后代降金
林丹汗病故后，林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲率领余部自青海大草滩返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，希望他移帐漠北。 这时，皇太极于1635年二月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），得知额哲所在地。四月二十日，后金兵渡过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包围了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。于是苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”，乃于翌年建立大清帝国。
后来，清朝统治者将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。康熙年间，林丹汗的孙子布尔尼举兵反清，旋即失败，后嗣断绝。
为政举措
政治
林丹汗即位后，面临汗权衰落、各自为政的局面，着手强化中央集权。据《金轮千福》记载，“他（林丹汗）把八鄂托克察哈尔分置左右各三土绵，在阿巴海哈喇山中建察汉浩特，用六万户刚健之军加以统治，把持着强势具备的朝政”。 也就是说，林丹汗按照北方游牧民族传统将察哈尔本部分为左右两翼六个土绵，即阿哈固山、窦土门固山、高尔固山、哈纳固山、中军万户与阿喇克绰特万户。
除此之外，林丹汗还利用“图们大法”约束诸部（即《图们汗法典》）。任命永谢布部的却热斯塔布囊为大汗的代表，管理右翼三万户蒙古诸部，任命内喀尔喀炒花（乌济叶特）部的锡尔呼纳克洪台吉辅助大汗管理左翼蒙古诸部，1617年在巴林境内的阿巴嘎哈喇山建察汉浩特（今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗）作为政治中心，令诸部首领到此朝觐、纳贡与议事。
文化
林丹汗笃信藏传佛教，林丹汗一生热衷于佛教事业，不仅推动了藏传佛教在左翼三万户地区的传播，而且为蒙古文化作出了一定的贡献。1604年，刚即位的林丹汗就从四世达赖派驻蒙古地方掌管教法的迈达理呼图克图和卓尼绰尔济等黄教喇嘛接受了格鲁派（黄教）的法戒。
1617年，西藏萨迦派僧侣沙尔呼图克图到达蒙古地区，寻找自己的支持者，林丹汗为沙尔呼图克图的法术所折服，并封他为国师，并接受深奥密乘之灌顶，于是林丹汗由黄教改信红教（狭义上的红教仅指宁玛派，广义上包含了萨迦派和噶举派）。沙尔呼图克图为了取得林丹汗的信任，从五台山取来元世祖时萨迦派八思巴喇嘛用千金所铸的玛哈噶喇金佛（又称大黑天，为蒙元的护国神）。林丹汗在察汉浩特修建金顶白庙，将金佛供于其中。林丹汗试图效仿忽必烈与八思巴故事，利用他与沙尔呼图克图之间的关系来树立自己的权威。然而适得其反，这加剧了信奉黄教的蒙古诸部的离心，削弱了林丹汗的号召力。
林丹汗西迁后，召集昆噶敖德斯尔、班第达顾实、阿南达顾实为首的33名学者，在1628—1629年间翻译了108卷《甘珠尔》 （前人已翻译过其中一部分），并用金字抄写在蓝纸上。林丹汗组织翻译《甘珠尔》是对蒙古文化的一大重要贡献。林丹汗把传国玉玺和玛哈噶喇金佛、金《甘珠尔》视为三大法宝。
外交
林丹汗在1612年与1615年攻打明朝，试图获得与明朝的贸易权，最终在1617年如愿以偿。1618年，后金侵明，林丹汗为了获得明朝的赏银，奉行“联明抗金”的外交方针，并在1619年给努尔哈赤写了一封言辞傲慢的国书，导致与后金交恶。不过，林丹汗与明朝结盟并未挡住后金对辽东的吞噬，1622年明朝在广宁之战败北，林丹汗的援军没起作用，此后两者间的联盟冷却下来。林丹汗也开始实行攘外必先安内（“先处里，后处外”）的政策，开始火并科尔沁、内喀尔喀诸部，并且避免与后金正面交锋。所以林丹汗从未亲自与后金作战过。
1627年，林丹汗西迁，吞并右翼诸部（哈喇慎、土默特、鄂尔多斯、永谢布等），其中一个重要目的是获得明朝给右翼诸部的“市赏”。明朝不给林丹汗，林丹汗乃发兵进犯大同，明朝不得不恢复对林丹汗的赏赐。后金利用林丹汗西迁之机，吞并了察哈尔本部，并于1632年大举进攻林丹汗，林丹汗闻讯远遁青海。他与明朝的关系彻底破裂，明朝甚至将林丹汗遗留的财物及部众移交给后金。后来林丹汗与西藏藏巴汗、康区白利土司月顿多吉和喀尔喀绰克图台吉（却图汗）结成“反黄教联盟”，企图东山再起，但很快于1634年去世。
历史评价
家庭成员
妻妾
林丹汗的妻妾有“八大福晋”之说，她们分别是：
妹妹
弟弟
粆图台吉，铁槊科诺特十苏木之一，林丹唯一还存活的弟弟，下落不明。
儿子
长子，额尔孔果洛额哲，简称额哲，生母为苏泰大福晋。1635年投降后金，皇太极将次女马喀塔嫁给他，翌年被封为察哈尔亲王。1641年额哲去世，无嗣。
次子，阿布鼐（阿布奈），母为囊囊大福晋娜木钟。1635年生，为林丹汗的遗腹子。1645年娶寡嫂、清太宗皇太极的皇次女固伦公主马喀塔为妻。1648年袭封察哈尔亲王。阿布奈对其先人的耻辱耿耿于怀，多年不朝觐。于是被革职下狱。1675年布尔尼之变时被处死。
影视形象
