尽管如此，纳尔逊仍然在诉讼期间到访尼维斯岛，并在1785年春天于该岛邂逅守寡少妇法兰西斯·“芬尼”·尼斯贝，两人相识一段时间后决定订婚。及至1786年11月，纳尔逊的好友威廉·亨利王子到访背风群岛，这时已成为巡防舰海军上校的威廉·亨利坚持指定要纳尔逊带他在群岛一带游历，同时法院裁定他罪名不成立，这才打破他在群岛的孤立地位。在1787年3月11日，纳尔逊及法兰西斯在威廉·亨利王子的见证下，于尼维斯岛结婚，未几，纳尔逊在西印度群岛任满离开，遂于同年6月乘北风神号回国，至于法兰西斯则在稍后时间乘一艘商船跟随。在此后大约五年的时间中，纳尔逊与妻子主要在英格兰定居，靠领半薪过活，主要时间都待在诺福克郡和父亲一起，由于他在诉讼其间的讼费要由政府承担，令海军部对他有所保留，加上承平时期较少舰只服役，使他一直也找不到服役的机会。
地中海生涯
在1789年法国大革命爆发后，欧洲局势日益不稳，才使得纳尔逊获重新起用。1793年1月，海军部委派纳尔逊指挥停泊于查塔姆港、拥有64门炮的HMS阿伽门农号。到2月1日，法国正式向英国宣战，英国加入第一次反法同盟。在同年5月，他的阿伽门农号加入由塞缪尔·胡德爵士（后为胡德勋爵）统领的地中海舰队，开赴土伦拦截法国海军。在8月，土伦人民因反对雅各宾派的恐怖统治，于是开城迎接英军，要求英军守城防卫土伦。由于胡德军员有限，纳尔逊被委派前往那不勒斯，向国王费迪南四世求援。纳尔逊在10月返回土伦后，获调到由海军准将罗伯特·林茨任指挥的分遣舰队，至10月22日驶至萨丁尼亚对开海域时，遇上一支由法国巡防舰组成的分遣舰队。纳尔逊的阿伽门农号一度与拥有40门炮的法舰墨尔波墨涅号互相开火，但纳尔逊一方寡不敌众，最后在其他英舰协助下逃出。此后，纳尔逊与林茨转到突尼斯，试图拉拢当地统治者的支持，但却发现法国已早到一步，无功而返。步入12月，英方主将胡德因不敌法军而决定撤离土伦，标志着英军在土伦战役中败退，而当年圣诞节身在来亨（今利佛诺）的纳尔逊，则负责收容由土伦逃来的大批难民。
在1794年1月，胡德委托纳尔逊出兵封锁受法国管治的科西嘉岛，与科西嘉反法领袖巴斯夸·帕欧里及其支持者合作。可是，这次行动却未能得到陆军配合，其中陆军将领大卫·邓达斯更拒绝予以支援。尽管如此，胡德依旧计划派兵向科西嘉岛的巴斯蒂亚发动围城，而且只派出分遣舰队辖下的海军陆战队，没有陆军协助。在4月4日，纳尔逊带领这支军队登陆科西嘉，5月23日成功使巴斯蒂亚的守军投降。同年6月，纳尔逊又转到卡尔维进行另一次攻城，这次的行动得到陆军的协助。在7月12日，纳尔逊在战事中被敌军投掷的乱石击中脸部，造成右眼永久失明，而卡尔维的法军一直坚守至8月10日，方才投降。此后，纳尔逊的阿伽门农号在冬天主要游走于来亨、热那亚及科西嘉等地，期间曾参与行动封锁普罗旺斯一带的海岸，以及在来亨修补舰只。
在1795年3月，驻扎于土伦的17艘法国战列舰组成舰队，试图突破英方防线，及重夺科西嘉岛。当时署理地中海舰队总司令一职的海军中将威廉·霍特汉姆闻讯后，立即派出手下15艘战列舰出击拦截，而其中一艘更是从法军手上俘获的。后在3月13日及3月14日的战事中，英方再从败逃的法军中夺多两艘战舰。在连场战事中，纳尔逊指挥的阿伽门农号多番乘胜追击，直击法军，成为英方致胜原因之一。不过，纳尔逊却对霍特汉姆相当不满，他批评霍特汉姆过份守成，太早将他召回，以致错失再下一成，全歼敌舰的大好机会。随后在7月14日的战事入面，英军再从法军手上俘获多一艘战舰，但纳尔逊带头追击敌舰至敌方沿岸一带时，再次被霍特汉姆召回，使他对霍特汉姆愈益反感。法军重夺科西嘉的计划失败后，纳尔逊被改派指挥一支小分遣舰队，负责支援奥地利陆军，另外还决定封锁虽然表面保持中立，但却日渐亲法的热那亚港口。纳尔逊封锁热那亚全凭个人决定，事前未有通知上级，行动随时不获英政府承认，甚至要负法律责任，但最后行动未有招来话柄。在1795年夏天，纳尔逊的舰队主要在来亨海岸一带支援奥地利陆军，数度与法舰展开零星战斗，而奥地利军的消极表现令纳尔逊感到失望。同年11月尾，奥军复被法军大败，撤回内陆，纳尔逊惟有无功而退。
在1796年1月，约翰·查维斯爵士接任地中海舰队总司令，纳尔逊旋即获得查维斯的信任及重用。在同年4月，查维斯擢升纳尔逊为海军准将，6月他再获任命指挥拥有74门炮的HMS上校号，而原先指挥的阿伽门农号则返回英国维修。到8月，查维斯更破格任命纳尔逊为署理海军少将。与此同时，地中海的局势却不断恶化，一方面，法军在拿破仑·波拿巴的带领下进军意大利北部，另一方面，西班牙因为时局而被迫加入法国一方作战，使到地中海舰队处于恶劣形势。是年秋天，英政府内部决议放弃科西嘉，下令将舰队撤离地中海。不过，由于通讯落后，政府一时未能将消息立即传至地中海，结果很多重大决策要由查维斯及科西嘉副王吉尔伯特·艾略特爵士决定。在纳尔逊的坚持下，艾略特在10月撤离科西嘉岛所有英军，并运走巴斯蒂亚的物资，移师至英军在地中海的最后根据地厄尔巴岛；至于地中海舰队则撤退到直布罗陀。正因为纳尔逊等人及时撤走科西嘉岛上的军员物资，才避过法国海军的来袭。
为营救孤守厄尔巴岛的艾略特等人，纳尔逊在12月15日带领两艘巡防舰出发拯救，在途中遇上两艘西班牙巡防舰，经过激战后，纳尔逊指挥的HMS米内娃号俘获对方的圣撒比纳号及该船船长唐·雅各布·斯图尔特。战后翌日，纳尔逊复遇上一支西班牙舰队，于是只好放弃所有俘获品逃遁。至12月25日圣诞节，纳尔逊终于抵达厄尔巴岛的费拉约港，接走艾略特及其他海军物资，但陆军主将却以未有命令为理由坚持留守。纳尔逊在1797年1月29日驶回至直布罗陀一带海域，因接报英、西舰队驶过直布罗陀海峡而决定加速追赶，但未有发现，最后在2月13日回直布罗陀与查维斯会合，回到上校号指挥。
查维斯一直有留意西班牙海军的动向，而就在纳尔逊与之会合的翌日，即1797年2月14日早上，英方在大雾中侦测得西班牙舰队出没于圣文生角以西约25英里海域，一直守候的英方舰队随即出击，史称圣文生角战役。当日查维斯并不清楚西班牙海军的确实阵容，只见对方舰队共战列舰队大约27艘，分两队迎来，规模较少的一队属护卫舰队，敌方另有22艘较小型的战舰，其中17艘属于主力。查维斯最初估算西班牙会派出29艘战列舰对付他手下的15艘战列舰，但眼见敌方舰只数量比想像中少，加上敌方舰只设备落后，他立即下命令率舰切入两队西班牙舰队之中，然后乘风向“包抄”敌方主舰队后部进行攻击。查维斯的计划最初进展顺利，但这时负责统领西班牙护卫舰队的海军中将唐·胡安·祖亚昆·莫雷诺却冒死反击，试图留难查维斯及他附近的英舰，至于西班牙总司令唐·何塞·德·科尔多瓦的主力舰群虽然因此一时失去支援，但却趁机会反攻英方舰队后方，试图翻身扭转局势。
有见局势逆转，查维斯随即命令海军少将查尔斯·汤普森及其后军抢风转向以应对敌方变阵，可是汤普森却迟迟未有听命，只有纳尔逊的上校号当机立断，见势转向脱离舰队，再与英方前军会合，向西班牙主力舰群的背风面驶去，以期制约敌军活动。继纳尔逊及部份英舰开向敌军主力舰群的背风面后，其余英舰则驶往敌方主力之迎风面，两者形成夹击之势，双方随即陷入激烈战斗。当中纳尔逊麾下的上校号与敌方的圣尼古拉斯号及圣约瑟夫号展开近距离恶斗，而库斯伯特·柯灵乌上校指挥的HMS卓越号则驶到另一边向敌军发炮，一时漫天炮火，更有敌方战舰应接不暇而相撞。眼见自己的上校号损毁不堪，纳尔逊遂趁机会率一队人马跳上敌方的圣尼古拉斯号，与敌军埋身肉搏，拼死进行血腥决斗；而紧邻在旁、体积更大的圣约瑟夫号眼见圣尼古拉斯号被纳尔逊等人登上，也不顾英舰炮火攻击，全力向上校号及圣尼古拉斯号发炮，以企图驱散英军。然而，在没多久后，纳尔逊再率部下成功闯上圣约瑟夫号甲板，进行新一轮的血腥搏斗，最后纳尔逊重创圣约瑟夫号舰长，两舰唯有投降。圣文生战役持续至日落时份方告结束，最终以西班牙彻底战败告终，而英方更从西班牙手上俘获四艘舰只，不过，西班牙的首要主力、拥有四层的圣三一号，却在战事中侥幸逃逸。…
