惨遭迫害
按照法国当时的习俗，一本书出版之前必须经过某些知名人士的传阅。《爱弥儿》经过外界传阅后，顿时成为大家争论的中心。令人奇怪的是，卢梭这本天真无邪、充满灵感和独具创见的教育学著作，反而被外界视为异端邪说，还被法国法庭列为禁书。
起初，卢梭对外界的传闻并不在意，他想这本教育学著作是为了人类的幸福而写的，怎么会遭受知识分子、教会和国家的反对呢？怎么会将他看成邪恶之徒呢？在外界的压力下，出版社也劝卢梭不要用真实姓名发表这本书，但卢梭坚持要面对那些无谓的攻击。他想他一直服从国家的法律制度，努力做一个忠顺的公民，像其他法国人一样遵守国家法律，总不至于因热爱人类，追求人类幸福而遭受迫害吧。但是恶运偏偏降临到了他的头上，舆论界把卢梭看成了罪犯。
一天晚上，卢梭正在床上阅读圣经。有人送信来，说法院明天——就要派人逮捕他，最高法院判决将《爱弥儿》焚毁，并立即发出逮捕令，要将卢梭打入监牢。不得已卢梭只好告别朋友，离开法国去了瑞士。不久这个国家也命令他在一天之内离开瑞士领土，尔后卢梭又搬到普鲁士国管辖的地区。与此同时，欧洲读者不断来信，女士、年轻人和年轻的哲学家纷纷来函，请求卢梭给予指导，这使他在精神上受到很大鼓舞。
1764年，他寄身在属纳沙特尔伯爵封邑的莫蒂埃，收到不知谁寄来的《公民的感情》一书。他没有认出真正的作者是伏尔泰，但是相信这部书是在他的老朋友德比内夫人指使下写的。这本小册子满篇粗话，对丧失天良抛弃子女的父亲，对秦蕾兹·勒·瓦瑟的情人，对卢梭标榜献给美德的一生中所有的恶行，作了可怕的揭露。
以后，卢梭又应英国哲学家休谟的邀请，去了英国，终因与休谟之间的分歧愈来愈大而离开英国。他不得已改名回到法国，重新过隐居的生活。流亡生涯、不安宁的岁月并未影响到卢梭的著述。他先后著有《忏悔录》、《山中书信》等著作。
逝世与安葬
1778年，卢梭逝世在一个侯爵的庄园里。
法国资产阶级革命后，他的遗体于1794年以隆重的仪式移葬于巴黎先贤祠。隔着走廊，与伏尔泰的棺木相对而立的，是卢梭的棺木。
卢梭一切思想的理论基础是他的自然法则理论。为师法自然，他的棺木外形也设计成为乡村小寺庙模样。从正面看，庙门微微开启，从门缝里伸出一只手来，手中擎着一支熊熊燃烧的火炬，象征着卢梭的思想点燃了革命的燎原烈火 。
思想观点
哲学方面
在哲学上，卢梭主张感觉是认识的来源，坚持“自然神论”的观点；强调人性本善，信仰高于理性。在社会观上，卢梭坚持社会契约论，主张建立资产阶级的“理性王国”；主张自由平等，反对大私有制及其压迫；认为人类不平等的根源是财产的私有，但不主张废除私有制；提出“天赋人权说”，反对专制、暴政。在教育上，他主张教育目的在培养自然人；反对封建教育戕害、轻视儿童，要求提高儿童在教育中的地位；主张改革教育内容和方法，顺应儿童的本性，让他们的身心自由发展，反映了资产阶级和广大劳动人民从封建专制主义下解放出来的要求。
资产阶级论调：人与人的契约构成社会，人与社会的契约构成国家。自然准则高于社会准则，主权高于人权，集体权力高于个人权力。人生而自由，个人自由大于集体自由。法治要结合德治。人即有自然属性也有社会属性。情感教育要先于理智教育，教育要秉承天性培养自然人，从自然到人再到事物的认识过程。
政治方面
描述人和社会关系的《社会契约论》也许是卢梭最重要的著作，其中开头写道“人是生而自由的，但却无往不在枷锁之中”。这本书于1762年出版，当时无人问津，但后来成为了反映西方传统政治思想的最有影响力的著作之一。与他早期作品相反，卢梭认为自然状态是没有法律和道德的兽性状态，好人是因为社会的出现才有的。自然状态下，常有个人能力无法应付的境况，必须通过与其他人的联合才能生存，因而大家都愿意联合起来。人们联合在一起，以一个集体的形式而存在，这就形成了社会。社会的
契约是人们对成员的社会地位的协议。
在《论人类不平等的起源和基础》（“Discours sur l'origine et les fondements de l'inégalité”）中，卢梭尝试把政府的出现解释为统治者与被统治者的一种契约。人们愿意放弃个人自由并被他人所统治的唯一原因，是他们看到个人的权利、快乐和财产在一个有正规政府的社会比在一个无政府的、人人只顾自己的社会能够得到更好的保护。不过，卢梭又指出原始的契约有着明显的缺陷。社会中最富有和最有权力的人“欺骗”了大众，使不平等成为人类社会一个永恒的特点。他在《社会契约论》中提到，统治者与被统治者的契约应该被重新思考。政府不应该是保护少数人的财富和权利，而是应该着眼于每一个人的权利和平等。不管任何形式的政府，如果它没有对每一个人的权利、自由和平等负责，那它就破坏了作为政治职权根本的社会契约。
社会契约理论
卢梭的社会契约理论，从分析社会不平等的起源和发展中，得出用暴力手段推翻封建君主专制政权的激进的革命结论；主张建立以社会契约为基础的民主共和国，提出“人民主权”这一富有彻底反封建的革命精神的民主思想，要求实行体现人民主权、体现公意的法律，强调用法治代替君主专制政治，这些思想具有积极的意义。但是，他的理论也有其局限性。他的理论前提——自然状态是主观臆想出来的，他的社会契约理论是唯心主义的，他忽略了从“恶”的方面考虑问题，没有提出权力之间相互制衡、相互监督的思想。
思想基础
这种思想是法国大革命和美国革命的根本。事实上，说法国和美国革命是卢梭在社会契约上的抽象理论的直接结果毫不过分。罗伯斯庇尔就是卢梭的忠实信徒，被称为“行走中的卢梭”。
卢梭是最早攻击私人财产制度的现代作家之一，因此他也被认为是现代社会主义和共产主义（见马克思）的始祖之一。同时，他质疑多数人的意愿是否一定正确。他指出，政府应该排除多数人（见民主）意愿的影响，捍卫自由、平等和公正。
卢梭的政治哲学中最主要的原则是政治不应与道德分离。当一个国家不能以德服人，它就不能正常地发挥本身的功能，也不能建立对个人的权威。第二个重要的原则是自由，捍卫自由是国家建立的目的之一。这也是法国大革命由政治革命而社会革命，再由社会革命而道德革命，规模和程度远超英美的一个渊源。
卢梭提出：在自然状态（动物所处的状态和人类文明及社会出现以前的状态）下，人本质上是好的，是“高贵的野蛮人”（noble savage）。好人被他们的社会经历所折磨和侵蚀。而社会的发展导致了人类不幸的继续。卢梭的《论科学与艺术》（“Discours sur les sciences et les arts”，1750）强调，艺术与科学的进步并没有给人类带来好处。他认为知识的积累加强了政府的统治而压制了个人的自由。他总结得，物质文明的发展事实上破坏了真挚的友谊，取而代之的是嫉妒、畏惧和怀疑。
教育方面
在《爱弥儿》中体现的卢梭对教育的观念——自然主义，深深地影响了现代教育理论。他降低书面知识的重要性，建议孩子的情感教育先于理性教育。他尤为强调通过个人经验来学习。
“让我们回归自然”
在早期的作品中，他把自然描述为原始人所处的原始的状态。后来，在伏尔泰（Voltaire）的批评下，他把自然描述为人建立自己个性和个人世界过程的自发性。所以，自然意味着内心的状态、完整的人格和精神的自由。与之形成对比的是社会在文明的幌子下进行的关押和奴役。因此，回归自然就是使人恢复这种自然过程的力量，脱离外界社会的各种压迫，以及文明的偏见。…
