伯颜的倒行逆施使社会矛盾原本就十分尖锐的元朝更加动荡不安，广西、山东、四川、江西、福建、河北、河南等地爆发了农民起义或少数民族起义，元末农民起义的著名领袖彭莹玉就是在至元四年（1338年）发动袁州起义，失败后广泛传播白莲教，埋下了十多年后全国性动乱的火种。而至元五年（1339年）在河南更发生一起“假传圣旨”的闹剧，河南吏员范孟自称有圣旨，杀了河南行省平章政事月鲁帖木儿以下一干官僚，不久后范孟被杀。 此事可以看出当时元朝纲纪松弛到了何等程度。
伯颜专权所导致的乱象都被元顺帝看在眼里，他与伯颜的侄儿脱脱早已图谋除掉伯颜。而伯颜也蠢蠢欲动，与卜答失里合谋以燕帖古思取代顺帝。至元六年（1340年）二月，顺帝与脱脱利用伯颜出猎之机，发动政变，罢黜伯颜，先贬为河南行省左丞相，再流放南恩州阳春县（今属广东），至此伯颜时代落下帷幕，顺帝得以亲政。 在政变中，顺帝坐镇玉德殿，主符檄，发号令，其间杨瑀等文臣在御榻前起草贬斥伯颜的诏书时，有“以其各领所部，诏书到日，悉还本卫”的语句，顺帝指示说：“自早至暮，皆一日也，可改作时。”充分显示出他的果断与精明。 同年六月，顺帝为报杀父之仇，下诏毁太庙文宗室，废太皇太后卜答失里并将她赐死，流放燕帖古思，还缴销了当年元文宗宣称他不是元明宗儿子的诏敕。 元顺帝完成复仇之举后，“被服衮冕，祼于太室”，祭告父亲元明宗，并追上谥号。次年正月，顺帝改元“至正”，任命脱脱为右丞相，宣布将“与天下更始”，准备大展宏图、中兴元朝。
锐意图治
进入至正时代，元顺帝“图治之意甚切” ，脱脱为挽
回元朝统治危机，亦实施了一系列改革，史称“脱脱更化”。脱脱恢复了科举制度，颁行《农桑辑要》，整饬吏治，征召隐逸，蠲免赋税，开放马禁，削减盐额，编修辽、宋、金三史，实行儒治，包括开经筵与太庙四时祭、亲郊祭天、行亲耕礼等活动。在顺帝的励精图治与脱脱的勤勉能干之下，至正初年的元朝一度呈现回光返照的局面，在伯颜时代受压抑的汉族儒生也为之振奋，当时的欧阳玄写道：“至正宾兴郡国贤，威仪重见甲寅前。杏园花发当三月，桂苑香销又七年。豹隐山中文泽雾，鹏搏海上翼垂天。明时礼乐须奇俊，莫道儒生自圣颠。”
就在“更化”如火如荼的至正四年（1344年），脱脱以多病而欲隐退，再加上萨满说流年不利，所以连续十七次上表请辞，顺帝终于同意。 此后5年间，顺帝又任用阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只、贺惟一（太平）等人为相，他们虽然不是奸臣，但能力都不如脱脱。在此期间，顺帝继续推行了以廉政建设为中心的一些改革措施，如颁行《至正条格》、定荐举守令法、派遣24名官员巡视宣抚全国各地等。顺帝亦未丧失图治之心，他十分重视地方守令的任用，必须亲自过目，考察其贤愚，并谆谆告诫那些陛辞的地方官说：“汝守令之职，如牧羊然。饥也，与之草；渴也，与之水。饥渴劳逸，无失其时，则羊蕃息矣。汝为我牧此民，无使之失所，而有饥渴之患，则为良牧守矣。” 在至正五年（1345年）十月遣官奉使宣抚时，又命其“布朕德意，询民疾苦，疏涤冤滞，蠲除烦苛。体察官吏贤否，明加黜陟，有罪者，四品以上停职申请，五品以下就便处决。民间一切兴利除害之事，悉听举行。” 可是当时奉使宣抚的官员除了苏天爵、王守诚等少数人较有政绩以外，其余反而加剧了官场的腐败与民间的疾苦，特别是江西、福建一带，更流传着“九重丹语颁恩至，万两黄金奉使回”、“奉使来时，惊天动地；奉使去时，乌天黑地。官吏都欢天喜地，百姓却啼天哭天”、“官吏黑漆皮灯笼，奉使来时添一重”等民谣。 可见元朝的腐败已是无可救药了。
对元顺帝打击最大的要数当时罕见的天灾。自至正四年（1344年）以后，中国进入了灾害多发期，尤以腹里和河南行省最为严重。那时候，黄河决口、饥荒频仍、瘟疫爆发，人民流离失所，大量死亡，就连大都也受到影响，当时客居大都的高丽人李谷写道：“饥民云集京师，都城内外，呼号丐乞，僵仆不起者相枕藉”。 顺帝命官府加以赈济，并颁诏罪己，至正九年（1349年）又重新起用脱脱为中书右丞相，希冀挽回元朝的颓势。
天下大乱
此时由天灾引发的后遗症正困扰着元廷，首先是由河患引发的严重的财政危机，漕运、盐税锐减，中央政府财政收入下跌，国库渐虚；其次是河患导致社会动荡不安，小规模农民起义频繁发生，特别是至正八年（1348年）方国珍兄弟啸聚海上，对元廷赖以生存的海道漕运构成威胁，元廷无法镇压，只得加以招抚；同时，吏治不仅没有根本性的扭转，反而在灾荒时期变本加厉，史载“及元之将乱，上下诸司，其滥愈甚”。 总之，元朝老百姓生活在水深火热之中，大乱一触即发。脱脱第二次拜相后，试图力挽狂澜，但他采取变钞和起用贾鲁治河两大政策，却为元朝掘好了坟墓。时人讥讽说：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹”。 终于，在至正十一年（1351年），由刘福通等红巾军引爆元末农民起义，顺帝派枢密院同知赫厮、秃赤率6000蒙古精锐阿速军及各路汉军前往镇压，但对阵时见红巾军声势浩大，急呼“阿卜！阿卜！”（跑），根本无力镇压。 史载“至正十一年寇起淮南，凡浙西、江东南、湖南北，以闽、蜀之地，凡城所不完者皆陷” ，元朝在许多地方的统治机构瘫痪，陷入土崩瓦解的绝境。
顺帝也不再有至正之初的那种勤政朝气，开始宠幸
佞臣康里人哈麻，但仍然过问政事。顺帝问责脱脱：“汝尝言天下太平无事，今红军半宇内，丞相以何策待之？”脱脱汗流浃背。 脱脱面临元末农民起义的乱局，一方面加紧防汉措施，军机一概不让汉人与闻 ；一方面依赖地主富豪的捐献及其组织的“义兵”来对抗红巾军，造成了元末军阀混战的恶果，同时，脱脱在至正十二年（1352年）八月亲自南下督师，镇压徐州的芝麻李红巾军，九月破徐州，屠其城。 到至正十三年（1353年）底，红巾军一度转入低潮。以顺帝为首的元朝统治者忘乎所以，为脱脱建生祠于徐州（当时已改名武定州），立平寇碑，又封赏各有功将领。此时元廷开始商议立高丽贡女奇皇后所生的爱猷识理达腊为皇太子，脱脱对此有微词，哈麻趁机挑拨离间，为元宫廷的内乱埋下伏笔。
至正十四年（1354年）正月，张士诚崛起，在高邮建立大周政权，同年九月，顺帝再命脱脱出师，不仅包括蒙古、汉军，还囊括了西域、吐蕃、高丽等地的军队，号称百万之众。张士诚无力支架，只能死守孤城高邮。哈麻利用脱脱不在朝，又进谗言诬陷脱脱及其弟也先帖木儿，顺帝听信了哈麻等人的话，下令削脱脱兵权，安置淮安路。脱脱深受忠君思想影响，接诏后便交出兵权，而他所统率的“大军百万，一时四散” ，红巾军势力大振，元朝官军再也无力组织起来镇压起义了，只能依靠地主武装。脱脱全家被流放，他本人先后被安置于淮安路、亦集乃路、云南镇西路，至正十五年（1355年）十二月在流放云南的途中被哈麻矫旨杀害。
宫廷内斗
自脱脱被逐杀以后，顺帝彻底堕落，他受哈麻蛊惑，声色犬马，沉溺密宗，修炼所谓“男女双修之术”，还在宫中建清宁殿，绕殿一周建百花宫，每五日一移宫，朝政则交给皇太子爱猷识理达腊。 至正十六年（1356年），哈麻企图让顺帝禅让于皇太子，被其妹夫秃鲁帖木儿捅给顺帝，顺帝大怒，说：“朕头未白，齿未落，遽谓我为老耶？”遂贬斥哈麻。 此后又有朴不花、搠思监等搅乱朝政。史载“是时天下多故日已甚，外则军旅烦兴，疆宇日蹙；内则帑藏空虚，用度不给；而帝方溺于娱乐，不恤政务”。 当时元朝已丧失半壁江山，就连都城也处于危机之中。至正十八年（1358年）十二月，蒙元陪都上都被破头潘、关先生所率的红巾军攻破，宫阙被焚，此后元顺帝停止了每年到上都避暑的传统。 至正十八、十九年，由于农民起义导致漕运断绝，大都发生饥荒，饿死数十万人。这一状况直到张士诚降元运粮才有所好转。至正二十年（1360年）十二月，漠北阳翟王阿鲁辉帖木儿起兵作乱，直逼上都，并遣使告诉顺帝：“祖宗以天下付汝，汝何故失其太半？盍以国玺授我，我当自为之！”次年被镇压。 …
