1605年10月，阿克巴去世。他去世后，他的后代统治印度的五十多年（1605—1657年）是莫卧儿帝国兴盛、封建经济发展的时期。阿克巴为莫卧儿帝国的繁荣发展打下坚实的基础，他是莫卧儿帝国功勋显赫的最著名的人物之一。
鼎盛时期
阿克巴去世后，莫卧儿帝国先后由贾汉吉尔和沙贾汗统治。贾汗吉国王（1605—1627在位）时期，锡克教第五代祖师阿尔琼把教区改为行政机构，向信徒征收赋税。这一举动在莫卧儿帝国内引起震动，它显然具有分庭抗礼的意味。阿尔琼还在阿姆利则建立金店，作为锡克教圣地和行政管理中心。锡克教圣典《阿底格兰特》也成书于这个时期。锡克教过去一直标榜为和平静修的团体，祖师只关心传教，从不干预政治。阿尔琼却卷入了莫卧儿皇室的纷争，庇护叛乱的王子，从而遭到贾汗吉国王的嫉恨，1606年引来杀身之祸。以此为发端，锡克教和平发展时期结束。
1633年，沙贾汗击败并兼并了艾哈迈德讷格尔王国。然而，这次胜利却激起几股力量的反抗，这些力量将加速莫卧儿帝国的灭亡。沙贾汗于1638年重新占领坎大哈，但于1649年再次失去了它。在一次徒劳无功的攻占撒马尔罕的尝试中，他损失了5,000人。他只在南方取得了胜利，在那里，他首先追击一位因被怀疑叛国而于1629 年逃到艾哈迈德讷格尔王国的将军。沙贾汗在布尔汉布尔指挥军事行动。
1657年，沙贾汗病重，他的四个儿子开始争夺皇位。沙贾汗宠爱他的长子达拉·什克（Dara Shikoh），但他的第三子奥朗则布在诸王子中最有能力，他和达拉·什克特别仇视对方。沙贾汗恢复了健康，但那时他的儿子们之间的冲突已经到了没有回头路的地步，因此他无法阻止家族内部的战争。1658年，奥朗则布获胜，废黜了他的父亲。
17世纪中期，莫卧儿帝国处在黄金时代。印度人本是杰出的建筑师，皇帝沙贾汗时期，印度建成了德里的红堡等许多著名建筑。在这众多的名胜古迹中，最著名的是沙贾汗为其死去的宠妃建造的礼物——阿格拉市的泰姬陵。
奥朗则布是莫卧儿帝国最重要但也最具争议的皇帝。他放弃了莫卧儿帝国初期尤其是阿克巴时代的宗教宽容政策，加强伊斯兰教的宗教地位，企图使印度完全伊斯兰化。奥朗则布恢复对非穆斯林征收人头税，将印度教徒逐出政府，并大举拆毁印度教庙宇与神像。这些短视的政策导致帝国境内的非穆斯林与政府的矛盾突然尖锐起来，并很快演变成武装斗争。坚持自己信仰的锡克教徒和拉其普特人成为莫卧儿帝国公开的敌人；奥朗则布虽然多次打败他们，却无法彻底消灭其反抗力量。最危险的国内敌人是新兴的马拉塔人国家，它后来发展出可与莫卧儿帝国匹敌的军事能力。
另一方面，由于奥朗则布力图消灭他的政治对手，莫卧儿帝国的疆域在他在位时扩张到最大限度。他长期驻留在德干指挥对该地区各穆斯林小国的征服，这些国家是16世纪初德干的伊斯兰教强国巴赫马尼王朝分裂后形成的。其结果是奥朗则布取得了胜利，将德干地区并入帝国版图，成为印度南方的最高统治者。除了南亚次大陆的南端和马拉塔王国以外，奥朗则布统一了整个印度次大陆。奥朗则布去世后的莫卧儿帝国称为“后期莫卧儿”。这一时期的特点是，皇帝大都昏庸无能，马拉塔人愈战愈强，大有取莫卧儿而代之的趋势。但是，决定印度命运的因素是新生的欧洲列强。
帝国衰落
18世纪初，到奥朗则布去世时，留下的已是一个四分
五裂的帝国。当时，欧洲殖民者，特别是英国殖民者正加紧侵略印度，而印度已陷于分裂，削弱了抵抗力量。结果，正如马克思所分析的：“大莫卧儿的无限权力被他的总督们打倒，总督们权力被马拉塔人打倒，马拉塔人的权力被阿富汗人打倒，而在大家这样混战的时候，不列颠人闯了进来，把他们全部征服了。”首先，旁遮普农民用自己的锡克教作为思想武器和组织形式，要求消灭种姓区别，提出建立土地归农民所有的“真理王国”。他们发动了坚持数十年的农民武装斗争，斗争此起彼伏，规模愈来愈大，起义地区实际上一度摆脱了莫卧儿帝国的管辖。但由于各自为战，后来被国家统治者各个击败。同时，莫卧儿帝国统治也开始衰落了。
衰落了的国家机关无力抵御来自西北方的外族入侵。1748年，阿富汗人侵入莫卧儿北部，几度进占德里。1761年，阿富汗游牧军与马拉塔人10万大军在巴尼帕特会战，马拉塔人又遭惨败。马拉塔人是莫卧儿一支抵抗西方侵略者的强大力量，但经过这次会战，受到严重削弱。这时与英国争夺莫卧儿的劲敌是法国，经过1756—1763年的英法“七年战争”，英国驱逐了法国的势力。在“七年战争”期间，英国殖民者首先向富庶的孟加拉省下手。1757年1月，英国派遣臭名昭著的殖民强盗克莱武率领侵略军在孟加拉省登陆，收买孟加拉省总督属下的内奸，打败孟加拉军，实行野蛮统治。最后使得他所立的傀儡米尔·卡西姆也不能容忍他的控制，迁都备战，率兵两万，于1763年发动反英起义。1774年，占领孟加拉后，英国殖民者立即把孟加拉西北的奥德邦收为附庸，并转而南侵迈索尔邦，逐步实施征服整个次大陆的狂妄计划。但迈索尔邦的苏丹海达尔·阿里和他的儿子铁普苏丹（1782—1799年在位）领导人民英勇抗击英军。铁普苏丹于1799年5月，在保卫首府战役中英勇牺牲。
英国殖民
从19世纪40年代起，英国侵略的矛头转向北面锡克教人居住的旁遮普地区（今巴基斯坦境内）。锡克教徒英勇抵抗，但是封建主怕发动群众，加上指挥不当，没有团结伊斯兰教和印度教徒共同对敌，以致旁遮普为英国所侵占。当时次大陆上已经没有权威的国家组织，莫卧儿帝国已徒有虚名，宗教、民族、种姓、地区等种种对立，使英国侵略者能够利用来各个击破，分而治之。
英国在1849年吞并旁遮普以后，莫卧儿帝国
完全沦为英国殖民地，对莫卧儿在政治上继续采用“分而治之”的手段进行统治，政府实权在英国人手里，莫卧儿皇帝只是一个傀儡而已。
1857年5月，为了反对英国殖民者，莫卧儿民族反英起义爆发。起义者拥立早已名存实亡的莫卧儿帝国末代皇帝巴哈杜尔·沙二世为印度皇帝，以他的名义发布文告，号召全国人民不分宗教信仰，一致奋起驱逐英国殖民者。9月，英军殖民者进入起义的重要中心德里城，以巴哈杜尔皇帝为首的蒙古族封建贵族集团投降，起义军撤退，德里失陷。在章西邦，章西女王（1835—1858年）是反英起义中的重要领袖。她是章西邦王后，夫死后，国土被东印度公司吞并，受英国直接统治，剥削加重。1857年，章西女王亲自率领本邦军民起义，驱逐英军，占领章西，重新复国。次年初，章西成为中印度起义中心，女王亲自指挥章西军民与英军激战八天，重创英军。后率军向西转移，与英军决战中身先士卒，奋勇杀敌，最后英勇牺牲，死时年仅23岁。莫卧儿帝国完全被英国殖民者占领。但莫卧儿民族反英起义也沉重打击了英国殖民统治，“使英国的统治从印度的一端到另一端发生动摇”。之后，莫卧儿帝国末代皇帝巴哈杜尔被英国殖民当局放逐。
灭亡之后
莫卧儿帝国消亡后，英国又直接统治印度共90年，至1947年。当莫卧儿人摆脱英国统治的时候，已变成印度、巴基斯坦、孟加拉、阿富汗、伊朗等诸国，早年从中亚迁来的伊斯兰教蒙古人早已与这些国家的各民族融合为一体。如今，在阿富汗、伊朗等地有莫戈尔人和哈扎尔人。
疆域
沙贾汗统治时期是莫卧儿帝国最兴盛时代。沙贾汗不断向德干高原用兵，吞并了艾哈迈德纳加尔，迫使高康达 称臣纳贡，强迫比贾普尔承认莫卧儿的宗主权，把帝国的版图扩大到科佛里河附近。奥朗则布统治时期，莫卧儿帝国的疆域最大，从喀布尔到吉大港，从克什米尔到卡维里河，除半岛极南端以外的整个次大陆都纳入了莫卧儿帝国的版图。 …
