1948年1月16日，白崇禧在九江召开豫皖鄂湘赣五省“绥靖”会议，19日自九江回汉口，2月6日自汉口回抵南京。3月29日国民大会在南京揭幕，白崇禧作为代表参加，但反对“行宪”。4月12日，国防部长白崇禧在国民大会报告军事，北方代表要求挽救军事危机，严厉抨击陈诚。4月24日，李宗仁因蒋介石意图操纵副总统选举而声明退出，蒋介石无奈，25日国民党中央常会讨论副总统选举问题，推白崇禧向李宗仁解释误会，盼停止互相攻击之宣传，在白崇禧的策划下，29日李宗仁当选为副总统，桂系声势大振，更引起蒋介石的忌恨。6月1日新政府成立，特任白崇禧为总统府战略顾问委员会主任委员兼华中“剿匪总司令部”总司令，11日白崇禧力辞华中剿匪总司令职，15日在黄绍竑劝说下打消辞意，25日白崇禧自南京抵汉口，26日自汉口到豫南前线视察，28日在汉口正式就任总司令，29日“国防部九江指挥部”改为“华中剿匪总司令部”。7月5日白崇禧在汉口讲演，主整肃人心，切实执行“民生主义”的平均地权，节制资本，争取民众，实施“总体战”，10日白崇禧到蚌埠，主持绥靖会议，26日白崇禧自汉口到南京，谒蒋介石，8月2日参加军事会议，9月9日白崇禧自南京返汉口。9月22日设立华中剿匪总司令部政务委员会。10月24日，何应钦、白崇禧统一指挥华中和徐州两个“剿总”的部队，重新提出“守江必先守淮”的方针，蒋介石已然答应，白崇禧也表示同意，但后来看出调整部署已经来不及了，怕是蒋介石要他背黑锅的陷阱而坚决拒绝。11月5日到南京参加会议，7日自南京返抵武汉。12月24日白崇禧从汉口发出“亥敬电”，要求蒋介石下野，企图依靠长江天险，维持国民党在江南的统治。12月24日白崇禧电请何应钦、张群、张治中，转蒋介石，谓“人心、士气、物力已不能再战”，主与中共谋和，逼蒋下野，此为“亥敬电”。12月25日，新华社公布“罪大恶极，国人皆曰可杀”的四十三名战犯名单，白崇禧列第四位。
1949年7月17日白崇禧到广州，18日回长沙，22日解放军逼长沙、株洲，白崇禧自长沙移驻衡阳。8月4日程潜和陈明仁在长沙和平起义，蒋、白虽极力劝阻而未成，13日白崇禧到广州。9月14日白崇禧连日在广州与余汉谋、薛岳商华南军事，17日返衡阳，为了坚定美国给他十个师装备的，表示他还有作战的意志，他不断反突击，甚至以劣势兵力与装备在青树坪包围了四野钟伟军的一个师并予以重创（青树坪战役），他甚至使林彪相信他要反攻武汉而把军队后撤部署，他乘机全力南撤，伺机在衡宝线与林彪决战。丁盛的135师由于电台问题没能与总部保持联系孤军深入被桂军包围，但是丁盛死死咬住白崇禧主力导致林彪主力有时间一拥而上取得衡宝战役的全胜。10月2日与蒋介石、白崇禧等会商军事政治，解放军展开两翼，以柳州为中心发动钳形攻势，迅猛前进，6日解放曲江，7日白崇禧部自衡阳退至桂林，16日白崇禧全线退入广西，解放军紧追入桂，19日白崇禧号召广西民众“保乡卫国”，23日白崇禧等到海南岛，24日会商防务，27日到重庆，主张劝李宗仁到昆明去“休息”一段时间。11月3日李宗仁飞昆明，白崇禧即主动为蒋复职，提出一个拥蒋复职的方案。11月6日在桂林商讨军事，决定主力向南转进，8日白崇禧向美国广播，呼吁援助，21日飞桂林最后一次召见李宗仁，20日再到重庆，21日返南宁，解放军击破黄杰兵团防线，渡过小溶江，22日解放桂林，25日柳州、梧州解放，26日第十一兵团（司令官鲁道源）在广州濂江被陈赓部重创，退海南岛的路已经被封死，30日第三兵团（司令官张淦）被全歼。12月4日白崇禧到海南海口，4日所部十余万在桂粤之交溃败，徐启明兵团亦全军覆灭，桂系实力尽失，12日解放军占领镇南关，白崇禧乘飞机到香港，13日黄杰兵团逃往越南，18日白崇禧部三万人进入越南，28日白崇禧飞往台北。
海岛余生
1950年1月16日，白崇禧与李品仙等联名给李宗仁发了电报，提出建议，称如须继续在美休养，“深 恐久旷国务，应请致电中央，自动解除代总统职务”，李宗仁既不返台，也不辞职。
1950年5月1日白崇禧任“总统府战略顾问委员会”副主任委员，7月26日被聘为国民党改造委员会中央评议委员，从此失去职权，受蒋控制摆布，保密局在白崇禧公馆对面设
了个派出所，对白的一举一动进行严密监视。
1952年10月10日，国民党在台北召开第七次“全代会”，产生新的中央委员，六届中央常务委员除当选七届“中委”或“中常委”外，其余均推为中央评议委员，惟仅白崇禧一人除外，此后白的处境日渐艰难。
1966年12月2日，副官发现白崇禧死在卧室，尸身发绿，死因不明，时年七十四岁，传言白崇禧为蒋介石派人毒死，官方声称白崇禧死于心脏病，蒋介石亲往白府吊唁，并宣布由国防部负责以军礼治丧，由何应钦、孙科、陈立夫、顾祝同等200余人组成治丧委员会，并颁发褒扬令。并亲到景行厅向白崇禧遗体告别，鞠躬致敬，并献花致祭，随即葬于台北市近郊六张犁回教公墓与国民党其他死去的将领一样，他的墓地也是朝着大陆方向的。
