时前燕纲颓纪紊，日益腐败。桓温攻燕结束后，前燕反悔食言，未将虎牢(今河南荥阳西北汜水镇)以西土地割让给前秦，前秦遂以此为借口，于十一月派王猛统将军梁成、邓羌等率步骑3万，进攻前燕（参见前秦灭前燕之战），并以慕容令为参军，充当向导。
慕容令逃回前燕后，因忽叛忽归，而慕容垂又无恙，反而受到猜疑。燕廷将慕容令变相发配，派到极北的沙城去戍守，严加监视。慕容令欲在沙城联络旧部，准备起事，又被慕容麟告了密，慕容令被诛杀。 （参见金刀计）
太和四年（369）十一月，王猛灭前燕，慕容垂随苻坚入邺，收集诸子，相对而哭。慕容垂见燕公卿大夫及故时僚吏，慕容垂想起当年的窘迫，有不悦之色。前郎中令高弼暗中对慕容垂曰：“大王以命世之姿，遭无妄之运，迍邅凄伏，艰亦至矣。天启嘉会，灵命暂迁，此乃鸿渐之始，龙变之初，深愿仁慈有以慰之。且夫高世之略必怀遗俗之规，方当网漏吞舟，以弘苞养之义；收纳旧臣之胄，以成为山之功，奈何以一怒捐之？窃为大王不取”（《晋书·慕容垂载记》）。慕容垂深纳其言。但慕容垂对慕容评却怨气难消，咸安二年（372）二月，慕容垂便对苻坚说：“臣叔父评，燕之恶来辈也，不宜复污圣朝，愿陛下为燕戮之”。但苻坚未同意，还让慕容评为范阳太守，前燕诸王也悉补边郡。
时苻坚已统一中国北方大部，而鲜卑人的势力也逐渐增大，这引起了一些氐族贵族的不安，宁康二年（373年），有彗星出现，太史令张孟认为不详，便对苻坚说：“彗起尾箕，而扫东井，此燕灭秦之象”(《晋书·苻坚载记》)。并劝苻坚诛杀慕容氏，苻坚未从。并以慕容暐为尚书，慕容垂为京兆尹，慕容冲为平阳太守。宁康二年(374年)十二月，也许是处于王猛或者苻氏重臣的授意，社会上谣言四起，说鲜卑人图谋复国。甚至有人闯入明光殿大呼：“甲申乙酉，鱼羊(鱼羊即为鲜卑的鲜字)食人，悲哉无复遗。”（《晋书·苻坚载记》）！秘书监朱肜、秘书侍郎略阳赵整等乘机请苻坚诛杀诸鲜卑人，但苻坚未听。慕容垂再逃一劫。
慕容垂及鲜卑人就这样如履薄冰般的过了几年，至到宁康二年（375）七月，王猛病逝，才得以解脱。王猛的死，对苻坚是个很大的打击。当时在前秦虽处于鼎盛时期，但鼎盛的后面，却潜伏着社会危机。王猛死后不久，前秦的社会危机逐渐暴露出来了。太元元年（376），阳平国常侍慕容绍觉察到这种变化，对其兄慕容楷说：“秦恃其强大，务胜不休，北戍云中，南守蜀、汉，转运万里，道殣相望。兵疲于外，民困于内，危亡近矣。冠军叔(慕容垂)仁智度英拔，必能恢复燕祚，吾属但当爱身以待时耳！”（《资治通鉴·卷第一百四》）太元二年(377)，慕容垂子慕容农也暗中对慕容垂说：“自王猛之死，秦之法制，日以颓靡，今又重之以奢侈，殃将至矣，图谶之言，行当有验。大王宜结纳英杰以承天意，时不可失也！”慕容垂此时已有此意，为防外泄，便笑着说：“天下事非尔所及”。
太元三年（378年），苻坚为实现统一中国的愿望，在灭凉、并代，解后顾之忧后，又经一年的休整，开始对东晋用兵。二月，苻坚派征南大将军、都督征讨诸军事、长乐公苻丕和武卫将军苟苌、尚书慕容暐率步骑7万进攻东晋襄阳，并以荆州刺吏杨安率军作为先锋。征虏将军石越率精骑1万出鲁阳关（今河南平顶山西）；领军将军苟池、右将军毛当、强弩将军王显率4万人出武当（今湖北丹江口市西北）；而京兆尹慕容垂则与扬武将军姚苌率军5万出南乡（今河南浙川西南）攻南阳，各军会攻襄阳（今属湖北）。
由于晋军襄阳守将朱序顽强防御，致秦军久攻不下。后慕容垂攻克了南阳（今属河南），与苻丕会于襄阳。襄阳久攻不下，前秦朝野哗然。十二月，苻坚派黄门侍郎韦华持节见苻丕，赐给他一把剑，如果来年春天仍攻不下襄阳，令其自杀。次年正月，苻丕在苻坚催逼下，命诸军全力攻襄阳。三月初六，克襄阳，俘朱序。苻坚没杀朱序，以其为度支尚书。
太元七年（382年）十月，前秦王苻坚在长安（今西安西北）与群臣商议进攻东晋的事宜。苻坚此时踌躇满志，他认为前秦可以动员97万大军，并准备亲自出讨，以统一天下，朝臣多反对。苻坚本来还是比较能够纳谏的，但在伐晋这个问题上，变得异常固执，听不进任何不同意见。后来，虽然太子苻宏、释道安、宠妃张夫人、爱子苻诜以及朝中许多大臣都一再进谏，但苻坚主意既定，不为所动。时慕容垂已有二心，便力主苻坚攻晋，他对苻坚说：“弱并于强，小并于大，此理势自然，非难知也。以陛下神武应期，威加海外，虎旅百万，韩、白满朝，而蕞尔江南，独违王命，岂可复留之以遗子孙哉！《诗》云：‘谋夫孔多，是用不集。’陛下断自圣心足矣，何必广询朝众！晋武平吴，所仗者张、杜二三臣而已，若从朝众之言，岂有混壹之功乎！”苻坚闻后大悦，说：“与吾共定天下者，独卿而已”(《资治通鉴·卷第一百四》)。并赐帛五百匹。
慕容垂逃出樊笼，如鱼得水。而权翼则秘密派兵在慕容垂经过的桥下埋伏，慕容垂已起疑心，自凉马台扎草筏渡河而去。十二月，慕容垂至安阳，派参军田山拿信去见镇守邺城的长乐公苻丕。苻丕闻慕容垂北来，虽怀疑其欲叛秦，但仍然前去迎接。赵秋劝慕容垂乘机杀死苻丕，慕容垂认为自己羽翼未丰，没有同意。而苻丕也想杀死慕容垂，后侍郎天水姜让劝阻说：“垂反形未著，而明公擅杀之，非臣子之义；不如待以上宾之礼，严兵卫之，密表情状，听敕而后图之”。苻丕认为姜让之言有理。
苻丕让慕容垂住在邺西，并与其相见，慕容垂将兵败之事详细告诉了苻丕。苻丕走后，慕容垂与前燕旧臣暗中联系，准备重建燕国。时洛阳附近的丁零人翟斌起兵叛秦，准备攻豫州牧、平原公苻晖于洛阳，翟斌部中有大批的前燕人，苻坚便派慕容垂前去平叛。
慕容垂想入邺城参拜宗庙，苻丕不许，慕容垂着便服入城，但被亭吏阻拦。慕容垂大怒，杀吏烧亭而去。石越对苻丕说：“垂之在燕，破国乱家，及投命圣朝，蒙超常之遇，忽敢轻侮方镇，杀吏焚亭，反形已露，终为乱阶。将老兵疲，可袭而取之矣。”苻丕优柔寡断，说：“淮南之败，众散亲离，而垂侍卫圣躬，诚不可忘。”石越又说：“垂既不忠于燕，其肯尽忠于我乎！且其亡虏也，主上宠同功旧，不能铭泽誓忠，而首谋为乱，今不击之，必为后害”（《晋书·慕容垂载记》）。苻丕未从。石越出来后对别人说：“公父子好存小仁，不顾天下大计，吾属终当为鲜卑虏矣”（《晋书·慕容垂载记》）。
慕容垂留慕容农、慕容楷、慕容绍于邺城，行至安阳汤池，闵亮、李毘自邺城赶来，将苻丕与苻飞龙之言告诉了慕容垂。慕容垂乘机以此激怒其众，说：“吾尽忠于苻氏，而彼专欲图吾父子，吾虽欲已，得乎”（《资治通鉴·卷第一百五》）于是便以兵少为由，于河内募兵，几天时间便达至8000人。
平原公苻晖遣使责备慕容垂，让其赶紧进兵，慕容垂便对苻飞龙说：“今寇贼不远，当昼止夜行，袭其不意”(《资治通鉴·卷第一百五》)。苻飞龙觉得有理，便同意了。一日夜，慕容垂派慕容宝率兵居前，慕容隆率兵跟随自己，并把氐兵分散编入队伍，并与慕容宝击鼓为号，一起动手。半夜，鼓声响，慕容垂部前后合击，全歼击苻飞龙与氐兵。并给苻坚写信，告诉其杀苻飞龙的原因。
当初，其子慕容麟曾告发慕容垂投秦，慕容垂一怒之下杀其母，但未忍心杀慕容麟。时杀苻飞龙，慕容麟屡献计谋，启发慕容垂，慕容垂非常高兴，遂待其诸子一样。慕容凤及前燕旧臣之子燕郡王慕容腾、辽西段延等闻翟斌起兵，各帅其部前去归附。平原公苻晖使武平武侯毛当去讨伐翟斌。慕容凤说：“凤今将雪先王之耻，请为斩此氐奴”（《资治通鉴·卷第一百五》）。遂出兵击毛当，大败秦兵，斩毛当。 …
