被俘降清
崇祯十五年（1642年）一月，洪承畴听说朝廷援军赶到，又派6000人马
出城夜袭，被清军战败。松山一直被围困了半年之久，城中粮食殆尽，松山副将夏承德叩请清军，愿拿儿子夏舒做人质约降。三月，清军应邀夜攻，松山城破，洪承畴、巡抚邱民仰被俘，总兵曹变蛟等将领被杀。洪承畴被俘后，锦州守将祖大寿，便走出内城，率众出降。塔山、杏山也相继落入清军之手，明军的锦宁防线，实际上已不复存在。
洪承畴绝食数日，拒不肯降。皇太极派所有能动用的人前去劝降，均被大骂而回。皇太极仍不放弃，特命最受宠信的吏部尚书范文程前去劝降，看他是否果有宁死不屈的决心。范文程至，洪承畴则大肆咆哮，而范文程百般忍耐，不提招降之事，与他谈古论今，同时悄悄地察言观色。谈话之间，梁上落下来一块灰尘，掉在洪承畴的衣服上。洪承畴一面说话，一面“屡拂拭之”。范文程不动声色，告辞出来，回奏太宗：“承畴不死矣。承畴对敝袍犹爱惜若此，况其身耶？”皇太极接受了范文程、张存仁等的专业意见，对洪承畴备加关照，恩遇礼厚。 隔日（五月四日），皇太极亲临太庙，洪承畴立而不跪。皇太极问寒问暖，见洪承畴衣服单薄，当即脱下自己身上貂裘，披在洪承畴的身上。
仕清生涯
洪承畴降清后，清太宗命隶镶黄旗汉军，表面上对他恩礼有加，实际上并未放松对他的防范，使其在家，不得任意出入。终皇太极一朝，除咨询外，也没有任以官职。
顺治元年（1644年）四月初九日，洪承畴从睿亲王多尔衮率军10万大举南下攻明，十一日至辽河，得知大顺军已攻占北京、明思宗自缢，遂用洪承畴之谋，“出其不意，从蓟州、密云近京处，疾行而进”，直趋北京。 清兵入京后，顺治帝对洪承畴十分器重，以洪承畴仕明时的原职衔任命他为太子太保、兵部尚书兼都察院右都御史，入内院佐理军务，授秘书院大学士， 成为清朝首位汉人宰相。顺治二年（1645年）五月，多铎率师攻占南京，多尔衮下“剃头令”激起江南人民的反抗。危难之中，多尔衮于闰六月忙派洪承畴取代多铎，敕赐便宜行事。
顺治四年（1647年），洪承畴因父丧，回乡守制。顺治五年（1648年）四月奉召返京，再次入内院佐理机务。摄政王多尔衮对其慰劳备至，宠信有加，一连数日召见垂询各省应兴应革之事，所有建议，无不采纳。
顺治八年（1651年）闰二月，洪承畴兼管都察院左都御史事，甄别诸御史为六等，有的起升，有的外转或外调，有的降黜，得罪一批朝官。御史张宣等弹劾洪承畴与尚书陈之遴屡集议火神庙密谋反叛，又未请旨私送其母回闽。洪承畴辩白：火神庙集议即为甄别御史差等，非有他故；送母未先请旨，自甘服罪。上谕：“以庙议事，不必悬揣；为亲甘罪，情有可原。着仍留任，以观后效。”顺治九年（1652年）五月，洪承畴母丧，奉旨私居持服，照常入值。
顺治十年（1653年），孙可望、李定国所率领的几十万农民起义军在云、
贵归附明宗室桂王朱由榔，抗清出现新高潮。五月，已任内翰林弘文院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，佐理机务，兼任《大清太宗实录》总裁官的洪承畴，又被任命为“太保兼太子太师，经略湖广、广东、广西、云南、贵州五省，总督军务兼理粮饷”，“吏、兵二部不得掣肘，户部不得稽迟”，事后报闻。此时洪承畴已61岁，临行前，顺治帝设宴饯行，赐宝马、宝刀。顺治十二年（1655年）五月，孙可望攻岳州（今湖南岳阳），为洪承畴设伏所败，撤回贵州。顺治十四年（1657年）洪承畴经略湖南时，驻于长沙黄兴北路又一村明代吉藩四将军府（今青少年宫），并建集思堂。署之东有真武宫，明吉藩建。清初，真武宫成为关押“反清复明”人士的监狱，著名学者陶汝鼐即下狱于此。后又因“洞庭举事”一案，株连湖湘名士300余人，会审真武宫。俟洪承畴到长沙，才平释此案。顺治十四年（1657年），桂王的永历政权内部发生矛盾，孙可望在与李定国的内战中失败，穷蹙请降。顺治帝一面命洪承畴率所部相机进取，一面命平西大将军吴三桂自四川、征南将军卓布泰自广西分道进兵贵州。顺治十五年（1658年）二月，世祖又命信郡王多尼为安远靖寇大将军，统军南征。九月，清兵各路会师入云南。
晚年逝世
顺治十六年（1659年）正月，清军攻陷昆明，云南平定。洪承畴上疏说，云南地方险远，少数民族众多，不易治理，要留兵驻镇，于是顺治以吴三桂为平西王留驻昆明。他又看到云贵地区地瘠民苦，疏请发内帑赈济贫民，建议暂缓向逃亡缅甸的桂王余部进军，使战乱之后的云贵地区的社会秩序渐趋安定，生产开始恢复。八月，洪承畴因年老体衰、目疾加剧，请求回京；翌年正月，奉旨解任回京调理。
顺治十八年（1661年）正月，顺治帝驾崩，子玄烨（康熙）嗣位。这时洪承畴业已69岁，仍任大学士，却感孤独，于五月疏乞休致。朝廷几经争论，康熙才授以三等阿达哈哈番母（轻车都尉）世袭四世。
康熙四年（1665年）二月十八日，洪承畴卒于都门私邸，享年七十三岁，康熙恩赐祭奠如制、谥文襄公。
主要成就
军事
崇祯八年（1635年）初，义军于分三路分进：一部西返陕西，一部北进山西，一部东入凤阳，焚毁皇陵。洪承畴军三月间至河南时，义军已大部又集中于陕西。洪承畴匆匆回军关内。李自成在宁州、真宁两歼官军，破咸阳，逼西安。高迎祥、张献忠等乘官军被牵制于陕之机，三度进入河南。明廷认识到在义军流动作战情况下，全面围剿，势难成功，又改用分区负责，重点进攻的方针。八月，以卢象升为五省总督，专治中原；洪承畴专治西北，各自负责，相互协同。当年冬及九年春，高迎祥、张献忠在河南连续失败，兵力损失过半，残部再返陕西。此时，李自成在兴平等地亦多次失利。
明廷为加强陕西攻势，令孙传庭全力进攻汉中的高、张各部，令洪承畴专力进攻陕北的李自成等部。崇祯九年（1636年）七月，洪承畴率军在临潼大败农民军，起义军被围困在丛山之中长达三个月。高迎祥率部从陕西汉中突围，遭陕西巡抚孙传庭埋伏，在盩厔（今陕西周至）被洪承畴俘虏，并将其解京磔死。高迎祥余部走归李自成，起义军推戴李自成为闯王。
崇祯十二年（1639年）十月，李自成部在流窜途中被洪承畴截击。李自成大败走入陕南商洛山中，农民起义陷入低潮。
洪承畴治军有方，镇压农民起义连连胜利，其部下孙传庭俘杀高迎祥，并联合孙传庭又多次打败李自成，统治阶级内部颂声大起，称洪承畴的军队为“洪军”。在取得一定战果之后，洪承畴向崇祯皇帝上书请求留饷银20万两，一部分作军费，一部分赈济贫民。
顺治元年（1644年）清军入关时，洪承畴向多尔衮建议：“我兵之强，流寇可一战而除，今宜先遣官宣布王令，示以此行特期于灭贼，不屠人民，不焚庐舍，不谅财物之意。仍布告各府县，开门归降，官则加升，军民秋毫无犯。若抗拒不服，城下之日，官吏悉诛，百姓仍予安全。有首倡内应者，破格封赏。此要务也。”多尔衮采纳他的建议，于山海关击败李自成的农民军后，向明朝官民发布出师告示，结果大军所过州县及沿边将吏皆开门款附，收到极大的政治效果。
政治
清军占领江南后，洪承畴采取以抚为主、以剿为辅的
策略，及一系列减轻百姓负担、刺激经济发展的措施，尽量避免过多的武装冲突和流血，为促使国家迅速统一和安定社会秩序起了积极作用。如招抚、 举荐大批明朝降官，请求清政府蠲免钱粮、停征漕运税等，缓和满汉之间的民族矛盾和阶级矛盾，促进形成安定局面。他以“原官、司留任，不念旧故”为条件，用和平方式招抚宁国、徽州（今安徽黄山）、九江、南昌、袁州（今江西宜春）、南康、吉安、广信等十三府，使这些地方免遭兵火洗劫。 …
