近代，除了藏经洞文物受到瓜分，敦煌壁画和塑像也蒙受了巨大的损失，所有唐宋时期的壁画均已不在敦煌。伯希和与1923年到来的哈佛大学兰登·华尔纳先后利用胶布粘取了大批有价值壁画，有时甚至只揭取壁画中的一小块图像，严重损害了壁画的完整性。王圆箓为打通部分洞窟也毁坏了不少壁画。1922年，莫高窟曾一度关押了数百名俄罗斯沙皇军队士兵，他们在洞窟中烟熏火燎，破坏不小。
1940年，张大千在此描摹壁画时，发现部分壁画有内外两层，他便揭去外层以观赏内层，这种做法后来引发了争议，依然争论不休。1940年至1942年，国画家张大千两次赴敦煌莫高窟临摹壁画，在那里逗留的时间加起来约一年多，剥损壁画的事情就发生在这期间。张大千剥损的壁画总共约有30余处。莫高窟第130窟是敦煌最具代表性的石窟之一，窟内26米高的佛像是敦煌第二大佛。张大千剥损的壁画位于进门甬道，据介绍，他首先剥去第一层的西夏壁画，然后又剥去第二层的晚唐壁画，如今人们只能看到最下面的盛唐壁画，而盛唐壁画因前人覆盖时为了增加泥土粘合力，已被划得面目全非。甬道的墙上，清晰地留下了他层层剥画的断面。据记载，这座石窟历时29年才筑成，平均一年掘进一米，而张大千在短时间内使它大大改观。如此典型的被他剥损壁画的石窟还有第108窟、454窟等。
掠夺简史
光绪二十六年（公元1900年）道士王圆箓发现“藏经洞”，
洞内藏有写经、文书和文物四万多件。此后莫高窟更为引人注目。
1907、1914年英国的斯坦因两次掠走遗书、文物一万多件。
1908年法国人伯希和从藏经洞中拣选文书中的精品，掠走约5000件。
1910年藏经洞中的劫余写经，大部分运至北京，交京师图书馆收藏。
1911年日本人橘瑞超和吉川小一郎从王道士处，掠走约600件经卷。
1914年俄国人奥尔登堡又从敦煌拿走一批经卷写本，并进行洞窟测绘，还盗走了第263窟的壁画。
1924年美国人华尔纳用特制的化学胶液，粘揭盗走莫高窟壁画26块。
保护现状
国外合作
1992年由日本政府无偿援建，位于售票处对面，为半地下式博物馆，
持莫高窟门票免费参观。主要展览包括莫高窟的考古发现、莫高窟的保护和研究历史、与国外研究机构的合作项目介绍等，敦煌石窟文物陈列展厅，展出敦煌石窟出土的文物精品，设有敦煌莫高窟的创建、敦煌壁画摹本珍品、画工绘制洞窟使用过的绘画工具、莫高窟发现的精美的古代丝织物、藏经洞发现的古代写本真迹、敦煌花砖艺术等陈列单元。它们从不同的侧面，反映了敦煌石窟的发展历史和丰富多彩的文物。
石窟复制展区以1:1比例复制的八座有代表性的洞窟，包括北凉第275窟、西魏第249和第285窟、隋代第19窟、初唐第220窟、盛唐第217窟、元代第3窟和安西榆林窟中唐第25窟，展示了敦煌石窟营建一千年间的艺术精品。
中国保护
1944年，国立敦煌艺术研究所成立，常书鸿任所长，标志着敦煌莫高窟保护与研究工作的正式开始。
1950年，改国立敦煌艺术研究所为敦煌文物研究所，国家正式参与敦煌文物的保护、维修与研究。
1951年，文化部委托清华大学、北京大学、古代建筑修整所的古建、考古专家，勘察莫高窟保护现状，制定保护规划，并在此后的10年间，抢修了5座唐宋木结构建筑，维修加固了3处崩塌崖面和数百个洞窟。
1961年，敦煌莫高窟被列为国家级文物保护单位。
1963年~1966年，先后三期完成了敦煌莫高窟576米崖面和354个洞窟的维修加固。
1983年，中国敦煌吐鲁番学会成立。
1984年，将扩建后的敦煌文物研究所改名为敦煌研究院，段文杰任院长，同年完成莫高窟南区南段26个洞窟和172米崖面的加固工程。
1987年，敦煌莫高窟被联合国教科文组织列入“世界文化遗产”名录，同年日本人青山庆示向敦煌研究院捐赠8件敦煌文物，这是流失海外的藏经洞文物首次归还中国。
1988年，国家文物局、敦煌研究院、美国盖蒂保护所签订保护敦煌莫高窟国际合作项目，同年与日本东京国立文化财研究所也签订合作保护项目。
1993年，敦煌研究院与美国盖蒂保护研究所、中国文物研究所联合举办了首届“丝绸之路古遗址保护国际学术会议”。
1998年，敦煌研究院与兰州大学敦煌学研究所合作，申请并通过了中国第一个
敦煌学博士学位授予点。
1999年~2002年，敦煌研究院与美国盖蒂保护研究所、澳大利亚遗产委员会合作，制定了《敦煌莫高窟保护与管理总体规划》。
2000年，“藏经洞文物发现暨敦煌学百年”纪念活动在敦煌举行。
2001年，敦煌研究院与兰州大学地质系联合创办中国第一个文物保护研究中心。
2002年，《甘肃省敦煌莫高窟保护条例》被甘肃省人大常委会审议并通过，2003年3月1日正式实施。
2008年12月29日，总投资2.61亿元的莫高窟保护利用工程获国家发改委的批复立项开工，这是莫高窟文物保护史上规模最大、涉及面最广的一项综合性保护工程。该工程包括保护利用设施、崖体加固及栈道、风沙防护、安防等，中央预算内投资1.8亿多元，其余的资金由甘肃省来筹措。整个工程将于2011年完工。
