嘉庆十五年（1810年），二月，颙琰下诏说吸食鸦片有害身体，敕令各督抚断其来源。 镇压了爆发于东南海疆的蔡牵起义军。
嘉庆十六年（1811年）七月，颙琰禁西洋人在内地居住，并禁止人民人接触天主教。
嘉庆十七年（1812年）正月，颙琰命皇二子绵宁诣太庙行礼。六月，颙琰将闲散宗室迁移到关外盛京居住，给他们盖房屋并且给田、给银子。
嘉庆十八年（1813年），北方爆发天理教起义，部分天理教徒，在太监接应下冲进皇宫，“酿成汉唐、宋明未有之事”。颙琰下诏罪已，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，无一幸免，并捕杀在城外的头目林清等。天理教起义被镇压。
嘉庆十九年（1814年）十一月，颙琰命开垦伊犁、吉林的荒地。十二月，批准两广总督蒋攸铦严禁农民为洋人服役，洋行不得私盖夷式房屋以及清查商欠等各项具体规定。
嘉庆二十年（1815年）正月，颙琰命智亲王绵宁至太庙行礼。三月，两广总督蒋攸铦疏陈查禁鸦片烟章程。十一月，理亲王昭梿削爵圈禁。
嘉庆二十一年（1816年），拒绝了英国提出的建立外交关系、开辟通商口岸、割让浙江沿海岛屿的要求。而闭关锁国的传统观念，也使其对外来事物采取盲目排斥态度。
晚年逝世
嘉庆二十二年（1817年）三月，增设天津水师营总兵官，专辖水师两营。六月，松筠疏请停止下年谒祖陵，奉旨严斥，罢其大学士衔，黜为察哈尔都统。
嘉庆二十三年（1818年）正月，谕：“内廷主位之母家，如高斌、缊布等，已入满洲旗分，俱曾各赏满洲姓名书写矣。惟玉牒内孝仪纯皇后之母家姓氏仍单字书写。著交宗人府于玉牒内孝仪纯皇后之母家书写魏佳氏。”
五月，因修《明鉴》，于万历、天启两朝载入先朝开创之事及加按语颂扬，颙琰认为于体例未合，下诏降罚正、副总裁官，并另行纂辑。七月，启銮东巡盛京。十月，回銮谒东陵，万寿节于兴隆寺行宫受贺。
嘉庆二十四年（1819年）正月，颙琰六旬万寿赐宴群臣。封皇三子绵恺为惇亲王，皇四子绵忻为端亲王。五月，成亲王永瑆因为告祭时的礼法有误，被颙琰罢职削俸归第。七月，颙琰因为仪亲王永璇擅自刺探政事，被停止入值军机处，只留内廷行走。
嘉庆二十五年（1820年）七月十八日，颙琰自圆明园起程，前往避暑山庄。一周后，到达山庄。二十五日（1820年9月2日）颙琰在承德避暑山庄突然病死，终年61岁。卒谥“受天兴运敷化绥猷崇文经武孝恭勤俭端敏英哲睿皇帝”，道光帝即位，于“孝恭”前加上“光裕”二字。庙号仁宗。葬河北易县清西陵之昌陵。 极有可能是天气太热，中暑后突发心脑血管疾病而亡。
《清仁宗实录》这样记载：“此次跸图，偶感暍暑。”证实了嘉庆帝当初是中暑了。但是，单纯的中暑不会死人，可能是由于年事已高，突发心脑血管疾病而暴亡。 卒谥受天兴运敷化绥猷崇文经武孝恭勤俭端敏英哲睿皇帝。
为政举措
政治
在政治上，面对乾隆末年的种种弊端，颙琰也努力扭转。乾隆末年权臣当道，言路堵塞。颙琰首先“诏求直言，广开言路”，鼓励大家向皇帝提意见。还褒奖起复了部分乾隆朝以言获罪的官员。
乾隆后期吏治败坏，贪污腐败严重。嘉庆五年（1801年）十月，他在上谕中指出：“整饬吏治，以清廉为本”，“贪墨之风，首当严惩”。 对此，颙琰一方面继续重用乾隆后期重用的王杰、朱珪、董诰等清廉的老臣，他还听从老师朱珪“身先节俭，崇奖清廉”的建议，限制地方向他呈送宝物，“诏罢贡献，黜奢崇俭”，平时生活也比较节俭，五十大寿禁止民间演戏庆贺，六十大寿又禁止给他送金珠玉器。
嘉庆四年（1799年）正月，乾隆驾崩，和珅失去靠山，初四日，颙琰发出上谕：解除和珅死党福长安的军机处大臣职务，命和珅与福长安昼夜守灵，不得擅离，切断他们与外界的联系。并削夺了和珅的大学士、领班军机大臣、步军统领、九门提督的军政大权。
初九日，革除和珅、福长安的职务，下刑部大狱。查抄和珅家产，并会同审讯。十一日，宣布和珅二十大罪状，考虑到他曾任领班军机大臣，为了朝廷体面，赐他自裁。
颙琰惩治和珅案没有株连，也没有扩大化，这是嘉庆的聪明之处；但他只把和珅当作个案处理，而没有把“和珅现象”当作制度性的弊端去解决，进行制度性的改革，这是颙琰的平庸之处。
另一方面，他“整饬内政，整肃纲纪”，除和珅及其党羽外还陆续惩治了好些贪官：
嘉庆五年（1800年），处死了向粮道、卫弁索取数万两银钱的漕运总督富纲。
嘉庆十一年（1806年）四月十六日，革去勒索钱财的河东河道总督职务，九月，查处了直隶司书王丽南侵吞帑银31万两大案，获银万两以上的斩首，万两以下的遣戍黑龙江。
嘉庆十四年（1809年）五月，巡漕御史英纶以贪污卑污处以绞刑，七月处死贪污救灾款并杀害前来查赈官员的安徽山阳县知县王伸汉，为此还革职流放了两江总督铁保、江苏巡抚汪日章。
对于官员的玩忽职守之风，颙琰首先从自己做起，学习先帝，勤于政事。每天一大早就起身阅读祖宗实录，批阅奏章，早饭后还召见大臣。对于拖拉延搁的现象严斥不贷。嘉庆十三年（1808年）四月，皇孙出世，内阁考虑到颙琰正高兴，怕送奏折影响他，他知道后就对这种做法进行了斥责。
嘉庆八年（1803年）闰二月二十日，颙琰在从圆明园回宫时在神武门遇刺，随从上百名侍卫只有几位反应过来出手相救，所幸颙琰未受伤，刺客陈德当场被擒，后被凌迟处死，两个儿子也被处绞。事后颙琰惩罚了失职的官员，侍卫，加强了紫禁城的门禁制度。
嘉庆十五年（1810年）正月颙琰斥责部院衙门因循怠玩。
嘉庆二十三年（1818年）十一月，颙琰又下令查部院疲玩现象，十二月初九规定了部院行查时间逾限处分：嗣后逾限11到20案，罚俸6个月；逾限21到40案，罚俸2年；逾限40到60案，降一级留任；……他还多次要求地方官员对民隐民情“纤悉无隐”，据实陈报，力戒欺隐、粉饰、怠惰之风。
军事
乾隆末年，国内阶级矛盾尖锐，由于乾隆皇帝大兴文字狱，川、楚、陕等地就爆发了大规模的白莲教起义，到乾隆去世前，朝廷多次派兵围剿，起义军虽然受到一些打击，但仍然如火如荼。
颙琰亲政后，他通过诛杀和珅，缓解民怨，并把几年来镇压起义不力的责任推给和珅，说他欺罔擅专，以至将领在他庇护下虚冒功绩，坐糜军饷，另一方面更易统兵大员；奖惩分明，逼将领用命；严密军事部署；实行剿抚兼施的两手政策，分化瓦解起义军；推广寨堡团练，坚壁清野的做法，割断了起义军与人民的联系。
嘉庆十年（1805年）将起义镇压下去，在历时九年多的战争中，白莲教起义军占据或攻破州县达204个，抗击了清政府从十六个省征调来的大批军队，歼灭了大量清军，击毙副将以下将弁400余名，提镇等一、二品大员二十余名，清政府耗费军费二亿两，相当于四年的财政收入。这次起义使清王朝元气大伤，此后清朝的统治逐渐走向衰落。
由于清政府对民众的压榨加剧，东南沿海部分民众被迫下海为盗，从乾隆五十九年（1794年）起蔡牵在东南海上劫船越货，封锁航道，收“出洋税”，后来进一步发展为反清起义。清政府命浙江水师提督李长庚赴闽造大舰，铸炮负责镇压，后来李长庚阵亡，直到嘉庆十五年（1810年），起义才被镇压。
嘉庆十八年（1813年），趁嘉庆帝离京前往热河围猎，北京防务空虚，北方爆发天理教起义，部分天理教徒在太监接应下冲进皇宫，当时正在宫内的皇次子绵宁（道光帝）用鸟枪打死了两个天理教徒，镇国公奕灏调来火器营、健锐营兵入宫，义军终因寡不敌众，被全部消灭。获悉事变后，嘉庆帝下诏罪己，同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮，并诱捕在城外的头目林清等。随后，各地的天理教起义陆续被镇压。…
