帕格尼尼在艺术上取得巨大成就的同时，却备受疾病的折磨。他从小就病魔缠身，一生中几度死里逃生。4岁时一场麻疹和强直性昏厥症，已使他快入棺材。7岁又险些死于猩红热。13岁患上严重肺炎，不得不大量放血治疗。46岁时，突然牙床长满脓疮，只好拔掉几乎所有的牙齿。牙病初愈，又染上严重的眼疾，幼小病弱的儿子于是成了他的“拐杖”。1828年以后，他的演出越来越少。过50岁后，关节炎、肠道炎、喉癌等疾病不断向他袭来，后来他的声带也坏了，成了哑巴，只能靠儿子按他的口形作翻译来与人沟通，可见他一生的成就来得多么不易。
1801年起的五年间，他忽然隐居起来，据说在练习吉他和务农，也有人说是为了与一位年长而富裕的寡妇之间的恋爱而躲避起来。此间，他完成了六首小提琴与吉他合奏的奏鸣曲。1805年，23岁的帕格尼尼复出赴意大利各地演出。他的演奏技巧又有了进一步发展，被拿破仑的妹妹莉萨·波拿巴·巴乔基聘为皮昂比诺的音乐指挥。三年合同期满后，帕格尼尼的踪影再次消失了。1814年再度复出，在意大利许多城市举行演奏自己作品的音乐会。1828年维也纳、1831年在巴黎和伦敦的演出均引起轰动。1833年定居巴黎。1839年去马赛，然后去尼斯，并于1840年在此地去世。
帕格尼尼是一位杰出的小提琴演奏家和作曲家，但为了隐藏自己独创的演奏技巧，他不肯将自己的作品出版。他去世10年后，人们才将他的作品编辑出版，总共包括：50首小提琴曲杰出，其中《二十四首随想曲》的某些部分曾被李斯特、舒曼、勃拉姆斯、拉赫玛尼诺夫等人改编成钢琴曲；12首小提琴与吉他奏鸣曲，其中6首为小提琴、中提琴、大提琴和吉他的四重奏；6首小提琴协奏曲，其中《b小调第二小提琴协奏曲》（《钟声》）是他的代表作，主要特点是演奏技巧精湛，尤其是首尾两个乐章遥相呼应，精彩迷人，无愧于它的标题《钟声》。作品1851年刚出版，李斯特就立即将它改编为同名钢琴练习曲。原作与改编曲双双传于后世，至今仍是音乐会上常见的曲目。他还创作有吉他曲200首，以及其他各种室内乐作品等。
