陈先生发表的重要工具书是《中西回史日历》和《二十史朔闰表》。陈先生这两本工具书解决了中国史上一个极为复杂的问题，是我们学习和研究历史所不可缺少的。
陈先生编写这本书，花费很多精力，他后来有二十多年不能正常吃饭，就是因为当时一天到晚坐在那里废寝忘食地算历法搞成了胃病。
陈先生还著有《史讳举例》。
避讳，是中国历史上的特点，每一朝有每一朝的避讳。陈先生精心研究，总结出几种方法，弄清了在什么情况下是如何避讳的。在该书第八卷中列出了我国历代的避讳表，每一朝避什么，如何避。这是每一个中国史学工作者必须具备的知识。因为中国古书上避讳太多了，不懂它，就不懂校勘学，对历史上的一些问题也就弄不清。
此外，他为了研究元史，还编出元朝六十家文集的目录。这书稿没有印，北京图书馆藏有抄本。他在研究《册府元龟》时，一开始就先作有关《册府元龟》的工具书，然后再动手研究。
文献学研究
文献学在陈垣的学术生涯中，占有重要的地位。从某种意义上说，他为现代历史文献学的建立奠定了基础。他在版本、目录、校勘等领域的著作，成为我们研究中国古代文史的重要参考书目。
清朝校勘学家很多，《书目答间》后面就列有校勘学家类目。但清代的校勘学家只是一般地校一校，对一对，只有像王念孙、段玉裁这些人才算得上是比较高明的校勘学家。
校勘学到陈垣先生时有了进一步的发展，他把校勘学总结出一些经验和规律，写了一部《元典章校补释例》，1959年中华书局重印，改名为《校勘学释例》。《元典章》是一部研究元代历史十分重要的著作，它原是用蒙古白话写的，很难懂，《四库全书》没有收人。但它是研究元史不可缺少的一本书，由于它错误很多，而且错得离奇，陈先生就以故宫中发现的元刻《元典章》，再根据其他书籍，来校对流行的沈刻《元典章》，发现错误一万二千多条。他将其中的一千多条加以归纳、整理，找出错误原因，著成《元典章校补释例》一书。他使学校勘的人知道在校勘中可能遇见哪些情况，如何分辨是非。他不是简单罗列若干条，而是附有说明，最后总结出四种方法，加以综合运用。
第一种是对校法。陈先生说，对校法一即以同书之祖本或别本对读，遇不同之处，则注于其旁。刘向《别录》所谓‘一人持本，一人读书，若怨家相对者’，即此法也。此法最简便，最稳当，纯属机械法。其主旨在校异同，不校是非。故其短处在不负责任，虽祖本或别本有讹，亦照式录之；而其长处则在不参己见，得此校本，可知祖本或别本之本来面目。放凡校一书，必须先用对校祛，然后再用其他校法。第二种是本校法。“本校法者，以本书前后互证，而抉搞其异同，则知其中之谬误，……此法于未得祖本或别本以前，最宜用之。”吴缜《新唐书纠谬》、清代梁玉绳《史记志疑》都是用这种方法。惟此法只能发现矛盾，提出问题，而不能解决问题。第三种是他校法。“他校法者，以他书校本书。凡其书有采自前人者，可以前人之书校之；有为后人所引用者，可以后人之书校之；其史料有为同时之书所并载者，可以同时之书校之。此等校法，范围较广，用力较劳，而有时非此不能证明其讹误。”第四种是理校选。“段玉裁曰：‘校书之难，非照本改字不讹不漏之难，定其是非之难。’所谓理校法也。遇无古本可据，或数本互异，而无所适从之时，则须用此法。此祛须通识为之，否则卤莽灭裂，以不误为误，而纠纷愈甚矣。故最高妙者此法，最危险者亦此法。”清代王念孙、段玉裁等人校勘水平较高，用理校得出的结论往往与后来发见的原本相同。
陈先生总结前人与自己工作的经验，提出这四种方祛，综合运用，基本上解决了校勘学上的问题。在这方面，他还写有《四库提要中的周亮工》、《旧五代史辑本发覆》等书。
元史研究
清朝学者研究元史的人很多，多少是看到清朝很像元朝。康熙年间，邵远平著《元史类编》，要把元史重新改编。乾隆间，钱大昕编撰《元史氏族表》与《元史艺文志》，对元史很有研究。鸦片战争前后，魏源编了《元史新编》，以后，搞元史的人很多，直到清末，柯劭忞编著《新元史》，集清一代元史研究之大成。清朝一代研究元史，是先后继续的，到后来更发展到对西北史地的研究。
陈垣先生研究元史与前人不同，他着重搜集有关元朝民族的历史与元朝宗教的历史的资料，进行研究，参考了二百多种书，写成《元西域人华化考》一书。
元朝把人分为四等：蒙古人、色目人、汉人、南人。陈先生所指的西域人主要是色目人。他研究这些人在元朝进入中国后，如何被汉族同化了的。
陈先生撰《元西域人华化考》用力很大，他采用新的方法，集中问题，深入研究，作为旧史学家进行考证工作，不能不说是一大进步。
陈先生也肯定了《元史》，认为它保存了原来的材料，没有擅自改动，所以把它作为史料来看还是有用的。当然，研究元史，不能仅靠它，还要利用元朝六十家的文集。我们研究历史，不能只用史部的书，经部、子部、集部的著作都应加以利用。
陈先生著作目录年表第一部著作是《元也里可温教考》，虽然这是研究宗教的，但实际上也是一部元史著作。
日本研究元史的学者，对陈先生很钦佩，他们承认《元西域人华化考》、《元也里可温教考》这两本书日本人是搞不出的。
著作书目
《励耘书屋丛刻》（北京师范大学出版社影印本，1982年）第一集
《元西域人华化考》八卷
《元典章校补》八卷
《元典章校补释例》六卷第二集
《史讳举例》八卷
《旧五代史辑本发覆》三卷
《吴渔山先生年谱》二卷
《释氏疑年录》十二卷
《清初僧诤记》三卷
《陈垣史学论著选》（上海人民出版社1981年，收元也里可温教考、开封一赐乐业教考、火祆教入中国考、摩尼教入中国考、雍乾间奉天主教之宗室、吴渔山生平、汤若望与木陈忞等论著共79篇，包括一些专著的摘录。）
《陈垣史源学杂文》，（人民出版社，1980年）
《陈垣集》（中国社会科学出版社“近现代著名学者佛学文集”1995年）
《陈垣来往书信集》（陈智超编注上海古籍出版社1990年）
单行本
《校勘学释例》（即收入《丛刻》中的《元典章校补释例》，中华书局1959年）
《释氏疑年录》（中华书局1964年）
《元西域人华化考》（上海古籍出版社“蓬莱阁丛书”2000年）
《中国佛教史籍概论》（科学出版社1955年，中华书局1962年，1982年，上海书店出版社2001年）
《史讳举例》（科学出版社1958年，中华书局1962年）
《明季滇黔佛教考》（科学出版社1959年，中华书局1962年，河北教育出版社“二十世纪史学名著丛书”2000年）
《通鉴胡注表微》（科学出版社1958年，中华书局1962年，辽宁教育出版社“新世纪万有文库”1997年）
《二十史朔闰表》（中华书局1962年，1999年）
人物评价
总体评价
走过北京师范大学东门，有一座大厦，叫励耘学苑。“励耘”二字取自北师大原校长陈垣先生的“励耘书屋”。
陈垣没有受过正规的史学教育，全靠自己的勤奋，著作宏富，成就斐然。在中国宗教史、元史、中西交通史及历史文献学等领域的研究作出了开创性的贡献，成为世界闻名的史学大师。20世纪20年代，在中国国际地位还很低的时期，他就被中外学者公认为世界级学者之一，与王国维齐名。上世纪30年代以后，又与陈寅恪并称为“史学二陈”。他的许多著作，成为史学领域的经典，有些被翻译为英、日文，在美国、德国、日本出版。毛泽东主席称他是国宝。
他也是一位大教育家，一生从事教学74年，教过私塾、小学、中学、大学。他任大学校长46年，为祖国培养了大批栋梁之才，桃李满天下。他对教学极端负责，有先进的教育理念，创立了不少新课程，沿用至今。…
