后世的史家说嘉靖除了他自己和他父母，他没有爱过任何人。在四十五年的统治中，杀大臣杀言官，他毫不留情，连后宫中都到处弥漫着他的强横。嘉靖帝与儿子们的关系也说不上融洽，他一直到死都没有立太子。可以说在他父母去世后，嘉靖帝已经没有可以温馨相处的人。每逢节日和他父母的忌辰，嘉靖帝总要屏退众人，向父母的灵位长跪，流泪默祝，神情惨楚，让偷偷窥见的宫女也为之动容，也只在这时，刚强的皇帝才显出骨子里的些许温情与脆弱。
史书评价
《明世宗实录》：“神圣不世出之主”；“躬秉圣资， 出抚兴运， 铲奸剔蠹， 丕举王纲， 肇修人纪。立极建中，，肇修人纪。凡诸大政令之因革，大典礼之制作，咸稽谋于天，会通古今，经画自心，毅然独断，一洗俗吏牵迹，经生守文之陋。……君臣奔走以受成，万姓倾心而向化。卒之幽明协顺，中外敉宁，声教暨于交南，威灵于穷朔。盖举我太祖、成祖丕造之光烈，而觐扬之巍巍乎，盛矣！”
《明史》赞曰：世宗御极之初，力除一切弊政，天下翕然称治。顾迭议大礼，舆论沸腾，幸臣假托，寻兴大狱。夫天性至情，君亲大义，追尊立庙，礼亦宜之；然升祔太庙，而跻于武宗之上，不已过乎！若其时纷纭多故，将疲于边，贼讧于内，而崇尚道教，享祀弗经，营建繁兴，府藏告匮，百余年富庶治平之业，因以渐替。虽剪剔权奸，威柄在御，要亦中材之主也矣。
历代评价
史臣：“（世宗）晚年虽不御殿，而批决顾问，日无停晷。虽深居渊默，而张弛操纵，威柄不移。”
杨维桢：“世宗享国长久。本朝无两。礼乐文章烂焉具举。斋居数十年，图逦天下于掌上，中外俨然如临，真英主哉！始衷终则，新都（杨廷和），永嘉（张璁），华亭（徐阶）功大矣。吏治繁伪。兵政窳惰。民力虚耗，亦由是始。方之汉武帝。功不胜过焉。”
海瑞：“嘉靖，家家乾净”。
张居正：“正德年间， 政体紊乱。至世宗皇帝以聪明至圣入继大统，将以前弊政一切改正，以复我祖宗之旧，正今日所当遵守者。”；“世庙承正德群奸乱政之后，又用威以振之，恢皇纲，饬法纪，而国家神气为之再扬。”；“世宗禁革外戚封爵， 乃“超世之见，同符二祖，非近代帝王所能仿佛其万一者。”；“振耀前猷，茂恢令绪，德总百王，规摹万世。以永凝佑命，启昌期，曷有纪极!” ；“臣等窃以为我皇上当英妙之龄， 事事皆祗先猷， 宪章烈祖。则太祖定制与世祖圣谕， 正宜仰稽而效法者。”；“世祖天纵聪明，继统之后二十年间励精图治，孜孜问学，其英谟睿断，诚有非前代帝王所能及者。”；“乞敕下都察院，查照嘉靖初年所定宪纲事理，再加申饬，秉持公论，振扬风纪，以佐皇上明作励精之治，庶体统正，朝廷尊，而下有法守矣。”
谈迁：“厘革积习，诚雄主也”；“以严驭吏、以宽治民；以经术为师，以法律为辅；以严明修内治，以安静治边防。”
毛泽东：“炼丹修道，昏庸老朽，坐了四十几年天下，就是不办事”。
孟森：嘉靖迷信方术，用事之臣都靠迎合邀宠得幸，全国正直之士被压抑打击，官僚士大夫的风气、习尚就此大大恶变。士风败坏，一代政治也就没有希望了。
卜键：“嘉靖朝思想、文化走向繁荣，出现了大批杰出人物和优秀作品。世宗既有倡导引领之力，又有宽容和保护之功”；“家国牵羁，六趣牵缠，世宗的生命旅程因之错综芜杂，也因之增色减色，因之充满希望与失落，充满追求与幻灭，充满期待，也不乏惆怅。”；“要之，这是一位禀赋甚高的帝王，是一个学者化的皇帝，一个有责任心、敢担当的君主。世宗人品端正，才情卓著，只是多走了些人生和治国的弯路。”
毛佩琦：“实际上在我们看来，明世宗嘉靖皇帝在整个明朝17个皇帝中，他是应该有作为的皇帝，他上朝不久就发动了一个大礼仪。用现在的话可以说是政治运动吧，这个大礼仪把朝廷上下的官员全部牵扯进去了。”
当年明月：他是明代有史以来最为聪明的皇帝，在明代的十几位皇帝中间，如果要按智商水平排序，他至少在第三名，他的聪明，丝毫不比朱元璋差，而且非常狡猾，也善于控制大局；嘉靖白天是在潜心修道，晚上他在改奏章，这是他能控制群臣的关键。晚上改奏章直到凌晨五点，他才躺下睡一会儿，他决不放过任何一个控制群臣的机会。自古以来做皇帝的是有蠢人，但明代没有蠢皇帝，嘉靖修道是为了多活两年，因为他掌握了做皇帝的规律，没有人能动摇他，这是修道的根本。
王家范：“嘉靖帝相信方术到入迷的地步，以至走火入魔。”。 “嘉靖修斋孤居而不忘独断朝纲，与其说是“无为”，不如说深得法家之刻薄阴狠，将帝制的专横发挥到了极致。”
陈宝国：“这个皇帝很有意思，他不穿龙袍，不上朝，但朝中所有的事情都知道，还牢牢把握着军权和兵权；我在戏里几乎没坐过龙椅，跟《汉武大帝》太不一样了，这个皇帝很另类。”
轶事典故
信奉道教
嘉靖帝信奉道教、敬鬼神，这与他从小生长的环境关系密切。荆楚之地本就是道教的源头，嘉靖帝的父母也尊信道教，耳濡目染对嘉靖帝的影响不言而喻。嘉靖帝个性很强，认定的事大多难以改易，他不仅本人信道，当上皇帝以后，还要全体臣僚都要尊道，尊道者升官发财，敢于进言劝谏者轻则削职为民，枷禁狱中，重则当场杖死。嘉靖帝时道士邵元节、陶仲文等官至礼部尚书，陶仲文还一身兼少师、少傅、少保数职，这在明朝历史上是空前绝后的。
嘉靖帝迷信丹药方术，他派人到处采集灵芝，并经常吞服道士们炼制的丹药。为满足自己修道，嘉靖帝数次遴选民女入宫，每次数百名。嘉靖帝二十一年（1542年），嘉靖帝命宫女们清晨采集甘露兑服参汁以期延年，致使上百名宫女病倒。宫女们忍无可忍，以杨金英为首的宫女差点将嘉靖帝勒死，这就是历史上罕见的宫女弑君的“壬寅宫变”。特别是经“壬寅宫变”幸得未死，从此移居西苑，设醺炼丹，迷信道士邪说，养生修道，二十余年不回大内，法纪逐渐松弛。另在宫内外兴建大量宫殿庙宇，加重百姓的负担，使得国家财政危机愈益深重。
嘉靖帝任用道士，把自己的想法写在纸上，然后让道士烧掉， 企图让神仙知道自己的想法，有一个叫蓝道行的道士，平生最恨奸臣严嵩，借助这个机会向嘉靖帝传达了“奸臣如严嵩，忠臣如徐阶”的字样，最终使权臣严嵩落马，而严嵩之前是嘉靖帝最喜欢的臣子，蓝道行也借助这一事件得以登上《明史》。
壬寅宫变
嘉靖二十一年（1542年）十月，十几个宫女以杨金英为首，决心要害死嘉靖帝。一天夜里，她们找到嘉靖帝的宿处，一拥而上，七手八脚按住他，用绳索勒住他的脖子，不料慌乱之中，把绳索打成了死结，费了九牛二虎之力，也勒不死嘉靖帝，其中两个妃子一看事态不妙，就扔下了其他宫女，向皇后报告，想以此得以宽侑。皇后立即带人救下了气息奄奄的嘉靖帝。可怜以杨金英为首的这些宫女，包括那两个向皇后打报告的妃子都被处以极刑。
事后，嘉靖皇帝便搬到西苑的万寿宫，不敢住在紫禁城的寝宫里。
海瑞骂嘉靖
嘉靖四十五（1566）年，时任户部主事（正六品）海瑞上《治安疏》，严厉批评嘉靖帝妄想长生，无父子、君臣、夫妇之情，称“天下人不直陛下久矣”，又称如皇帝“一旦翻然悔悟，日御正朝，与宰相、侍从、言官讲求天下利害，洗数十年之积误，置身于尧、舜、禹、汤、文、武之间”，“天下何忧不治，万事何忧不理，此在陛下一振作间而已”。嘉靖帝大怒，命左右“趣执之，无使得遁”，司礼监掌印太监黄锦在旁说：“此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，僮仆亦奔散无留者，是不遁也。”嘉靖帝默然，留中不发数月。
海瑞骂皇帝那一年是嘉靖四十五年的春天，嘉靖帝是这一年冬天死掉的。嘉靖帝老了，当时徐阶也起了重要作用。嘉靖本来要杀海瑞的，徐阶说：海瑞是想当比干，皇帝想成全他一个忠臣的名声吗？嘉靖皇帝说：“此人可方比干，第朕非纣耳”。就把海瑞关在监狱里10个月没理他。 …
