品以上官员讨论此事，没想到除了几个大臣同意以外，绝大部分大臣都反对。但最终，昭宗还是决定下诏讨伐李克用。于是，昭宗任命宰相张浚为行营都招讨，又任命几个节度使为招讨使，组成了一个松散的讨伐联盟，择日向李克用所在的领地出发。
李克用认为张浚所率领的中央禁军是乌合之众，不足为虑；朱温虽然实力强劲，但由于领地四周敌人众多，无法全力进攻，对自己尚不能构成重大威胁；只有李匡威、赫连铎所率领的军队才是自己的真正对手。于是，他派遣少部人马去对付张浚和朱温，自己则率领主力部队抵御李匡威和赫连铎。张浚率领中央禁军，一心只想为朝廷多占些土地，生怕被同行的几个节度使抢去，于是不顾实力的弱小，一味向前，正好遇到了号称河东第一猛将的李存孝。李存孝虽然带的军队不多，但是面对十倍于自己的官兵却毫不惊慌，他设计诱使张浚的前锋中了自己的埋伏，轻易地活捉了张浚的前锋官。
张浚军的失利，大大挫伤了联军的士气，朱温的军队也没什么进展，反而吃了几个败仗。李匡威和赫连铎虽然开始时还算顺利，但当李克用率领主力部队赶到后就难以抵挡了，接连吃了败仗，李匡威和赫连铎狼狈逃走，人马损失一万多，连李匡威的儿子和赫连铎的女婿都成了李克用的俘虏。在打败李匡威和赫连铎后，李克用率领大军掉头杀向张浚，轻松地击溃了张浚的军队，河东战役到此告一段落。
昭宗面对这种结局，心中懊恼自己的判断失误；沮丧自己即位后所做的削藩努力通通付之东流；伤心自己组建的禁军在这一战中损失殆尽；恐惧李克用以武力相威胁。为了平息李克用的怒火，昭宗罢免了当初赞成出兵的官员。
西川之役与河东之役，是昭宗即位后进行的两次削藩战争，但是结果却与当初设想的大相径庭：西川之役虽然最终消灭了田令孜，但是却最终失去了西川，让王建在那里建立了一个独立王国；河东之役虽然确实削弱了李克用，但是自己辛辛苦苦创建的中央禁军折损大半。朱温则坐收渔翁之利，助讨本身就提高了他的声望，李克用被削弱也解除了对其领地的威胁，使朱温得以集中精力去消灭四周的势力。从此朱温的实力一天天壮大起来，昭宗间接上帮助朱温成为了中原霸主，为唐朝的灭亡埋下了祸根。
见欺茂贞
这两次失败使昭宗的威望损失殆尽，逐渐沦落为诸侯们随意侮辱的对象。讨伐李克用的失败使藩镇对朝廷更加藐视，最直接和最可怕的对手就是李茂贞。此时的李茂贞已经加封为陇西郡王，势力有了大的发展，他开始对朝政关心起来，有了当皇帝的意思。一些大臣认为他指手画脚，眼中没有君主，便对他加以斥责。李茂贞不肯服软，立即修书一封反击。朝中一些大臣为了巩固自己的权势，也和李茂贞联合，对抗其他大臣，这使李茂贞更加骄横，言语当中经常有不恭敬之词。
景福二年（公元893年）七月李茂贞在一封写给昭宗的信中嘲笑朝廷的软弱态度，信的结尾这是那句名言，“未审乘舆播越，自此何之！”，唐昭宗勃然暴怒，与宰相杜让能商议惩罚李茂贞，杜让能却进谏道：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”昭宗大骂让能：“王室
日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。” 战争是打响了，但朝廷的军队还是以失败告终，李茂贞领兵进军长安问罪。忠心的宰相杜让能站出来，用性命为昭宗化解了一难。此后大臣们也和昭宗走的远了。
乾宁二年，李茂贞又指使宦官杀死了另一个宰相崔绍纬，再次移师长安，昭宗被迫逃往河东去寻求李克用的庇护。而走到半路被李茂贞的盟友，华州刺史韩建追上，韩建恐吓昭宗说：“车驾渡河，无复还期。”挟持昭宗于乾宁三年七月十七抵达华州，堂堂一国之君就这样被大臣幽禁了将近三年，期间皇室宗亲覃王嗣周，延王戒丕，通王滋，沂王禋，彭王惕，丹王允，及韶王、陈王、韩王、济王、睦王等十一人被杀，直到乾宁五年。
这一年朱温占据了东都洛阳，局势发生了重大变化。这导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，他们决定宁可让昭宗回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是昭宗在乾宁五年的八月回到长安，同时宣布改元“光化”，以资庆祝。
一回到长安，在宦官和官僚们之间的旧有矛盾又引起了另一场危机。以中尉刘季述为首的宦官垂死挣扎，进行最后的抗争，他们策划废黜昭宗，拥立太子。光化三年（公元900年）十一月，宦官们实现了他们的计划，将昭宗关在了他最熟悉的少阳院，为了防止昭宗逃跑，又熔铁浇在锁上，每日的饭食则从墙跟挖的小洞里送进去。
但是宦官们害怕李克用、李茂贞和韩建等人会兴师问罪，将包袱抛给了朱温。而朱温并不想在残酷的宫廷政治中使自己陷得太深，相反他派人将实行政变的宦官们一个个都暗杀了，于光化四年拥立昭宗复位，昭宗改元天复，加封朱温为梁王。
而李茂贞听说昭宗复位，特意从凤翔赶到长安，厚颜无耻的请求加封岐王，无功受禄，显得异常跋扈。此后宰相崔胤想借朱温的力量诛杀宦官，大宦官韩全诲则和李茂贞联合，请来李茂贞的几千兵马驻守京城，保护长安。半年后朱温领兵讨伐韩全诲，韩全诲便迫使昭宗一起逃到了凤翔。朱温紧追不舍，将凤翔城包围起来。一直围困了一年多，李茂贞守得粮草用尽，从冬到春，雨雪又多，城里每天饿死和冻死的就有一千人，唐昭宗在宫中弄个小磨，每天磨豆麦喝粥，喝得他一点力气也没有。宫人们每天也有三四人死亡，百姓更惨，吃人的现象都很普遍了，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉充当。”直到天复三年（公元903年）正月李茂贞实在没法再守下去了，和昭宗商量了一下，便将韩全诲等二十多名宦官斩杀，将他们的首级送给城外的朱温，同时将昭宗也交给了朱温。朱温带着到手的皇帝撤兵东去。
受制朱温
回到长安，朱温命令他的士兵将几百名剩下的宦官赶到内侍省，在那里将他们残酷地杀掉，困惑中晚唐的宦官问题终于被朱温解决了。但是昭宗也完全落入了朱温的监控之下，苟延残喘的度过了他生命中的最后时光。大概是为了报答朱温，昭宗任命朱温为诸道兵马副元帅，相当于军队副总司令。又加封朱温为梁王，并赐“回天再造竭忠守正功臣”的荣誉称号，还有御笔《杨柳词》五首。朱温早就利欲熏心，看重的怎会是这些呢？…
