纳尔逊认识法兰西斯后，两人很快就传出婚讯，并于1787年3月11日在尼维斯岛上结婚，由纳尔逊的好友威廉·亨利王子任伴郎。纳尔逊与法兰西斯婚后返回英格兰定居，初时两人在公众场合以恩爱著称，而且当纳尔逊征战在外时，夫妇俩经常互有书信往来，不过结婚多年，两人始终膝下犹虚。在1797年，纳尔逊获封爵士，法兰西斯遂成为纳尔逊爵士夫人，后在1798年及1801年，纳尔逊又先后获封男爵及子爵，她亦先后晋为纳尔逊男爵夫人及纳尔逊子爵夫人
由于长年分隔异地的关系，使到纳尔逊与妻子的感情变得不稳定。例如在1794年年尾，纳尔逊驻守来亨时就曾包养一名情妇，甚至携同她出海进行任务。纳尔逊在1793年到访那不勒斯时，他认识了英国驻当地使臣威廉·汉弥尔顿爵士及汉弥尔顿爵士夫人艾玛（1761年－1815年1月15日）。纳尔逊不单止与汉弥尔顿爵士结成好友，甚至与他的妻子艾玛传出绯闻。汉弥尔顿爵士夫人本名艾玛·里昂，早年曾经有过几段感情关系，并在1782年为别人诞下一名私生女。艾玛后来改名艾玛·哈特，数年后在1793年以32岁之龄下嫁已经62岁的汉弥尔顿爵士，因而成为汉弥尔顿爵士夫人。
纳尔逊与艾玛真正发展感情关系，是自纳尔逊在1798年年尾与汉弥尔顿夫妇一起生活而开始的。及至当年12月，纳尔逊协助那不勒斯皇室乘船撤往西西里岛，不过船队在中途遇上风暴，在危险的船程中，众人获艾玛的悉心照料，进一步激起纳尔逊对她的倾慕之情。此后，纳尔逊退到西西里岛，更与汉弥尔顿夫妇同居，当时身心俱疲的纳尔逊从艾玛得到慰藉，两人互生情愫，到1799年2月，双方感情甚至超乎好朋友的关系。不久以后，坊间开始有传指纳尔逊在西西里沉迷于艾玛美色，置军务于不顾，最终促使纳尔逊在1800年被召回国。在返国途中，纳尔逊又与汉弥尔顿夫妇结伴取道欧洲大陆，所到之处，皆成为当地舆论焦点，而他们三人的复杂关系更招来不少闲言蜚语，使他的名声有所受损。当中，曾在来亨见过他们的陆军军官约翰·摩尔，就直指纳尔逊与艾玛一起的亲密场面令人感到“相当可悲”。至于在返国后，纳尔逊虽然获得英皇乔治三世的接见，但乔治三世向来标榜自己重视婚姻和家庭，所以对传出婚外情的纳尔逊显得十分冷淡，不少上流贵族及士绅得悉后群起仿效，对纳尔逊采取回避的态度。
纳尔逊在1800年回到英国后，他与艾玛的婚外情无可避免地导致他与发妻法兰西斯的感情破裂。法兰西斯虽然没有与纳尔逊正式离婚，并多次提出希望复合，但纳尔逊都不为所动。至于纳尔逊的亲戚大多也支持他与艾玛的关系，众人之中就只有纳尔逊的老父仍然支持法兰西斯。可是当纳尔逊的老父在1802年过身以后，法兰西斯的地位就显得更形孤立。此外，艾玛在1801年1月29日成功为纳尔逊诞下一对双胞胎，但最后只有其中一名女婴活下来，这名私生女叫霍雷西娅·纳尔逊（1801年1月29日－1881年3月6日）。艾玛为纳尔逊诞下私生女一事显得极为隐秘，为免引人更多话柄，他们亦没有公开此事。后来大约在1803年尾与1804年之交，她再为纳尔逊诞下一名私生女，取名“小艾玛”，但女婴出生后不久便告夭折。
感情生活
纳尔逊在1801年哥本哈根战役的表现，为他一扫早前与汉弥尔顿爵士夫人的绯闻而招来的流言蜚语。但海军部的圣文生伯爵及托马斯·特罗布里奇爵士等人担心纳尔逊再度过份沉迷于她，唯有急忙安排他任务出海。艾玛与纳尔逊也明白海军部的用意，这最终使到纳尔逊与圣文生的关系决裂，而他与特罗布里奇的友谊也因而告终。在1802年9月，艾玛为纳尔逊买入位于萨里郡的默顿坊，供她、纳尔逊与丈夫汉弥尔顿爵士同住。尽管艾玛与纳尔逊情同夫妻，但同住的汉弥尔顿爵士却始终没有过问，也未有严辞谴责艾玛与纳尔逊的婚外情。汉弥尔顿最后在1803年4月6日以72岁之龄卒于伦敦府中时，艾玛与纳尔逊皆在场陪伴。虽说纳尔逊自哥本哈根战役以后恢复名声，但纳尔逊与艾玛的感情生活、纳尔逊如何被艾玛迷倒、以及纳尔逊、艾玛及汉弥尔顿爵士之间的复杂关系等等，依旧成为大众闲话家常的焦点。而对于汉弥尔顿爵士对好友与发妻搞婚外情，却仍摆出视而不见的态度，更遭讽刺漫画加以嘲弄。
获得荣誉
头衔
霍雷肖·纳尔逊 （1758年9月29日－1771年）
海军候补少尉霍雷肖·纳尔逊 （1771年－1776年）
署理海军上尉霍雷肖·纳尔逊 （1776年－1777年4月）
海军少校霍雷肖·纳尔逊 （1777年4月－1778年12月8日）
海军中校霍雷肖·纳尔逊 （1778年12月8日－1779年6月）
海军上校霍雷肖·纳尔逊 （1779年6月－1796年4月）
海军准将霍雷肖·纳尔逊 （1796年4月－1796年8月）
署理海军少将霍雷肖·纳尔逊 （1796年8月－1797年2月20日）
蓝旗海军少将霍雷肖·纳尔逊 （1797年2月20日－1797年5月27日）
蓝旗海军少将霍雷肖·纳尔逊爵士，KB （1797年5月27日－1798年11月6日）
蓝旗海军少将纳尔逊勋爵阁下，KB （1798年11月6日－1799年2月14日）
红旗海军少将纳尔逊勋爵阁下，KB （1799年2月14日－1801年1月1日）
蓝旗海军中将纳尔逊勋爵阁下，KB （1801年1月1日－1801年5月22日）
蓝旗海军中将纳尔逊子爵阁下，KB （1801年5月22日－1804年4月23日）
白旗海军中将纳尔逊子爵阁下，KB （1804年4月23日－1805年10月21日）
殊勋
K.B. （1797年5月27日）
世袭男爵 （1798年11月6日）
世袭公爵 （那不勒斯，1799年7月）
新月勋章 （鄂图曼，1799年8月）
圣费迪南及功绩勋章 （那不勒斯，1800年）
世袭子爵 （1801年5月22日）
世袭男爵 （1801年8月18日）
圣约阿基姆爵级大司令勋章 （德意志地区，1801年9月14日）
荣誉学位；民法学博士 （牛津大学，1802年）
以纳尔逊命名的
位于前殖民地香港九龙的奶路臣街（Nelson Street）。
尼尔逊市， 位于新西兰南岛北端的城镇。
纳尔逊岛， 位于英属哥伦比亚。
纳尔逊岛， 位于埃及阿布吉尔湾。
纳尔逊海军船坞，位于安提瓜岛。
HMS纳尔逊号，多艘皇家海军舰只皆以此命名。
