刘裕在进建康城后，派诸将追斩桓玄，安帝在江陵复位。然而，桓氏势力仍在荆州盘据，并反攻江陵。直至义熙元年（405年），晋军才再收复江陵，驱逐当地桓氏势力，并迎安帝返回建康。不久，刘裕还镇丹徒。
收复淮北
义熙元年（405年），刘裕遣使到后秦，要求后秦归还之前占领的南
乡、顺阳、新野、舞阴等淮北诸郡，后秦皇帝姚兴可能鉴于西面战事吃紧，不想再在东面又与刘裕为敌，于是答应将淮北的南乡、顺阳、新野、舞阴等十二郡全部归还给东晋。
义熙二年（406年），刘裕因功受封为豫章郡公，食邑万户，赏绢三万匹，他的僚佐只比原太傅谢安府的僚佐低一等。义熙四年正月（407年），因王谧去世，刘裕听从刘穆之劝言，入朝商议继任人选 ，终获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事、徐兖二州刺史，入掌朝政大权。
攻灭南燕
主词条：刘裕灭南燕之战
东晋自偏安以来，时时面临着北方的威胁。祖逖、庾亮、殷浩、桓温都曾先后北伐，但无一成功。为了强大自身，刘裕决定兴师北上。
义熙五年（409年），南燕主慕容超袭位，纵兵肆虐淮北，俘虏阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱掠百姓千余家。刘裕为抗击南燕，外扬声威，于四月自建康（今南京）率舟师溯淮水入泗水。 五月，进抵下邳（今江苏睢宁西北），留船舰、辎重，改由陆路进至琅邪（今山东临沂北）。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。南燕鲜卑人恃勇轻敌，对晋军进入其境不以为虑。慕容超没有采纳征虏将军公孙五楼“凭据大岘山（今山东沂山）之险，使晋军不能深入”或“坚壁清野”、“断晋粮道”之良策。六月，刘裕未遇抵抗，过莒县（今属山东日照），越大岘山。南燕主慕容超先遣公孙五楼、贺赖卢及左将军段晖等，率步、骑兵5万进据临朐（今属山东潍坊）。慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑4万继后。燕军至临朐，慕容超派公孙五楼率骑前出，控制临朐城南的巨蔑水（今山东弥河）。与晋军前锋孟龙符遭遇，公孙五楼战败退走。刘裕以战车4000辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推进。晋军进抵临朐南，慕容超派精骑前后夹击。两军力战，胜负未决，刘裕采纳参军胡藩之策，遣胡藩及谘议参军檀韶、建威将军向弥率军绕至燕军之后，乘虚攻克临朐。慕容超单骑逃往城南左将军段晖营中。刘裕纵兵追击，大败燕军，段晖等十余将被斩。慕容超逃还广固（今山东青州西北）。刘裕乘胜追击北上，攻克广固外城。慕容超退守内城。刘裕筑围困之，招降纳叛，争取民心，并就地取粮养战。慕容超被困于广固内城，先后遣尚书郎张钢、尚书令韩范，驰往后秦求援。
七月，后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵一万，与洛阳守将姚绍汇合，统兵共救南燕。并遣使向刘裕宣称，后秦以10万兵屯洛阳，若晋军不还，当长驱而进。刘裕识破姚兴虚张声势，不为所动。不久，姚兴被夏主刘勃勃击败于贰城，遂令姚强撤周长。慕容超久困于广固，不见后秦援兵，欲割地、称藩于东晋，刘裕不允。南燕大臣张华、封恺、封融及尚书张俊相继降晋。九月，刘裕截获为借兵去后秦的韩范，使其绕城而行，以示后秦救兵无望，城内南燕守军惊恐。十月，燕臣张纲被俘，晋军制成飞楼、冲车等各种攻城器具，加强攻防能力。
义熙六年（410年）二月，南燕贺赖卢、公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。刘裕乘机四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，南燕灭亡。刘裕以广固久守不降为由，入城后，尽杀南燕鲜卑族王公以下3000人以泄愤。 慕容超被押送回师，在建康街头斩首。
平定卢循
主词条：晋安之乱
占据岭南的卢循、徐道覆趁刘裕领兵在外，于义熙六年（410年）起兵，进攻江州。朝廷急征刘裕，而当时刘裕刚灭南燕，收到诏书就撤还建康。刘裕至山阳（今江苏淮安市）时知江州刺史何无忌已战死，于是加速回防建康，并于四月赶至。五月，豫州刺史刘毅大败于卢循。卢循继续东下，而刘裕当时就招募兵众，修治石头城并于当地聚兵。不过，由于刘裕急急南返，士卒多有伤病，而建康兵力亦不过千人，面对有十多万人的卢循大军显得实力悬殊，然而刘裕坚决不肯接受诸葛长民及孟昶奉安帝北归广陵避敌的建议，决意死战。
卢循军到后停驻蔡洲（今江苏江宁县西南江中），刘裕就以木栅阻断石头城及淮口，修治越城（今江宁县南）并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以御卢循，卢循曾分疑兵进攻白石及查浦，自率大军进攻丹阳郡，但都没有取胜，而且在各县中都无法抢掠到物资，被逼于七月退兵江州。同年十月，刘裕率刘藩、檀韶、刘敬宣等人进攻卢循，并于十二月以火攻击败卢循船队。卢循败后试图于左里（今鄱阳湖口）挡住刘裕，但刘裕率军奋战，卢循军无法阻挡而大败，卢循因而南逃广州。刘裕早于卢循撤出蔡洲后，就已派孙处及沈田子经海路攻占了卢循的根据地番禺，卢循一再败逃，终为交州被刺史杜慧度所杀。
征讨刘毅
刘裕于义熙七年（411年）班师回到建康，受太尉、中书监职位。次年（412年）四月，朝廷以刘毅为荆州刺史。此时，刘毅还割据着豫州、江州，都督荆宁秦雍四州及司州之河东河南广平、扬州之义城四郡诸军事，雄兵一方，其弟刘藩同时还占据着兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区。而刘毅自以能力不亚于刘裕，甚不服在刘裕以下，他表面上拥戴刘裕，内心却极度妒恨，刘裕虽每每以宽柔随顺他，但刘毅骄纵跋扈越加严重 ，多次阻扰刘裕推行政令和布置人事。并打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕。 他亦得朝中有名望人士归心交结，故此迁镇荆州时就将大部分豫州府属及江州的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县首长，更以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。刘裕知其有异心，于是假意答允其请求。但就乘刘藩自兖州治所广陵入朝时就指称他与谢混图谋不轨，便上书奏报朝廷将二人赐死。
接着刘裕就亲自率军自建康出发讨伐刘毅。刘裕命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，包抄江陵，切断刘毅其他部首的前来江陵的援兵之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进。刘毅参军朱显之与刘裕前锋大将王镇恶相遇，率领所属一千人奔赴江陵保护刘毅。王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内以示众人，刘毅恼怒，不开启书信且将其书信焚烧。刘毅一边督促自己亲信的援军到来，一边督促士卒死战。众士卒知道刘裕已到，无不失去斗志。天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，在离江陵二十里处的牛牧寺自缢身亡。
刘裕随后率军攻克江陵，诛杀了刘毅亲信郗僧施，随后又逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫州，江州。刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。下令减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
西灭西蜀
主词条：晋灭谯蜀之战
消灭刘毅后，刘裕又图伐蜀。义熙八年（412年）十二月，因赏识朱龄石的军事才干和丰富经验，刘裕不顾他人反对，超擢他为益州刺史，命其率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等共领二万人伐蜀。
刘裕曾与朱龄石讨论作战策略，认为谯蜀鉴于上一次刘敬宣伐蜀是从内水攻蜀，必会猜度晋军这次想由外水进攻，然而因想出其不意，仍然从内水进攻。故此认为谯蜀应当会置重兵在涪城（今四川绵阳市涪城区），于是决定晋军主力这次要从外水进军成都，以疑兵出内水。为免军情外泄，刘裕特别将一封密函交给龄石，示意到白帝时才能打开，故此大军自江陵出发后一直都不知循何道进军，谯蜀亦无从以晋军势态察知刘裕的图谋。至白帝时，朱龄石公布密函：“大军一律经外水攻向成都，臧熹、朱林在中水攻取广汉，命弱兵搭乘十多艘高舰由内水兵向黄虎。”此后朱龄石就率大军加快速度行军。而谯蜀果如刘裕所想，设主力防备内水，命谯道福在涪城驻以重兵，别遣侯晖及谯诜领万余屯彭模（今四川彭山县南），依水两岸建城垒作防御。…
