太平军自东坝拖出战船数百艘，布满固城、南漪两湖，彭玉麟率领 湘军水师小划入湖作战。
同治三年（1863年），彭玉麟、杨岳斌率领湘军水师，进袭江浦。驻守江浦的太平军撤退。彭玉麟、杨岳斌率领湘军水师，攻克天险九洑洲。从此以后，湘军水 师往来江宁上下，再无阻碍。11月12日，彭玉麟、鲍超率部水陆齐进，攻陷江苏高淳县。11月17日，彭玉麟、鲍超率部水陆齐进，攻克要隘高淳县东坝镇。11月22日 彭玉麟、鲍超率部水陆齐进，攻克江苏省溧水县。至此，太平天国首都天京的所有物资补给线全部被切断。
同治四年（1864年），清军攻克天京，太平天国运动失败，清廷封彭玉麟一等轻车都尉世职，并赏加太子少保衔。
筹防江海
同治七年（1868年），彭玉麟会同曾国藩奏定长江水师营制。次年春回籍。
同治十一年（1872年），奉命巡阅沿江水师。彭玉麟上奏清廷，详酌长江水师事宜，认为将才宜慎选、积习宜力除、 军政宜实讲、体制宜复旧。并认为长江水师不宜兼习弓箭。 彭玉麟上奏清廷，为长江水师提督黄翼升申请开缺回籍养病。 10月7日，彭玉麟在养心殿东暖阁接受同治皇帝及两宫太后的召对。慈禧太后问及长江水师利弊、筹防江海等事宜，彭玉麟一一作答。
同治十二年（1873年）1月6日 ，彭玉麟行抵瓜洲江岸，与新任长江水师提督李成谋面晤，将长江水师 应办事宜商酌周妥，交代布置一切。 11月5日 彭玉麟巡阅长江完毕，回到衡州原籍。
同治十三年（1874年）5月7日，日军在台湾琅峤强行登陆，进攻龟山，被高山族人据险击败。长江水师进入战备状态。
光绪元年（1875年）， 彭玉麟上奏清廷，认为欲图自强，需从清吏治、严军政、端士习、苏 民困四个方面着手。
光绪二年（1876年），彭玉麟由衡州出发，巡阅长江。
光绪七年（1881年），署两江总督，再疏力辞，仍留督江防、海防。光绪九年（1883年），擢兵部尚书（次一品）。
晚年岁月
光绪十年（1884年），中法战争爆发，奉旨赴广东办理防务。光绪十一年（1885年），法军进犯谅山，窥伺广西，率老将冯子材抗击法军。在镇南关、谅山一战，大获全胜，多次上疏主战，反对和议，疏中有“五可战，五不可和”之语。未几，和议已成，停战撤兵。
光绪十二年（1886），捐俸银一万二千两，建船山书院。
光绪十四年（1888年），扶病巡阅长江水师，至安庆后以衰病开缺回籍。
光绪十六年（1890）3月，病逝于衡州湘江东岸退省庵。追赐太子太保衔，谥刚直，于衡州原籍及立功省份建立专祠。
主要成就
军事
彭玉麟一生充满传奇色彩。早年是个书生，后投笔从戎，加入湘军。由于他在与太平天国军队的作战中骁勇善战，善于谋略，富于创新，咸丰三年（1853年），曾国藩让他创立了湘军水师，购买洋炮，制造大船，训练将士。第二年他率领湘军水师于湘潭败太平军，后随军攻陷岳州，在武汉、田家镇连败太平军水师。后来率湘军水师在湖口被石达开打败。于是整顿水师，配合陆军于大败太平军于樟树镇、临江等地。接着，率湘军水师攻占湖口、九江、安庆，升任水师提督兼兵部右侍郎。在攻占天京（今南京）的战役中，亲率水师策应曾国荃陆师沿长江东下，堵截天京护城河口。第二年他攻下江浦、九洑洲、浦口，断绝了天京粮道，成为攻陷天京的大功臣。
在剿灭了太平天国后，他一心扑在清军长江水师的建设中，为清军这支水师呕心沥血，鞠躬尽瘁。后来长江水师被李鸿章全盘接收，成为北洋水师最主要力量。彭玉麟成为近现代中国海军的创始人。
书画
彭玉麟多才多艺，诗书画俱佳，他一生画了上万幅梅花图，在每幅梅花图都题上以梅花寄情的咏梅诗。这些号称“梅花百韵”的咏梅诗，寄托了彭玉麟一生对梅姑的爱恋、思念、牵挂、自己的愧疚和悔恨。他所画之梅堪为一绝。笔下的梅花“老干繁枝，鳞鳞万玉，其劲挺处似童钰”，被称为“兵家梅花”，与文人墨客的梅花相去甚远。他画的梅树，身姿虬曲，铁骨铮铮，古拙苍劲。枝间的梅花，吐蕊绽放，生机盎然。
特别是他的“墨梅图”更是冠绝，与郑板桥的墨竹齐名，被称为“清代书画二绝”。入选“衡阳民间国宝”的《墨梅图》就是一幅画梅杰作。该画以水墨绘一老梅蜿蜒横斜，上不见结顶，下不见根底，主干铁骨挺拔，周身苍皮藓苔，枯眼斑斑。虬枝曲折盘环，枝蕊参伍交错，给人以老树繁花、生机勃勃的感觉。画上题诗，让人更能体悟到“儿女心肠，英雄肝胆”的意境。
诗词
彭玉麟诗后由俞曲园结集付梓，题名《彭刚直诗集》（八卷），收录诗作500余首。2003年8月，岳麓书社整理出版《彭玉麟集》（全三册）
轶事典故
铁血寒梅
彭玉麟于军事之暇，喜绘画，以画梅名世，据称是思念梅姨之爱情之物，“老干繁枝，鳞鳞万玉，其劲挺处似童钰”。1946年罗尔纲考证，梅姑本是彭玉麟外祖母的养女竹宾，以辈分而言，可
以说是彭玉麟的长辈（阿姨），较彭玉麟年长几岁，人称梅姑，据说彭玉麟称她“姑姑”，两人年纪相约，青梅竹马，情愫渐生，至私许终身。后来，两人始终未有结合，原因表面上是八字不合，真正的理由却是辈分。后来，在彭母的主持下，梅姑嫁到别家姚氏，四年后死于难产，彭玉麟闻讯身心俱裂，哭吟“一生知己是梅花”，并发誓要用余生画十万梅花以纪念两人之情。他每画成一幅，必盖一章曰“伤心人别有怀抱”、“一生知己是梅花”。
彭玉麟说到做到，他画了整整40年，才完成了以万幅梅花纪念梅姑的承诺，丧妻后终生未娶。他画的梅花：干如铁，枝如钢，花如泪。辞官隐居期间，一是在湖口水师昭忠祠旁边建厅，遍栽梅花，号称“梅花坞”，即石钟山著名旅游景点梅花坞；二是在家乡筑“退省庵”，在庵里吟诗作画。
六辞高官
第一次是辞去安徽巡抚（相当于安徽省委书记）之职。当时是在咸丰十一年（1861年），彭玉麟官职是安徽布政使（相当于省长）衔水师统领。曾国藩任两江总督，把所属三省巡抚任给他的三个亲信，任彭玉麟为安徽巡抚。他却一连三次辞谢，其理由是已习于军营而疏于民政，请朝廷勿弃长用短。朝廷只好收回成命，改任兵部侍郎，依旧留在前线督带水师，他才坦然接受。
第二次是同治四年（1865年）二月，朝廷任命署漕运总督。漕运总督掌管鲁、豫、苏、皖、浙、赣、湘、鄂八省的漕政，是众人所垂涎的天下一流肥缺。但他又两次谢绝，理由除了不懂漕政外，又加上性情褊急、见识迂愚，不会与各方圆通相处。朝廷只得作罢。
第三次是同治七年（1868年）六月，上疏请辞已当了七年的兵部侍郎。原因是当年从军时，三年母丧只守了一年，现在国家安定，他理应解甲归田，将剩下的两年补满。这次朝廷没有挽留，答应了他的请辞。
第四次是彭玉麟离职休养三四年后，朝廷又任命为兵部侍郎兼光绪帝大婚庆典宫门弹压大臣。待到庆典一结束，他立即上疏请辞署理兵部侍郎。朝廷接受后，又交给他一项差使，即每年巡视长江水师一次。
第五次是光绪七年（1881年）七月，朝廷任命为两江总督兼南洋通商大臣。两江辖地广阔，又兼物产丰茂，南洋通商大臣一缺更是权大责重，一向非名宦宿臣不能任命。朝中重臣曾国藩、李鸿章等人都曾任过此职。让彭玉麟出任两江总督，说明朝廷对他的倚重，但他就是不领这个情，接旨后即上疏请辞，隔日后又再次上辞疏。朝廷无奈，只得把此要缺交给左宗棠。
第六次是光绪八年（1882年），朝廷任命彭玉麟为兵部尚书。与过去一样，他接旨后即请辞，朝廷未准。不久，中法战争爆发，朝廷命他率领旧部将士并增募新军，迅速前往两广部署海防。他认为此时是临危受命，不宜再辞，便以衰病之躯奉旨赴粤，带领所部驻扎南海前线，整修虎门要塞，加强沿海完备，遣部将防守钦州、灵山。多次上疏主战，战后疏请严备战守，以防后患。中法战争胜利结束后，光绪十一年（1885年）三月，便上疏请辞兵部尚书之职，朝廷未予接受。他又于这年八月、第二年八月、第三年七月、第四年六月接连四次上疏请求辞职。鉴于他的执着，朝廷只得接受。 …
