卢香亭随孙传芳东征战败而归。与此同时，国民革命军何应钦部由广东攻入闽南，周荫人战败，被迫退出福建，暂屯浙江。孙传芳返回南京后，宣称放弃赣、闽，保守江、浙、皖三省。但实际上，安徽陈调元已经依附北伐军，浙江孟昭月腹背受敌，危在旦夕，暂时可以控制的惟江苏一省而已。
再次联奉
孙传芳战败归来，检点兵马，重新整编为15个师，准备再战。他感到国民革命军声势浩大，步步紧逼，如欲挽回颓势，必须谋求北洋各系之大联合，于是乃有段、吴、孙三角联合之议。
中华民国十五年（1926年）冬，孙传芳曾邀请段祺瑞、吴佩孚派代表在南京集会，商讨共同抵御国民革命军。参加会议的有：靳云鹏、吴光新代表段，熊炳琦代表吴，以及孙传芳、刘宗纪。会上靳云鹏吹捧段祺瑞，大骂吴佩孚，熊炳琦大为不满，反唇相讥，吵得不欢而散。
孙传芳在段、吴、孙三角联合的幻想破灭以后，不得已掉转头来，乞怜于奉系。
中华民国十五年（1926年）11月，孙传芳派手下去济南见张宗昌，取得张对孙的谅解；又前往天津见张作霖，申明合作之意。张表示既往不咎，双方同意共同联合抵抗国民革命军。
中华民国十五年（1926年）11月，孙传芳秘密前往天津，亲自向张作霖表示捐嫌修好，共同对敌。孙传芳抵津后，立即派手下往见张作霖，约定会面时间，张作霖当即派张宗昌、张学良同手下迎孙传芳。人们陪同他来到蔡家花园，孙传芳见张后先行一礼，说声“对不起大帅”，张作霖接着表示“过去的事不要提了”，二人遂化敌为友。经共同商议，决定成立安国军，由张作霖任总司今，孙传芳、张宗昌任副司令。张作霖面允派张宗昌率直鲁联军南下支援，并允为他接济军械，孙传芳乃如愿以偿，返回南京。
中华民国十六年（1927年）2月，国民革命军占领杭州，在四个月前孙传芳在九江作战时，浙江省长夏超谋变，为孙传芳处决，改派陈仪继任省长。陈系浙江绍兴人，与蒋介石有同乡之谊，孙传芳曾利用这一点指使陈暗中与蒋建立联系，任命陈为浙江省长，似有借陈居中缓冲之意。讵料陈仪一向主张“浙人治浙”，对孙传芳早已离心离德，何应钦率部进入浙江后，陈开门迎降，归附北伐军。这时，安徽陈调元倾向国民革命军事孙传芳亦微有所闻，为了拉拢陈，他特送陈20万元，但无济于事，陈终于归附国民革命军。
中华民国十六年（1927年）3月，张宗昌率直鲁联军开到南京，孙传芳将宁沪防务移交，苏督一职，亦让与褚玉璞继任，又由毕庶澄驻守上海、自率总部人员退驻扬州。在直鲁联军立足未稳之际，国民革命军即展开浙、皖钳形攻势，于3月下旬先后占领上海、南京，褚、毕皆大败，仓皇北逃。孙军亦被迫渡江北撤。国民革命军占领南京后，蒋介石又派张群通过朋友劝孙传芳反正，参加北伐，孙传芳不从。国民革命军渡江北进，于5月攻占蚌埠、徐州。此时，冯玉祥出潼关抵洛阳，与蒋介石合流北伐，直驱直隶、山东。
中华民国十六年（1927年）6月，张作霖在北京召开军事会议，孙传芳参加。他怂恿张成立安国军政府，出任大元帅。其后，孙传芳奉张作霖之命反攻徐州，任郑俊彦为前敌总司令，李宝璋为副总司令，分率第十师、第二师沿津浦路南下。此时，蒋介石已叛变革命，排共清党，暴露其反革命真面目。因而其所率之北伐军人心涣散，士无斗志。李宝璋第二师鼓勇前冲，一战而夺回徐州。北伐军守徐州者为第十军，军长王天培，退出徐州后据云罗山顽抗，当时孙传芳、蒋介石均亲临前线督战。相峙未久，郑俊彦率部增援，王天培部溃败，蒋介石南逃。蒋恼羞成怒，杀王天培以泄愤。李宝璋率部乘胜追击，兵不血刃而攻克蚌埠。孙传芳进驻蚌埠，兵据浦口，两军隔江对阵。张宗昌闻捷报，特赍30万元劳军。蒋介石受挫后，二度辞职赴沪。
中华民国十七年（1928年）春，他奉命任鲁西前线总指挥，设总司令部于济宁。先后经过两次战：一次在金乡、鱼台北侧，与蒋介石军之贺耀组、夏斗寅、张克瑶等部相遇，激战两日一夜，贺部等被击溃，孙军占领金乡、鱼台、丰县等地；另一次在济宁及其附近，对手为冯玉祥军之孙良诚、方振武、吉鸿昌、石友三等部，双方激战达七八日之久，互有进退，伤亡皆多，陷入胶着状态。正在这时，津浦铁路战线张宗昌失利，溃退济南，孙传芳后路空虚，不敢恋战，立即收兵撤回济南，形势急转直下。从此，孙传芳即一蹶不振。孙传芳撤回济南之后，将懈兵乏，已无振作南下之望。
中华民国十七年（1928年）4月，蒋介石联合阎锡山、冯玉祥，共同举兵北进，发动总攻。孙传芳及张宗昌率残部过黄河北逃。至此，败局已定，而孙传芳心犹不死，赴京面见张作霖，请允其率兵出关，奋战到底。孙军从济南北撤后，驻扎在大城、任邱、河间、宝坻一带，他下令开拔东去，将领士兵均不愿出关，议论纷纷，军心涣散。6月4日张作霖在皇姑屯被日本人炸死，孙军退缩在冀东滦州一带，后由阎锡山派人收编，孙传芳逃往沈阳，投奔张学良，寄人篱下，以待时机。国民革命军北伐告成后，派人去沈阳劝说张学良归附。同年12月29日，张学良宣布东北“易帜”，接受南京国民政府领导。在此以前，张学良曾多次与孙传芳交换政见，孙传芳意在东北应成一割据形势，以日本为靠山，伺机再度进关，与蒋介石争夺天下。奉系将领杨宇霆亦主张反蒋，于是他曲意与杨捐嫌修好，引为同调，二人过从甚密，意在全力劝导张学良就范。杨自张作霖死后，以前辈自居，目中无张学良，张急欲除之。
魂断佛堂
中华民国十八年（1929年）1月10日，张命高纪毅杀杨宇霆、常荫槐于督
署老虎厅内。孙传芳怕祸及自身，翌晨即潜赴大连引避。孙传芳在大连时，仍迭次建议张学良固守东北，以图东山再起；至1930年，阎、冯倒蒋，爆发了中原大战，孙传芳又劝张与阎、冯取一致行动。张不仅不从，反而出兵助蒋。至此，他依奉再起之迷梦彻底破灭。
中华民国二十年（1931年），“九一八事变”后，孙传芳隐居天津，在天津的日本势力土肥原贤二和冈村宁次，便开始拉拢孙传芳投靠日本。冈村宁次利用同窗关系多次登门造访，动员他出任伪职，而孙传芳作为中国人的良心尚未泯灭，内心还是不愿意当汉奸，因而严词拒绝。
中华民国二十三年（1934年）4月，孙在天津组织佛教居士林，自任理事长。
中华民国二十四年（1935年）11月13日，国民党军统局利用被孙传芳处决的施从滨之女施剑翘为父报仇的心态，通过各种渠道使施剑翘得到了一支勃郎宁手枪。同年11月13日，施剑翘刺杀孙传芳于天津居士林佛堂。孙传芳终年50岁。
主要成就
政治成就
拒绝日本人无理要求，具有民族气节
孙传芳在某些方面表现出爱国情节。比如，为史学界所乐道的“孙传芳醉打冈村宁次”就是其中的一个实例。
而且，孙传芳面对日本人的无理要求，多次给与严词拒绝的实例也很多。他在筹建“”就力主将帝国主义的特权收回，并废除不平等条约。很大程度上他们是在尽最大努力维护民族利益的前提下利用帝国主义的。
孙传芳曾言 ：“本帅抱定三爱 主义，三爱主义，曰爱国、爱民、爱友，爱国爱民，为人人应尽的天职。”以此来表达自己的爱国爱民之心迹。因此：站在民族的立场上，他们总的来讲还是有一定的民族气节的。
统治江南五省时人民生活安定，受人爱戴
从社会、经济、思想文化、人民等角度看待孙传芳。他表现的比其他军阀更好一些。
在军阀混战的20世纪20年代，孙传芳口碑相对较好，他打着保境安民的旗号，统治江南五省。孙传芳虽然被 国民政府骂为“残暴”，但他治理的南方五省却一片升平。
他裁减赋税，善待农人，颇得时人爱戴。
善用人才、尊重知识分子…
