第二部：龙雀配
宋室皇帝微服私访，密谋夺权的王爷封锁消息，企图置皇帝于死地，王爷指使太监崔浩勾结水寇混江龙，劫了贡船，混乱之中，皇帝负伤，被俞慧心所救，二人产生了情愫，慧心却不知道自己所救的人是皇上，贡船在竹山县被劫，身为竹山县令的杭铁生责无旁贷，也与凝香，彦青等展开艰难的侦察。皇帝失踪，王爷派了女杀手寒星接近凝香，伺机行刺皇帝。
杭铁生面对空前的压力，亲自乔装打入水寇内部，赢得了混江龙的信任，终于发现贡船被劫是有内奸提供线索，杭铁生等人为了追查内奸，又开始了新的行动。
与此同时，在京城的王爷，却遭到大臣严峰的挑战，严峰得到妃子梅妃协助，揭穿了王爷封锁皇上微服出巡的阴谋，严峰亲自赶赴竹山，协助杭铁生侦破太监崔浩的真面目，生擒了寒星。贡船一案破了，严峰取代不称职的宰相。
皇帝回到宫中，大摆宴席庆祝，席中，皇帝赏赐有功的梅妃一颗夜明珠，就在众人赞叹之际，灯火全熄，夜明珠被人盗走了，现场只留下一枝梅花。
皇帝大怒，派大内总管包大海缉令一枝梅，包大海是个草包，凡是叫一枝梅的都抓了起来，竹山有个琴师也叫一枝梅，也因此入狱。杭铁生觉得此案有很多可疑之处，尽在大内，便将计就计，故意制造一枝梅已死的假相，赶到京城，在皇宫中展开了新的侦察行动。夜明珠曲折离奇，神秘怪异，王爷兴风作浪。杭铁生追查下去，赫然发现，夜明珠一案的背后ㄒ隐藏著一个皇妃调包案，现 在这个梅妃其实是假的，而一手包办这件大逆不道之事的却是严峰，竹山贡船一案，铁生与严峰早成莫逆之交，严峰任宰相之，更是政绩蜚然，朝中少数能与王爷对抗的忠正之人，要不要为这个小案而毁了国家栋梁？杭铁生陷入痛苦的抉择之中，最后，他认识了国家栋梁是国法，终于不顾凝香等人反对，判了严峰死刑。严峰临死之前也跟王爷同归于尽，为国除了害。
第三部：古井奇冤
竹山县发生一桩年轻少妇谋害亲夫的命案，县令铁生出马查案，师爷彦青因病不能到场验尸，给了年轻的仵作阿祥一展长才的机会。阿祥带著年仅小他八岁的女儿喜鹊一同验尸，并提出“解剖验尸”这等惊世骇俗的主张，最后终逼凶手俯首认罪，助铁生漂亮破案。喜鹊总称呼阿祥“小爹爹”，二人的关系引起铁生好奇，唯话题一旦触及喜鹊的身世，阿祥便明显的有所隐瞒。
县城里突然来了自称神医的郑宽，声称能与药王菩萨沟通，并安排一对夫妇假做病患，特别选在大庭广众之下展现自己“隔空取药”、“冥想治病”的神技，藉此打响名气，甚至就地开设医馆为人治病。热心的慧心积极拉病中的彦青前去求诊，果然见识了郑宽神奇高明的医术，不料中途喜鹊竟冒了出来，直指郑宽是个哗众取宠的骗子，并将彦青扭送官府。
其实郑宽的确医术高明，只是多利用了“隔空取药”、“冥想治病”这样奇特的手法引人注意，以招揽病患罢了。他此行来到竹山，背地里还有个目的，就是要等候刚自朝廷告老还乡的董太师，解决十四年前彼此种下的宿怨。
年轻时的郑宽，医术深受董太师肯定，乃被推荐成为御医，并负起为皇太后治病的重任，董太师偶然在坊间得到一本有关医学的奇书“青囊经补述”，并转送郑宽，书中提及在当时简直不可能施行的所谓“器官移植”的概念，郑宽读罢被深深吸引，并且大胆运用在皇太后的身上，不料结果失败，竟活活医死了太后。郑宽与董太师为图脱罪，乃将过失嫁祸给另一名御医，郑宽甚至进一步害死那对御医夫妇灭口，过程中将御医的妻子掷入井中毁尸灭迹。董太师在得知郑宽手段凶残之后，于是推翻允诺，拒绝了他与爱女玉凤的婚事，甚至将郑宽打残，逐离。
董太师于朝中退休以后，依照计画回到竹山故里养老，殊不料竟然遇到了专来等候的郑宽。郑宽对其怀恨，要胁要与玉凤成亲。玉凤对其父与郑宽的恩恩怨怨完全不知情，对郑宽感情一如从前，这些年甚且因思念过度染上心病，董太师虽对郑宽多有顾忌，但为了治好玉凤的病，也只有任由郑宽为所欲为。
郑宽与董太师之间的紧张关系，以及阿祥对郑宽特殊的畏惧，引起铁生的关注，后来更因为郑宽的贴身心腹阿东害死了不断勒索金的那对假病患，造成命案，促使铁生决定追查郑宽不为人知的另一面。最后终于在凝香的协助下抽丝剥茧，渐渐地挖掘出十四年前喜鹊父母被害的事件。
当年郑宽行凶，曾被当时年仅十岁的阿祥亲眼目睹，并将御医夫妇的两岁女儿从郑宽的追杀中救离。事过境迁，小女孩已长大成人，正是喜鹊，只是阿祥为免喜鹊受到伤害，对其身世始终不肯多提。直到十四年后，郑宽来到竹山，又勾起了阿祥的危机意识。然阿祥不断回避与郑宽接触的同时，喜鹊却好管闲事地不断与诈骗行医的郑宽纠缠周旋。
阿东因命案被捕，乃以当年郑宽害死喜鹊父母的往事做为要胁，要郑宽帮助脱罪，郑宽被迫于探监的时候暗施毒手，杀害阿东灭口。铁生逐渐查出真相，直指郑宽不法，不料董太师却在此刻，运用权势，多方施压。董太师之所以维护郑宽，一方面是受女儿与郑宽感情的影响，另一方面也是为了掩盖自己当年的罪过，这时的他，不得不与郑宽坐上同一条船，成为命运共同体。
郑宽终于知道阿祥就是当年在行凶过程中，携同死者女儿逃走的那名小男孩，于是设计加害，将其灭口，阿祥因此牺牲性命。喜鹊终也得知一切，燃起报仇念头，不料反被郑宽捉住幽禁。
郑宽之所以不杀喜鹊，为的是要实践他的梦想，打算挖出喜鹊的心，为染有心病的玉凤做器官移植，好成就他真正神医的美名。幸好在被挖出心脏以前，被玉凤偶然知道一切，私下放走，总算捡回一命。铁生被太师迫害一度因而丢官罢职，甚至遭郑宽嫁祸是杀害阿祥的凶手，被绑赴刑场。所幸凝香不断奔走，千钧一发地将铁生救起。铁生在获取皇帝信任后，重新搜集了郑宽与董太师所有的不法罪证，并于喜鹊故居井底，捞出当年喜鹊母亲的骸骨，又加上玉凤临门一脚地出面做证，终使得郑宽无所遁形，俯首认罪。
