他是一位在政治上与时俱进的人物，青年时代就投身反清斗争，一生与时俱进，1959年，以79岁的高龄参加了中国共产党。
学界评价
《元西域人华化考》公开发表之后，在中外学术界引起巨大的轰动。蔡元培称此书为“石破天惊”之作。
1922年胡适曾断言：“南方史学勤苦而太信古，北方史学能疑古而学问太简陋，将来中国的新史学须有北方的疑古精神和南方的勤学工夫。”“能够融南北之长而去其短者，首推王国维与陈垣。”
1933年4月15日，伯希和离开北京时，对前来送行的陈垣、胡适等人说：“中国近代之世界学者，惟王国维及陈先生两人。”“……不幸国维死矣，鲁殿灵光，长受士人之爱护者，独吾陈君也。”“伯氏在平四月，遍见故国遗老及当代胜流，而少所许可，乃心悦诚服，矢口不移，必以执事（指陈垣）为首屈一指。”据梁宗岱说，他在一次聚集了旧都名流学者和欧美人士的欢迎伯希和宴会上担任口译，席上有人问伯希和：“当今中国的历史学界，你以为谁是最高的权威？”伯希和不假思索地回答：“我以为应推陈垣先生。”
日本学者桑原骘藏评介陈垣《元西域人华化考》说：“陈垣氏为现在支那史学者中，尤为有价值之学者也。支那虽有如柯劭之老大家，及许多之史学者，然能如陈垣氏之足惹吾人注意者，殆未之见也。”
陈寅恪在序文中评论说：“近二十年来，国人内感民族文化之衰颓，外感世界思潮之激荡，其论史之作，渐能脱除清代经师之旧染，有以合于今日史学之真谛，而新会陈援庵先生之书尤为中外学人所推服。”又说：“盖先生之精思博识，吾国学者，自钱晓徵以来，未之有也。”
傅斯年说：“幸中国遗训不绝，经典犹在，静庵先生驰誉海东于前，先生（陈垣）鹰扬河朔于后。”
黄侃、朱希祖、尹言武等“偶谈及当世史学钜子，近百年来横绝一世者，实为门下一人（指陈垣），闻者无异辞。”
黄现璠回忆说：“解放前，日本学者，特别是名牌大学如东京、京都、帝大教授……对于陈垣先生推崇备至。”
孙楷第和余嘉锡、王重民等人议论时贤，“以为今之享大名者名虽偶同，而所以名者在大家径庭，多为名浮于实的一时之俊”，“而鲜实浮于名的百代之英，后者惟陈垣足以当之。”
《陈垣先生遗墨》（陈智超、曾庆瑛编）：陈垣先生的《通鉴胡注表微》，使我懂得了胡三省隐藏在《通鉴》注释背后的爱国情怀，感到史学研究如开矿，深入地表后，才能有创获；读《明季滇黔佛教考》《清初僧诤记》，知道了禅林深处的政治风云，那些披着袈裟的抗清志士的史迹，经陈垣先生钩沉抉微，再现人世，令我辈感奋者再。
人物轶事
字画收藏
陈垣的客厅、书房以及住室内，总挂些名人字画，最多的是清代学者的字，有时也挂些古代学者字迹的拓片。客厅案头或沙发前的小桌上，也总有些字画卷册或书籍。这些都是宾主谈话的资料，也是陈垣对后学的教材。他用30元买了一开章学诚的手札。在20世纪30年代，清代学者手札墨迹，这是很高的价钱了。陈垣将它挂在那里，备一家学者的手迹。而有心的后学如启功，就知道老师又在办“劣书”展了。陈垣收藏书画及清代学人手稿甚富，在辅仁大学公开展览，并印有目录一册。书画中远如明人陈白沙（献章），近如清末陈兰甫（澧），皆岭南名家。抗战胜利后，陈垣已10余年未购入书画，年底忽有人携来全祖望字条，爱不忍释，以廿万元购之。抗战8年，陈垣坚持不与敌伪合作，潜心著述，以全祖望等明末遗民爱国情操相砥砺，并笺注《鲒埼亭集》。所以陈垣致友人信中说：“亦所谓还心愿也。”
陈垣善行书，如启功先生所言：“一笔似米芾又似董其昌的小行书，永远那么匀称，绝不潦草。”每下笔时，都提防着别人收藏装裱似的。在名人字画上题跋，看上去行云流水，潇洒自然。其实都是精打细算过的，行款位置，都安排恰当合适才肯下笔。陈垣写信，喜用花笺，给人写扇面，好写自己作的小条笔记、小考证。先数好扇骨行格，再算好文词字数，哪行长，哪行短，写到最后，不多不少，加上年月款识、印章，天衣无缝。1972年他的老友汪宗衍将所藏陈垣手书，自1933年始，历时40余年，精选出30余通论学函札，影印成册，名《陈援庵先生论学手简》，香港于今书屋刊行。这是刊印的惟一一部陈垣的手迹集。字体飘逸潇洒，俊秀精美，一气呵成，疏朗有致，实为书法珍品。
陈垣读书法
著名历史学家陈垣读书，有个“三分类”的方法。
少年时的陈垣，有次偶然得到了清代学者张之洞写的《书目答问》一书。打开一看，发现这本书开列了历史上许多著名的典籍，并作了鉴别，为读者介绍了学习的门径。陈垣十分高兴，连忙按照书目购买了大量书籍。有人问他：“你买了这么多书能念得完吗？”陈垣回答道：“书并不都是要仔细念的。有的是供浏览翻阅的，有的是供参考备查的，有的是需要熟读记诵的。有的书要必求甚解，有的则可以不求甚解嘛！”原来，陈垣根据书的内容和用途，把要读的书分成了三类：即一般浏览、仔细浏览和熟读记诵。有的一两天就翻过去了，有的要读上个把星期，有的则需翻来覆去地背诵。
这种“三分类”法，使陈垣读书避免了“一刀切”、平均投入精力的毛病。他读的书比一般人多，精读的书比一般人深。直到老年，一些历代的名篇他仍然能够背诵出来，90岁时，还能把骆宾王的《讨武后檄》从头到尾背得一字不差。许多基本史料，他不用翻检原文即能引用，给治学和研究工作带来了很大的方便。
任辅仁大学校长
1923年起，陈垣开始在燕京大学任教，初为讲师，1927年升为教授。他同时在北京大学、北平师范大学等校任教。1929年，因王国维、梁启超相继逝世，陈寅恪向清华大学推荐陈垣为国学研究院导师，陈垣以“不足继梁、王二先生之后”为词恳辞。其时陈垣已在辅仁大学任职。辅仁大学是由天主教创办的著名高校。满清皇族后裔英敛之与复旦大学创办者马相伯均为中国天主教领袖人物，1912年，英、马二人同撰写《上教宗求为中国兴学书》，提倡在北京建立一座天主教大学。英敛之随后于香山静宜园建立“辅仁社”，受到马相伯大力支持。经过英、马二人不懈努力，1926年，“北京公教大学”得以顺利开办。1927年，北洋政府准予试办，是为私立北京辅仁大学。1929年呈请国民政府教育部正式立案，因北京改名北平而改称“私立北平辅仁大学”。早在1917年，陈垣在北京读到英敛之所著《万松野人言善录》，知其收藏甚多天主教史文献，便冒昧地给英敛之写信，英敛随即约见，两人一见如故，他又因此再遇马相伯。当时马相伯即有意延聘陈去他主持的震旦大学任教，但因故未果。1925年9月，公教大学成立，马相伯、英敛之共同推荐陈垣任该校副校长兼主讲教师。次年1月，英敛之辞世，临终前以辅仁社及公教大学事务交托于陈垣。1926年9月，陈垣受聘为公教大学副校长；1929年6月，辅仁大学立案完成，陈垣正式出任辅仁大学校长。陈垣在辅仁大学二十多年，在他苦心经营下，辅仁从白手起家而成京师著名学府，聚集了朱希祖、邓之诚、马衡、罗常培等一批大师级学人。抗战期间，其他高校纷纷南迁，辅仁在沦陷区孑然屹立，陈垣仍谆谆教导学生修炼品行，刻苦读书。1949年1月31日，北平和平解放，陈垣与学生上街欢迎解放军入城，从兴化寺街5号步行到西直门，逾十多华里，此时陈垣已近古稀之年。3月14日，陈垣在写给儿子的信中称：“近日思想剧变，颇觉从前枉用心力。”5月11日，他在《人民日报》发表致胡适公开信，信中称：“虽然你和寅恪先生已经走了，但是青年的学生们却用行动告诉了我，他们在等待着光明。”1950年10月10日，中央人民政府宣布接办辅仁大学，改称“国立辅仁大学”，陈垣被任命为校长。1951年11月，毛泽东在怀仁堂举行国宴时与陈垣同席，他向别人介绍说：“这是陈垣，读书很多，是我们国家的国宝。”1952年6月，全国高校院系调整，辅仁大学并入北京师范大学，辅仁校园也被划为北京师范大学北校区。陈垣任北京师范大学校长直至去世。 …
