Qir Bay）。到下午时份，英舰在阿布吉尔湾发现一直追寻的法国舰队，当时正以一字排开下锚，靠着湾岸停泊。
那不勒斯生涯
自尼罗河战役后，法国海军对那不勒斯及西西里的严峻威胁得以缓解。在1798年9月22日，纳尔逊乘坐破损不堪的先锋号安全返回那不勒斯，受到当地民众及皇室的热烈欢迎，其中英国驻双西西里使臣威廉·汉弥尔顿爵士（Sir William Hamilton）及其夫人艾玛（Emma, Lady Hamilton）更是为此欢喜若狂。在汉弥尔顿爵士伉俪的悉心照料下，纳尔逊得以专心休养，慢慢治理身上伤口。不过，纳尔逊对那不勒斯的喧闹环境始终感到不胜其烦，于是在10月15日出海，视察英军对法占马耳他岛上法军军营之封锁行动，在此以前，马耳他岛民因不满法军强行统治而起来反抗，将岛上法军迫退至一处碉堡。视察一番后，纳尔逊于11月5日返到那不勒斯。
哥本哈根战役
这时英国因为派舰对法国海岸进行封锁，阻止法国与其他国家进行贸易，结果引来维持中立的俄罗斯、普鲁士、丹麦及瑞典相当不满。他们为此组成武装中立联盟（League of Armed Neutrality），企图打破英国封锁，威胁停止向皇家海军供应建造战舰所需的木材。为瓦解中立联盟，帕克与纳尔逊奉命在3月12日率舰队前往波罗的海，而在形势不明朗的情况下，详细的谋划对舰队行动相当重要，可是帕克出发前未有与纳尔逊商讨战略，也没有咨询过随队的波罗的海专家。另一方面，舰队向波罗的海出发时，英政府尚未对联盟国宣战，各方仍在谈判当中，所以一旦开战，帕克要立即决定向哪国进攻，以及选定进攻的方法。纳尔逊起初建议舰队无需理会实力有限的丹麦海军，而应趁俄军部份舰队困于冰封的喀琅施塔得时，直捣俄国位于日瓦尔（今塔林）的主力舰队。这个方案虽然比较大胆，却被认为是最安全的策略，能够一举击破中立联盟的核心军力。但帕克认为纳尔逊的建议过于冒进，经过一番考虑后，帕克以丹麦和瑞典为目标，且率军驶入两国之间的厄勒海峡。英舰队驶至时，丹麦守军只有微弱反抗，对英舰毫无杀伤力，而瑞典更是一炮不发，任由英舰驶至，到3月30日，英舰群到达丹麦哥本哈根，在哥本哈根对开海域下锚驻扎。
由于英舰队当初的出征日期受到延误，故此英舰到抵哥本哈根时，丹麦已做好布防工作，令英舰进攻时更易暴露于敌方守军炮火射程以内；但幸好英舰群驶进哥本哈根时像尼罗河战役一样，没有横列前进，从而避免整支舰队同时受敌方守军炮火袭击的风险。除此之外，哥本哈根海岸由北至南对出是一条长形的中部沙洲（Middle Ground），沙洲与哥本哈根之间的海港叫国王海（King's Deep），而隔着沙洲另一边则是一条叫荷兰海（Holland's Deep）的海港；纳尔逊视察当地布防时，发现哥本哈根在国王海的港口一带布防最严密，由北至南排列大量战舰，至于国王海口岸最北端的另一敌军要塞三冠堡（Tre Kroner Fort）是国王海及荷兰海的交汇点，而南端交汇点守备则较弱。他于是得出结论，推测由南方进攻哥本哈根较为可取，因此建议舰队可由北经荷兰海至南方的交汇点，然后沿中部沙洲自南方折回国王海北上。这样英舰便可避过国王海的敌方主力，同时又让英舰自南口按步逐只歼灭自北至南整齐排列的敌舰，然后再派炮舰补上，使哥本哈根市中心落入炮舰射程之内，从而迫使丹麦议和。
英勇殉职
1805年10月19日，法国、西班牙联合舰
队驶离西班牙加的斯港，企图通过直布罗陀海峡前往地中海，配合拿破仑在意大利的军事行动。得知消息的纳尔逊早已指挥英国舰队守候在加的斯以西的特拉法尔加海域。1805年10月21日，双方打响了特拉法尔加海战。参战英国舰队有27艘战舰，法、西联合舰队有33艘战舰。
早上6时20分，纳尔逊下令“准备战斗”。法、西联合舰队司令维尔纳夫为便于己方能够随时撤入加的斯港，下令舰队180度转向。这不仅严重影响士气，而且造成联合舰队的队形陷入混乱。趁此机会，纳尔逊下令发起进攻，他将舰队分为上风和下风两个纵队，分别由自己乘坐的旗舰“胜利”号和科林伍德乘坐的“皇家君主”号担任先导舰。
战斗开始后不久，科林伍德的“皇家君主”号率领的下风纵队突入联合舰队阵线，在重伤了法舰“圣安娜”号后陷入重围，情况危急。纳尔逊的“胜利”号立即从北面发起进攻，袭击联合舰队的中部，将其拦腰斩断。大约12时30分，“胜利”号转至联合舰队旗舰“布桑托尔”号后方，一阵齐射后摧毁了“布桑托尔”号的火炮甲板。法舰“敬畏”号上前援救，同“胜利”号一起脱离了战线，其他英国战舰趁机冲入联合舰队阵线。
法舰“敬畏”号船员接受过良好的步枪射击和登船作战训练，同“胜利”号进行了残酷的接舷战，在甲板上指挥作战的纳尔逊不幸被“敬畏”号上的狙击手击中，身负重伤。但此时英国舰队已经将联合舰队分隔包围，胜败已成定局。“敬畏”号不久后投降。又经过两个多小时的血战后，下午4时30分，联合舰队旗舰“布桑托尔”降下了指挥旗，联合舰队司令维尔纳夫正式投降。
此时，躺在“胜利”号船舱内血流满地的纳尔逊已经奄奄一息，那颗击中他的子弹穿透了他的左肺，射入了脊椎。当得知自己赢得了这场伟大海战的胜利时，他终于闭上了双眼。临终前，他要求剪下一缕自己的头发，和订婚戒指一起送给未婚妻艾玛。“胜利”号上所有火炮随即进行了一次齐射，以缅怀这位英国最伟大的海军将领。
归葬英国
桅杆破损的胜利号在1805年10月28日被
拖回直布罗陀，而船上则安放著纳尔逊的遗体。由于舰上没有棺材，加上防腐需要，纳尔逊的遗体最初要安放在一个烈酒酒箱内，并由专人看守。抵达直布罗陀后，他的遗体改放入一个边线镶上铅的棺木，棺内注入烈酒。胜利号修复以后，纳尔逊的灵柩随舰运回英国，并在诺尔托运上岸。他的遗体在英国被放到另一个木做的棺木，木材则来自当年于尼罗河口海战中焚毁的法军旗舰东方号。随后，他的灵柩被安放到皇家海军辖下的格林威治医院大画厅，停灵三日，期间大批民众到场悼念，场面几乎失控。到1806年1月8日，在胡德勋爵、彼得·帕克爵士及威尔士亲王的看守下，纳尔逊的灵柩经泰晤士河运往伦敦白厅，晚上运抵海军部安放一晚，当晚由纳尔逊的随舰牧师斯科特守夜。
翌日1月9日上午，纳尔逊正式出殡，遗体停放于一个相当精巧的灵柩台上，在仪仗队护送下由海军部出发，徐徐运送至圣保罗大教堂。仪仗队中除了包括32名海军将领、超过100名海军上校外，还有10,000名军人结队游行，沿途大批民众夹道伫立旁观。纳尔逊的灵柩到达圣保罗大教堂后，教堂内举行长达四小时的葬礼，纳尔逊的灵柩最后长眠于教堂内一个地下石棺，位置正好在教堂圆穹的正下方。纳尔逊落葬时，原本会连同胜利号的数面船旗一同陪葬，不过胜利号的船员最后保留了这些船旗，并将它们一一撕成细块，由每人收藏，以作为对纳尔逊的纪念。
纳尔逊死时并无留下子嗣，因此他的子爵爵位及在1798年册封的男爵爵位在他死后即告断绝，不过他在1801年另一个获封的男爵爵位、以及双西西里的勃朗特公爵爵位，则由他的胞兄威廉·纳尔逊牧师（1757年－1835年）继承，是为第二代纳尔逊勋爵及第二代勃朗特公爵。在纳尔逊身后不久，英廷为答谢其生前贡献，再于1805年11月25日向其胞兄奖授子爵及伯爵爵位，使他进而成为第一代纳尔逊伯爵。
战争简史
1778年，沙克林去世，次年，纳尔逊被任命为Hinchingbroke号舰长。胡德海军上将又在纳尔逊的军事生涯上帮了他一把，他任命纳尔逊为Alemarle号舰长并带年轻的威廉王子（后来的威廉四世国王）前往西印度群岛。…
