康熙因体恤怀玉前次进宫险遭守卫所伤，钦赐“御准”金牌，特准怀玉随时进出宫廷，从拜把之义到男女之情，傅怀玉深刻感受了康熙对她的恩宠，毕竟正值花样年华，情窦初开，心湖也自起了涟漪。乃亲手刺了幅“龙在天涯”的绣屏，送进宫里道谢。康熙按着，视若珍藏，从没想过，傅怀玉竟也会刺绣这类女红，能文能武，多才多艺，一颗心已然彻彻底底地被征服了。吴应熊眼见傅怀玉与康熙陷入热恋，伤感不言可喻，虽有心竞争，但顾忌对手地位尊崇，自叹难以匹敌，适逢平西王吴三桂来京，得知儿子有了心爱的人，相询之下，竟是傅亲王的千金，回想当年与傅正联军剿灭南明，曾有手下密报，见傅正于皇宫中接回一来路不明的婴儿，因而怀疑傅怀玉的真实身世，一度亲赴傅府试探，见傅正夫妇应对心虚，更增疑惑，吴应熊得知父亲欲奏本质疑傅怀玉身世，唯恐对傅怀玉不利，百般求情，才使吴三桂打消此念头。
成韵怀恨
成韵见傅怀玉近日勤走皇宫，与康熙关系暧昧，顿时翻倒醋缸，一度大闹，终于触怒康熙，欲下旨拨掉成韵贵人的头衔，太后得情，出面卖了老面子，总算让康熙收回皇命，成韵因而对傅怀玉恨意更深，乃与太后暗中商议，酝酿毒计，由太后出面建议皇上将傅怀玉纳进宫里，欲借此就近约束，使之知难而退。康熙乐见太后肯接纳傅怀玉，满口答应，便下旨迎傅怀玉入宫。而傅怀玉既对康熙生了爱意，自然乐于从命，却哪里知道太后与成韵存心不良，一堆苦头早等在那里。
傅怀玉入宫以后，言行举止饱受约束，加上太后与成韵处处为难，动辄得咎。日子当然不如在宫外好过。虽然如此，但调皮的个性丝毫不改，求见皇上不成，便于夜里溜到乾清宫前扔石头，一次两次，便与康熙达成了默契，成了彼此间的情趣，不过这招用得多了，终于让太后从旁得悉，于是巧立名目，严加管制傅怀玉的行动。傅怀玉受太后与成韵处处设限，控制行动，就连新婚的兄嫂有了身孕也不许她回去探视，赌气之下，乃至夜里离宫。此举正好中了太后圈套，栽赃傅怀玉偷了太后寝宫里的珍宝逃离。傅怀玉回到傅府，宫里禁军随即涌到，奉太后之命扣拿傅怀玉，傅府上下大急，眼巴巴地看着傅怀玉被押回宫里，乃连夜求见皇上，却不知太后早有安排，将傅正夫妇挡在宫外，使之不得其门而入。成韵对傅怀玉恨之入骨，原可轻易将她除去，但太后顾忌皇上对其宠爱，命手下动用私刑，逼迫傅怀玉认罪。傅怀玉宁死不屈，换来一身的皮肉痛，太后见傅怀玉冥顽，只得转而以青青的性命相协，傅怀玉为免青青受害，被迫画押认罪。太后取得供状，师出有名，既命侍卫将傅怀玉与青青剜眼割舌。逐出市井，侍卫依令将二人拖到午门外，黑暗中忽窜出数人，世间斩杀侍卫劫囚而去。原来吴应熊自傅怀玉入宫后，关爱之情丝毫不减，暗中探知太后与成韵对她不利，乃于紧要关头，甘冒危险，率手下营救，安置在秘所妥善照料。
兄弟决裂
吴应熊对傅怀玉深情款款，傅怀玉并非没有体会，但此时的她早已心属康熙，不顾吴应熊劝阻，执意返回宫里相会，然吴应熊说什么也不肯放人，不惜将之挟持出京，期能假以时日，改变傅怀玉的心意，另方面，傅怀玉被劫一事在宫里掀然轩然大波，康熙辗转获知，深信傅怀玉不可能犯下窝盗之事，为此不惜与太后反目，并令人于京城大举搜寻，连日访查，终探知午门劫囚乃吴应熊所为，并将傅怀玉挟离京师，旋即亲自带人马循线追往。康熙由图德海随同，并令傅荣领若干亲兵，星夜兼程，终于在某客店拦下私自离京欲逃返云南的吴应熊，救出傅怀玉。昔日拜把哥儿们，今日为情所困，三人面对，傅怀玉含泪向吴应熊表达歉疚，终还是选择了随康熙回京，吴应熊至此，竟步上其父的后尘，冲冠一怒为红颜，恨康熙倚仗皇势，夺人所爱，既将傅怀玉接入宫中，又未尽照顾之责，当下与康熙割袍断义，彻底决裂，康熙念及昔日旧情，也不留难，放任吴应熊西去。
康熙接傅怀玉回京，未免太后再藉故刁难，只得万分不舍地送傅怀玉回傅府，原以为可以重拾平静的生活，却不料傅怀玉竟然怀了身孕，不消说，自是康熙的龙种，傅怀玉又惊又喜，急着要将此事告诉皇上，却遭兰姨极力制止。情势所逼，兰姨不得不将傅怀玉的身世告知，举证历历，晴天霹雳，却令傅怀玉不得不信，一时间，深爱之人竟成冤家，孩子的爹竟是与自己不共戴天的仇敌，顿时难以自处，想一死了之，幸兰姨急阻，并晓以大义，赋予激起刺杀康熙的念头。
三藩势力一直是康熙主政以来最大的忧患，当中尤以驻扎滇、贵一带的吴三桂威胁最大，康熙藉平南王尚可喜告老归田的机会，婉拒其子袭爵，从而开始了他铲除三藩的动作。吴三桂有感康熙的意图，遂与平南王、靖南王互通鼻息，并起造反，于滇、贵，沿海一带狂乱起事，吴应熊自回云南，心情久久不能平复，向来反对其父“再次”谋反的他，竟大声附和，为的却是情关难破。
三藩造反，康熙决意亲征，并令傅家父子统兵，傅怀玉见此乃刺皇的大好机会，隐瞒怀孕之事，乃谓同往，行军途中，多次有机会下手，却总在紧要关头矛盾迟疑，不料一次突袭行动，眼看康熙将要遇害，傅怀玉竟中途倒戈，反救了康熙，更因此造成腹中胎儿流产。康熙方知傅怀玉怀了他的龙种，对其舍命相救，感激不已，乱党组织于行刺失手后，透过兰姨，暗中与傅怀玉接触，质疑傅怀玉既知自己明室后裔，何故反帮了敌人？傅怀玉经深思熟虑，慷慨陈词，道康熙是历代少见的明君，清廷入主中原，是他爷爷辈的事，怎能把帐算到他头上？再则康熙正在征讨吴三桂，吴三桂背叛明朝，引清兵入关，他才是大明子弟的头号敌人。乱党首领果然接受公主的见议，同意待康熙除去三藩再谈反清之事，傅怀玉乃在众人的监视下，当场切结，同意三藩尽除之时，便取康熙的头脑。几乎同时，康熙经由图德海跟踪查探，也获知了傅怀玉骇人听闻的身世，且身负行刺自己的重任。康熙为此，陷入了极端的矛盾与痛苦中，傅怀玉何当不是？一对恋人貌合神离，尔虞我诈，爱情受到空前的磨难与考验。
康熙亲领大军到了西南，战事乃起，清兵连战皆捷，傅怀玉更是身先士卒，直捣平西王府，手刃吴三桂，立下战功，也算亲手报了宗室之仇。吴应熊战后被擒，康熙亲审，面对昔日拜把竟成敌囚，不胜唏嘘，康熙姑念旧情，欲放吴应熊生路，乃以替身押赴刑场公开斩首，私下放走吴应熊，康熙与傅怀玉联袂亲往送行。不想吴应熊竟不领情，敢爱敢恨地当着康熙与傅怀玉面前自刎，以明其志。
除却巫山不是云
康熙平定三藩，班师回朝，却难避免去面对傅怀玉的恩怨情仇，原以为二人已暗中达成默契，却将此事永远隐瞒，却不料成泰父子偶然察知兰姨与乱党有所接触，进而掌握了傅怀玉的身世秘密。据此控告傅府有谋反之意，奏请皇帝明快处置，康熙欲盖此事，备受压力，只得下令刑部议处。成安小人得志，率兵抄了傅王府，傅府下上尽遭牵连入狱，傅怀玉侥幸逃脱，成了钦命要犯。逃亡途中，傅怀玉不忍牵连父母兄嫂，乃毅然折返，夜探皇宫。康熙于傅怀玉逃后，一则以喜，一则以忧，见傅怀玉夜入寝宫，安然无恙，难掩关爱之意。一个是大清皇帝，一个是前朝公主，彼此都爱着宿命的煎熬。眼看爱情是不可能有结局了，傅怀玉跪请康熙姑念傅家于征讨三藩时立下战功，恩免其罪，康熙表示早有此意，至于两人之间，则相约另处，做一个了断。康熙果然依约赴会，二人旧地重游，燃烧着彼此的情，无奈景物依旧，人事已非，傅怀玉从“天子表妹”摇身一变，成了明朝公主，和康熙更从恋人变成仇人，两人携手经历有如梦境般的一样，待清醒，只能大叹命运捉弄。康熙默许傅怀玉离去，且见傅怀玉含泪策马远走，忽然回身一箭，射下康熙龙冠，康熙惊骇之余，拾望，箭身上早别有一张纸条，写道“大明公主已取下清皇帝头，有此箭为凭，明清两朝恩怨，从此一笔勾销”，又见箭身上，娟秀的字体刻着“曾经沧海难为水，除却巫山不是云”。…
