中华民国十三年（1924年）春，孙传芳抽调兵力，交由周荫人、卢香亭率领，并联合福建地方势力高义、谢定国、张毅等民军，向闽南臧、杨发动进攻。双方在同安一带展开鏖战，臧、杨败退，经由漳州、龙岩，最后由汀州入江西，逃入浙江，投奔卢永祥。闽南民军纷纷通款于孙、周，闽事大定。臧致平、杨化昭率残部退入浙江境内，为卢永祥收编，对江苏齐燮元有所威胁，成为齐进攻浙江的借口。
中华民国十三年（1924年）9月，江浙战争起，双方陈兵于淞沪之间。孙传芳与齐燮元原来就有合力夹击浙卢之密谋，在此江浙战端初启之际，孙传芳即令其驻洛代表王金钰向吴佩孚请缨，入浙援苏，吴允其所请。孙传芳以闽浙联军总司令名义，出兵援齐。是时，奉天张作霖提兵西向入关，援助卢永祥，通电讨直。孙传芳挥师北上，直指闽浙界上之仙霞岭。孙传芳派卢香亭及谢鸿勋两个旅向仙霞岭挺进，命孟昭月旅为后继。
称雄东南
中华民国十三年（1924年）9月，第二次直奉战争爆发，以
后曹锟、吴佩孚兵溃失势，曹锟被冯玉祥囚于中南海延庆楼。同年11月，段祺瑞上台执政，但北京政府实际上处于冯玉祥、张作霖的共同控制之下。
中华民国十四年（1925年），孙传芳被授予恪威上将军勋位。同年春，孙传芳派人去北京奔走于段祺瑞门下，以取得段对他的谅解与支持。段也有意拉拢他，在孙传芳得第三个男孩时，曾遣龚维疆（与孙在日本同学）来杭致贺，并以翠根小玉牛相赠。孙传芳表示段为其师辈，自当竭诚拥戴。为了讨好粤方北伐军，复令赴沪面见章太炎，晋贽2000元；又访国民党要人张继，试图与南方联络，以缓后顾之忧。孙传芳一方面积极打通各方关系，一方面整顿内部实力，等待机会，再图扩张。孙传芳主浙以后，在浙尚有皖系王宾镇守使及陈乐山第四师的部队，孙传芳派卢香享、谢鸿勋、张俊峰出兵清除。段祺瑞对此亦无可奈何。其后，他又对部队加以整饬扩充，兵力益强。
中华民国十四年（1925年）秋，孙传芳奉军陈师长江，以邢士廉师驻上海，丁喜春驻南京。其后，复派刘翼飞及赵鸣皋两旅开赴上海。同年3月，孙传芳即派人前往福州，授意周荫人筹措军费，接济浙江。4月，又衔命去张家口会见冯玉祥，说明孙传芳准备进攻奉张之决心，并转达孙传芳愿与冯结为金兰之好。5月，他的手下去开封会见河南办理军务收束事宜岳维峻，商定如何共同夹击奉军。其后，又前往岳阳，代表孙传芳敦请吴佩孚出任十四省讨贼联军总司令，并携款5万元赠吴。在返回杭州途中，又分别会见了江西军务督办方本仁和赣北镇守使邓如琢，劝说他们拥戴吴佩孚，合力讨奉。同年8月，他又派人去南京，劝说江苏军务帮办陈调元共同驱奉，定下里应外合之密谋。
中华民国十四年（1925年）10月，孙传芳出敌不意，骤然响起反奉号角，由江浙边境分三路出击：以李宝璋师直扑上海，以卢香亭师渡太湖袭占丹阳，以谢鸿勋师经宜兴攻取南京。孙传芳钱塘进军，一举夺得松江、上海，长驱直入，直抵石头城下，沿途溃军尽为孙传芳所俘获。
孙传芳督师抵南京，不暇入城，随即渡江逐北。是时张宗昌任山东督办，屯兵济南，孙军北上后，与张南下之部队交锋于津浦线上。11月初，孙军谢鸿勋师与张宗昌的前敌总指挥、济南镇守使施从滨部遭遇，施部一击而破，谢师遂占领蚌埠，施在固镇以南被俘，解至蚌埠，孙传芳决定立即处决。当时他的朋友对他说：“我们打内战，对待俘虏不宜杀戮，不如押送南京监禁。”孙传芳不听，命李宝璋在车站南边的旷野执行斩决。
孙军继续乘胜北进，直达山东边境。孙传芳既席卷苏皖，筹划建立浙、闽、苏、皖、赣五省联军体系，壮大声势。孙传芳在徐州大摆庆功宴会，意态骄盈，不可一世。10月，孙传芳成立浙、闽、苏、皖、赣五省联军，自任总司令兼江苏总司令，又派手下为联军总司令部总参议，刘宗纪为参谋长，陈阁为秘书长兼浦口商埠督办，张世铭为副官长，万鸿图为政务处长，孙基昌为军务处长，程登科为军需处长，陈锡璋为军法处长，金振中为军医处长，赵正平为宣传处长。各省省长的安排为：江苏省长陈陶遗，浙江省长夏超，安徽省长王普，福建省长萨镇冰，江西省长李定魁。
孙传芳为笼络地方耆绅，聘请江浙知名人士为顾问，其中有张謇、吴士鉴等人。又聘日本军人冈村宁次为高等军事顾问，月支薪800元，优礼有加。
孙传芳原来的基本队伍为二师及一师，及入闽又增置两混成旅，入浙又扩编四个师与一混成旅，此次组织联军，除皖陈、赣邓所属部队外，闽、浙、苏三省共建立十余师之众，足以控制闽、江、淮、赣诸水流域。财政最上，赖有善于理财的蔡朴任总部军需总监，筹划军饷政费，应付裕如。
中华民国十二年（1923年）以来，三年之内，孙传芳由鄂援闽，由闽入浙，今又进据五省。孙传芳进而又想夺取中央政权，企图推倒段祺瑞，捧出江苏巨绅张謇（民初曾任北京政府农商总长）任北京政府临时总统，以便于操纵。为此，孙传芳曾以出巡为名，亲往南通拜访张謇。
退踞江苏
中华民国十五年（1926年）夏，国民革命军开始从广东誓师北伐。
在一年多以前，奉张大军南下时，孙传芳曾派手下往见冯玉祥商议携手反奉，同时联系直系将领拥戴吴佩孚出山。去年10月，吴佩孚在武汉就任十四省讨贼联军总司令。起初，讨贼指的是讨伐张作霖，后来竟与奉张言归于好，偷梁换柱，一变而为联合张作霖讨伐冯玉祥了。孙传芳对此甚为不满。同年4月，吴、张共同进攻国民军，南北夹击，冯玉祥部被迫退出北京，扼守南口。孙传芳作壁上观。
中华民国十五年（1926年），正当吴佩孚在长辛店指挥军队攻击南口时，国民革命军北伐直抵岳阳。吴佩孚以武汉为大本营之所在，仓皇南返抵御。在北伐军锐不可当进军下，吴军连遭惨败，退师死守武昌，以待援兵。吴佩孚连电孙传芳请援，并派翟殿林到南京见他，促他出兵。孙传芳则希望北伐军与吴佩孚两败俱伤，坐收渔利。吴待援兵急如星火，孙传芳则按兵不动。直到吴佩孚从两湖败退河南，北伐军于9月初挺进江西后，孙传芳才出兵迎战，并亲赴九江督师。
当时双方之军事部署大体如下：国民革命军入江西以取南昌、九江为目标，兵力的部署一路由广东韶关趋赣南，一路由湘西进赣中，又一路由湘北、鄂南袭赣西北。孙传芳的应战，以夺取武汉、长沙为闻标，兵力的部署：谢鸿勋第四师挡赣西北，卢香亭第二师、郑俊彦第十师及杨赓和独立旅、彭德铨混成旅沿南浔铁路前进。他亲率陈调元第六师、周凤岐第三师及武铭卫队旅屯兵九江、武穴。
两军对阵，战幕揭开。在西北一路，国民革命军攻占修水、铜鼓等县，谢鸿勋中流弹重伤，死于医院，因而兵败。在中路，国民革命军李宗仁、白崇禧等部从赣南、赣西合力夹击，孙军溃退，南昌失守。卢香亭进兵南浔铁路，命郑俊彦师、杨赓和旅星夜过赣江出击，将南昌收复，又南进至丰城，即与国民革命军对峙。在北路，孙传芳驻九江督战，总部设在江新号轮船上，旋因江永轮被间谍纵火焚毁，孙传芳存戒心，遂白天在江新轮办公，夜宿决川号军舰上。
陈调元屯兵武穴，并不进军武汉，因陈已秘密派其总参议范熙绩与北伐军唐生智暗通款曲，表示保持中立。当时的局面是：谢鸿勋战死，左翼断折；陈调元中立，右翼瘫痪；唯有卢香亭、郑俊彦部尚可一战。在双方互相袭扰鏖战进退达45天之后，孙军后方增援部队走火，于是谣诼纷起，草木皆兵，各部蜂拥撤退，不可遏止，纷向九江逃奔。孙传芳急乘决川号赴武穴，意在促陈调元进攻武汉，以解九江之危，但陈成竹在胸，按兵不动。他又返航九江，停泊于对岸小池口，时北伐军已破城而入；又驶至湖口，见卢香亭部战败，乱成一团，溃不成军。至此，已一败涂地，不可收拾，孙传芳立命决川号舰长陈至宾鼓足马力东折，狼狈逃回南京。时在1926年11月。…
