尽管英军在圣文生角战役胜出，应归功于整体团队合作无间，但纳尔逊在战事中当机立断，配合总司令的谋略，离队往敌军直冲、以及身先士卒，先后登上两艘未投降的敌舰进行埋身肉搏，实属英国史无前例。纳尔逊在战事的贡献对英军胜出发挥一定影响，其表现更令众人留下深刻印象，当中，艾略特爵士全程在另一艘巡防舰上目睹了纳尔逊整个作战过程，而其部将陆军上校约翰·德林沃特事后更被派往访问纳尔逊，对战事过程作详细纪录；另一方面，纳尔逊自己也对圣文生角战役的作战过程加以笔录，并寄给身在英国的故友洛克尔上校。这些著述很快就在英国相继出版，以及经传媒大肆报道后，引起社会极大回响，一时之间，纳尔逊成为了全国上下热烈追捧的英雄人物，深受国民爱戴。查维斯一行人凯旋返国后，随即获得英廷封赏，其中总司令查维斯获封世袭伯爵，成为圣文生伯爵，不少将领也因军功获封世袭从男爵。纳尔逊曾经公开表示希望获勋从男爵，由于他膝下犹虚，加上从男爵爵位并不附带星章和绶带，他再获勋KB勋衔。
失去右臂
自圣文生战役后，西班牙舰队撤退到加的斯，圣文生伯爵（即之前的查尔斯爵士）遂拟定计划封锁加的斯，以及迫使西班牙无敌舰队出海。为加大封锁力度，他又特命驻防近岸的纳尔逊率舰在加的斯口岸处驻扎。
可是在1797年5月及6月，皇家海军位于英国斯皮特黑德及诺尔的舰队发生叛变，一度使本土海域的海军陷于瘫痪。事变平息后，由于圣文生的地中海舰队军纪严明，士气高昂，因此不少未受影响的舰只随即被调往其麾下服役。其中一艘叫HMS忒修斯号的战舰加入时，军纪尤其弛废，该舰舰长即被撤换，改由纳尔逊任该舰指挥。纳尔逊就任时，只带同他的旗舰舰长拉尔夫·维莱特·米勒及数名随员，但不出两星期后，纳尔逊等即赢得舰上军心，士气大振，使军纪恢复。虽然如此，不少新近调来的舰只，军心仍然不稳，对整支舰队构成不稳定因素。在7月3日至7月4日间的晚黑时份，圣文生派出一艘炮舰，由几艘小船护卫下炮轰加的斯，但在数天以前的一次同类型军事行动中，就发生过小舰拒绝服从命令驶近西班牙的炮艇，所以在今次行动中，纳尔逊亲自乘坐一艘驳船带领炮舰前进，而且再与敌军进行埋身血斗，期间他两度险遭敌军以短弯刀劈头，但都被一位名叫约翰·西克斯的艇长营救，伸出手臂为他挡了两刀，才得以逃过大难。事后纳尔逊传令褒扬西克斯的英勇行为，而且将他擢升，一时使军心为之一振。
此后，英军再对加的斯作出两次轰炸，但战况未有多大进展，圣文生及纳尔逊遂转移视线到其他军事行动。当时英军接报，指一艘载满财宝的西班牙商船正停靠于加那利群岛的圣克鲁斯-德特内里费，于是立即拟定计划，试图俘虏船上财宝及船员，以大挫西班牙的士气，而任务则落入纳尔逊手中。在7月22日，纳尔逊两度率兵试图登陆圣克鲁斯，可是行动不单止失败，而且还使敌方有所警觉，加强防范。未几，有变节者向纳尔逊提供线报，表示时机已经成熟，纳尔逊遂第三度出击。这次纳尔逊计划直接在黑夜中进攻圣克鲁斯，以求以捷雷不及掩耳的形势拖垮敌军布防。虽然加那利群岛总督安东尼奥·古铁雷斯将军手下只有大约800名士兵，而市内民兵也不持械，不过英军却低估了敌方的实力。纳尔逊当晚派1,000人登陆圣克鲁斯的防波堤，但出乎意料之外，防波堤上的100名守军训练有素，再加上水流急湍，使英军难以登岸，最后只有纳尔逊等小部份人成功登陆。纳尔逊甫上岸，即被敌人伤及右臂，结果由养子约书亚·尼斯贝上尉救上一艘小艇，然后再送返忒修斯号救治，最后他在舰上接受手术，切除右臂。虽然纳尔逊被救返忒修斯号，但他的部下海军上校托马斯·特罗布里奇及其他留在防波堤的英军却全数被俘，他们经谈判投降后，获准返回所属英舰。而落败的纳尔逊与古铁雷斯书信往来一番后，终在7月27日启程返回大本营。
身心俱疲的纳尔逊在战事后回到英格兰休养，不过失去右臂的他仍然是民众心目中的英雄，他在圣克鲁斯的军事失误则被认为是其他人的过失。纳尔逊所到之处，无不受普通百姓和其他战友热烈欢迎，使他很快就重新振作起来，但他失去右臂后余下的痛楚，却一直至同年11月拆去结扎线后才舒缓下来。纳尔逊当年在伦敦过冬及游览，继续受到热情款待，与此同时，他非常渴望重返前线服役，于是在1798年4月10日获准出发往加的斯海域与圣文生会合。
尼罗河战役
这时地中海舰队的局势比之前严峻不少，英军收到情报指法军正在土伦准备大规模远征，而且目的地不明；同时间，奥地利又在1797年10月签署《坎波福尔米奥条约》（Treaty of Campo Formio），退出第一次反法同盟，使英国形势进一步受孤立。而要令奥地利重新加入战场，则有必要在地中海海域部署英国舰队，以确保其南部领土及保护国双西西里王国的安全。有鉴于此，圣文生接到上级指示，要派出一小队舰队往地中海进行侦察，而刚刚在1798年4月底重返其旗舰的纳尔逊遂立即受命出发，带领三艘战列舰及四艘巡防舰开赴土伦。另一方面，英政府内部又决定要重新在地中海派驻一定规模的海军，于是将本土剩余的战舰都发往地中海，使本土海域再无多余战舰应付未来可能发生的入侵行动。在5月24日，圣文生从本土接收八艘战列舰后，同日即派十艘去加入纳尔逊一行。
不过，纳尔逊一行的进展却不太顺利。他的船队在5月21日于萨丁尼亚对开海域遇上风暴，碰巧旗舰HMS先锋号（HMSVanguard）舰长爱德华·贝里上校（Captain Edward Berry，后为爵士）不善航行，导致旗舰桅杆被强风完全吹断。后在HMS亚历山大号（HMS Alexander）舰长亚历山大·波尔上校（Captain Alexander Ball，后为爵士）协助下，先锋号唯有被拖到萨丁尼亚一带海岸抢修。而就在船队出现事故前一天，拿破仑·波拿巴将军率领大规模舰队由土伦出发，该舰队阵容庞大，拥有13艘战列舰，以及400艘载满军队的运输船。这支庞大的舰队虽然曾驶经萨丁尼亚海域，但纳尔逊的先锋号正在岸边修理，所以未有发现法军行踪。纳尔逊维修旗舰时，下令所有巡防舰驶走，约定十日后在另一地点会合，但是旗舰维修的时间比想像中长，结果纳尔逊和他的战列舰群要到第十一日，即6月9日才驶至约定地点，这时他的巡防舰群已经驶回直布罗陀，不知踪影，纳尔逊的船队顿失巡防舰群的支援。而庆幸的是，在早两天前的6月7日，由部将托马斯·特罗布里奇奉圣文生之命带来的十艘战列舰终于与纳尔逊会合，及时让纳尔逊组成了一支战列舰队，可是他对法国海军身在何方，茫无头绪。
为追寻法军去向，纳尔逊最初在意大利海域巡察，其后获悉情报指法军在西西里对开，于是下令舰队向南驶去。在6月17日，纳尔逊又派特罗布里奇往那不勒斯进行会谈，获当地表态支持，但态度颇为含糊，同时特罗布里奇在当地取得确实情报，指法军正前往马耳他。未几，在6月22日，纳尔逊在西西里以南，从一艘中立的商船获得另一线报，指法舰从圣约翰骑士团手上夺得马耳他后，已在6月16日启程出发往不明目的地。有鉴于法舰并没有如想像般前往西西里，再加上当时西风极盛，纳尔逊遂认定法舰正前往埃及，于是他下令所有正追击零星法国巡防舰只的战列舰返回大队，以便集结力量，全速向亚历山大港进发。但纳尔逊下这个命令时，却不知道他的情报有一个错误，就是法舰并非在6月16日，而是在三日后的6月19日才启程出发。因此，事实上纳尔逊部下所追击的零星法国舰只，已差不多是法国主舰队的外沿，两军旗舰相距，仅仅只有60英里。在6月28日，纳尔逊麾下一支分遣舰队率先观测到亚历山大港，但却发觉港内没有法舰，也没有法舰的消息。纳尔逊以为自己估计错误，遂在6月30日驶离亚历山大港，毫无头绪地在海上打探法军消息。但碰巧在纳尔逊离开后翌日，法国大军却缓缓驶至亚历山大港对出，准备让军队登陆。原来，当纳尔逊正以全速赶往亚历山大港的时候，法舰却以缓慢的速度前进，而且偏北航行，变相令航程延长，这样导致纳尔逊比法军先到，结果找不到法军踪影。在7月20日，纳尔逊回到西西里的锡拉库萨补给，却仍然没有任何新消息。在7月24日，纳尔逊再度启程出发，这时他仍认定法军必在地中海东部某处，并计划往爱琴海搜索。终于在7月28日，他获得确实情报指法军正在埃及，纳尔逊这才再次前往亚历山大港，在8月1日正午时份驶至亚历山大港对出，观察得港内泊满法国运输船，但却没有法舰踪迹。这次纳尔逊肯定如果法舰没有泊在亚历山大港，就应该停靠在亚历山大港以北10英里的阿布吉尔湾（Abu …
