11世纪初，党项族兴起，称霸河西，建立了西夏王朝，与宋、辽形成三足鼎立局面。西夏统治敦煌的一百多年间，重视经济发展，使敦煌保持着汉代以来"民物富庶，与中原不殊"的水平。西夏统治者崇信佛教，不排斥汉文化，在文化艺术方面取得了长足的发展。据统计，在宋、夏时期，共开凿洞窟100个。至今，莫高窟和榆林窟保存着大量丰富而独特的西夏佛教艺术。“敦煌遗书”即在西夏统治时期（1036年）封藏于莫高窟第17窟内。
1227年，蒙古大军灭西夏，攻克沙州等地，河西地区归元朝所有。升敦煌为沙州路，隶属甘肃行中书省。后升为沙州总管府。元朝远征西方，必经敦煌，敦煌一度呈现出经济文化繁荣的景象，和西域的贸易更加频繁。著名旅行家意大利人马可波罗就是这一时期途经敦煌漫游到中原各地。元朝统治者也崇信佛教。莫高窟的开造得以延续。现存元代洞窟约10个。
明朝之后
明朝建立后，朱元璋派兵平定河西，修筑嘉峪关、明长城，重修肃州城。为加强西北边疆防卫，又设置关西七卫。永乐三年（1405年），在敦煌设沙州卫。后吐鲁番攻破哈密，敦煌面临威胁。明王朝又在沙州古城设置罕东左卫。正德十一年（1516年），敦煌被吐鲁番占领。嘉靖三年（1524年），明王朝下令闭锁嘉峪关，将关西平民迁徙关内，废弃了瓜、沙二州。此后二百年敦煌旷无建制，战乱连年，百姓流离失所，田园渐芜，敦煌渐渐衰败，成为"风播楼柳空千里，月照流沙别一天"的荒漠之地了。
清康熙后期，清王朝渐次收复了嘉峪关外的广大地区。雍正三年（1725年），在敦煌建立沙州卫，并开始从甘肃各地移民2400户到敦煌垦荒定居，同时又迁吐鲁番、罗布泊大批兵民于沙州一带。雍正末，沙州已有耕地10万余亩，引党河水分10渠灌溉，农业得到很快的恢复和发展形成河西走廊西部的戈壁绿洲。到乾隆二十五年（1760年），改沙州卫升敦煌县，隶属安西直属州，直至辛亥革命。
1949年中华人民共和国成立后，敦煌一直是县府所在地。1986年又被国务院命名为“中国历史文化名城”。1987年经国务院批准撤县设立敦煌市。
2011年初，撤销杨家桥乡，设立月牙泉镇（2010年末省民政厅批复）。调整后，全市辖7个镇、2个乡：七里镇、沙州镇、肃州镇、莫高镇、转渠口镇乡、阳关镇、月牙泉镇、郭家堡乡、黄渠乡。市政府驻沙洲镇。
2015年，省民政厅（甘民复〔2015〕50号）批复同意撤销郭家堡乡、黄渠乡，设立郭家堡镇、黄渠镇。
2014年12月甘肃城镇体系规划面向社会征求意见 敦煌拟升格为地级市。
行政区划
1987年撤县设市，敦煌市辖7个镇、2个乡（沙州镇、肃州镇、莫高镇、转渠口镇、七里镇、月牙泉镇、郭家堡乡、黄渠乡、阳关镇），11个城市社区居民委员会，56个村民委员会，381个村民小组国营敦煌农场、青海石油管理局生活基地。至2013年，沙州镇为市委、市政府所在地，是全市政治、经济、文化的中心。城西7公里处的七里镇是一座新型的石油城，为青海石油管理局所在地和青海油田后勤生活基地。
地理环境
位置境域
敦煌市地处甘肃省西北部，位于东经92°13′-95°30′，北纬39°53′-41°35′。东西分别与瓜州县、肃北蒙古自治县和阿克塞哈萨克族自治县相接。敦煌位于甘肃、青海、新疆三省（区）的交汇点，东有三危山，南有鸣沙山，西面是沙漠与罗布泊相连，北面是戈壁，与天山余脉相接。
地貌
南北高，中间低，自西南向东北倾斜，平均海拔不足1200米。全市总面积3.12万平方公里，其中绿洲面积1400平方公里，占总面积的4.5%，被沙漠戈壁包围，故有“戈壁绿洲”之称。
气候
敦煌市气候干燥，降雨量少，蒸发量大，昼夜温差大，日照时间长。年平均降水量39.9毫米，蒸发量2486毫米，全年日照时数为3246.7小时。这里四季分明，春季温暖多风，夏季酷暑炎热，秋季凉爽，冬季寒冷。年平均气温为9.4℃,月平均最高气温为24.9℃（7月），月平均最低气温为-9.3℃（1月），极端最高气温为43.6℃，最低气温-28.5℃，年平均降雨量39.9毫米，蒸发量2490毫米，年平均无霜期142天，属典型的暖温带干旱性气候。
灾害
2014年4月23日，受新疆强冷空气和地面冷风过境的共同影响，甘肃省敦煌市出现了大风特强沙尘暴天气，最小能见度小于20米，极大风速18.5米/秒。
资源
气候资源
敦煌光照充足，光合作用强，昼夜温差大，是甘肃省最大的棉花生产基地和瓜果之乡。敦煌大气透明度高，地势平坦开阔，是中国太阳辐射量最高的区域之一，全年日照时数3257.9小时，日照百分率达75%，年太阳辐射量6882.57兆焦耳/平方米，日平均太阳辐射量为18.86兆焦耳/平方米，发展光电产业潜力巨大。敦煌四季多风，风能资源丰富，北湖地区70米高度年平均风速6.91米/秒，平均风能密度379.92瓦/平方米，主导风向西北风，风速平衡，是风力发电的理想区域。
水资源
敦煌绿洲由党河滋润。发源于祁连山的党河，全长390公里，流域面积1.68万平方公里，年径流量3.28亿立方米，是敦煌重要的水利命脉，敦煌人民的母亲河。境内除党河外，地面水还有西水沟、东水沟、南湖泉水区，泉水总溢出量为3.14立方米/秒，年径流量9902.3万立方米。
土地资源
敦煌市耕地面积32万亩，草原面积57万亩，天然林面积119万亩，另有可垦荒地406万亩。由于光照资源丰富，土质肥沃，灌溉条件好，适合各种植物生长，主要农作物有棉花、西瓜、甜瓜、蔬菜小麦、玉米等，出名的野生药材有锁阳，枸杞，罗布麻，甘草等。
矿产资源
截止到2004年，敦煌市境内共发现的矿种26个，矿产地105处。 其中：金属矿产地8处；非金属矿产地97处。已知矿产地中构成矿床的有3处。其中：大型矿床1处即方山口钒矿；中型矿床2处方山口磷矿和青墩峡花岗岩矿；小矿点102处。从探明的矿产储量情况看，优势矿产有钒、磷、花岗岩、石灰岩、芒硝、砂石等。已开办各类矿山企业53户，现已形成有色、黑色、化工、建材四大工业门类。敦煌市方山口有磷、钒、铀矿产资源，矿区东西长15公里，南北宽2公里，面积30平方公里，五氧化二钒金属储量128万吨，磷矿矿石储量1628万吨，铀矿D级储量82万吨。
旅游资源
2010年，敦煌境内现存各类文物景点241处，其中国家级重点文物保护单位3处（莫高窟、玉门关、悬泉置遗址），省级文物保护单位9处，市级文物保护单位35处，另有4A级景点3处（鸣沙山·月牙泉、阳关和雅丹地貌国家地质公园），3A级景点4处（敦煌影视城、三危山景区、沙州夜市和同舟岛景区），2A级1处，1A级1处，国家级水利风景区1处。被称为“文化瑰宝”的莫高窟，1987年，被联合国教科文组织列入世界文化遗产名录。截至2012年底，敦煌市共有宾馆饭店137家，其中星级宾馆30家（五星级1家、四星级7家、三星级13家、二星级9家），总床位1.6万张；旅行社62家，导游1063人，旅游车辆412辆，出租车985辆。
人口民族
人口
敦煌市2012年末总人口达到141969人，比2011年净增26人，包括青海油田公司敦煌生活基地在内敦煌总人口18.75万人。2012年人口出生率7.2‰，比2011年下降0.07‰。2012年人口死亡率5.26‰，比2011年下降0.63‰。2012人口自然增长率控制在1.94‰，比2011年上升0.56‰。2012年计划生育率99.24%，比2011年上升0.52%。…
