在中岳，神农与众凡人联手破除了连神仙都很棘手的五行阵。之后，花神违抗玉帝的旨意，从二郎神手中救下了朱雀。四圣兽齐聚花神麾下。龙太子修炼大成，出关擒下花神众人，逼迫五姑娘成亲。尾随花神等人的红姑娘出手相救，却被龙太子重伤打下山崖。花神等人慌忙中逃进一个山洞，发现此山洞机关重重，异常神秘。原来此山洞正是最后一处净土的收藏地，看护者乃是伏羲。伏羲拒绝交出净土，提出用比武的方式决定净土的归属。比武中，伏羲激发了神农巨大的潜力，让神农明白人类也可以掌握强大的力量。伏羲含笑死在神农手上。
瘟神的主人神秘人救下了红姑娘，并赐予她强大的力量。红姑娘假意投靠神秘人，接到的第一个命令却是暗中保护花神等人。
花神得到消息，黄帝终于打败了蚩尤，统一了中原。没多久，突变袭来。天上出现了十个太阳。玉帝取出盘古留下的神弓却无法使用。花神找到了后羿。后羿用神弓射下了九个太阳。后羿深爱嫦娥，谢绝了玉帝招他成仙的邀请，只是推辞不过，收下了王母赏赐的仙丹。后羿徒弟逢蒙觊觎仙丹，趁后羿出门想偷取仙丹却被嫦娥发现。争斗中，嫦娥情急之下吞下仙丹飞天而去。后羿误会嫦娥，几欲射杀嫦娥。花神让后羿明白了事情的真相。逢蒙却被神秘人救走。
在天池附近，花神等人遇到了水灵族人。花神答应水灵族长老帮助解决水灵兽发狂导致族人断水一事。水灵族的共工跟随花神等人前去天池。花神等人敌不过水灵兽。花神和神农被水灵族上任长老救下，又得知了水灵族以及真水、水灵兽跟女娲之间的来龙去脉。与此同时，花神对神农的感情也慢慢发生了变化。花神收服了水灵兽。共工却吞下水灵兽的内丹成为水神，抢夺真水。祝融修行经过此地，与共工进行了一场水火大战。共工逃走，花神为了真水回到水灵村查询共工的下落，却发现水灵族人被逢蒙和红姑娘劫持。逢蒙要求花神交出真水。红姑娘杀掉逢蒙，独自离去。花神也接到消息，天庭再遭变故，玉帝失踪。人间的黄帝也忽得怪病，昏迷不醒。天人两界一片大乱。花神暂时放弃了取最后的真水，开始着手调查。一直隐藏在暗处的神秘人魔帝终于现身，他从花神处偷得了部分净土，吸取了其中的力量，并占用了龙太子的身躯，妄图称霸天人两界。花神再次得知了令自己震惊的家族秘史：盘古开天后，筋骨血脉化为人间的净土真水。女娲吸收了天地之灵气，随后生下玉帝、黄帝与花神。女娲也开始造人做为黄帝的子民。正当女娲准备神游天外的时候，竟然又生下一子。此子降生时伴有天劫：天上破了一个大洞。女娲认为此子为不祥之人，补天后，把此子封印在九重天外。然后自己神游而去。魔帝默默孕育修炼，终于冲破封印，发现天上人间并无自己容身之处。不甘心的魔帝便开始了报复计划，意图统一天人两界。
花神连劝带斗仍然控制不住魔帝的扩张。危难中，赵公明和六姑娘等几对
情侣也终于冲破了内心的顾虑，走到了一起。瘟神和共工战死。后羿、红姑娘、赵公明、句芒、宝娘等人也纷纷死在魔帝手中。花神不顾一切违反天宫第一禁忌进到盘古洞中，拿出开天斧，要和魔帝生死决战。不料花神自己被开天斧控制了神智，戾气大增，反而同魔帝联起手来。
水灵族长老用生命为代价救下神农，并传给他水灵咒。神农用水灵咒唤醒了花神。花神欲行刺魔帝被魔帝发现。魔帝开始追杀花神。岌岌可危之时，女娲回归，降伏了魔帝。花神劝说母亲放过魔帝。女娲遂开辟了冥界供魔帝职掌。
众人皆以为天上人间重归太平。不料女娲看见人间仍然是荒芜一片，纷乱四起，十分寒心，有了灭世的念头。玉帝和黄帝联手与女娲一战，终不是女娲的敌手。紧要关头，花神取得了真水，人间终于开出鲜花。女娲见此景象，认为人间尚有希望，打消了灭世的念头，再次神游而去。
天上人间重归和谐。神农也写出利用鲜花和草药制成的药方，供世人对付瘟神留下的瘟疫。神农再也隐瞒不住自己的病情，终于病发。原来神农尝遍百草，体内毒素已经到了不可控制的地步。神农再次拒绝了花神化身成仙的建议。花神含泪看着神农死去。花神率领七仙女在天上洒下鲜花，仿佛在涤清人间一切污秽，又仿佛在默默怀念着神农 。
