司马睿览奏后，听从了王导的建议。
义固君臣
大兴元年（318年），司马睿即皇帝位，建立东晋。受百官朝贺时，再三请王导同坐御床受贺，王导再三辞让不敢当，说道：“如果太阳也和地下万物一样，那么老百姓该到哪里沐浴光辉呢？”司马睿这才作罢（此为《晋书》记载，此说更早的出处似为何法盛《晋中兴书》，但再往前溯，则《世说新语·宠礼》只称某次“元会”，未言登基之会），任命王导为骠骑大将军、仪同三司。又因华轶叛乱被平定而受封武冈侯，进位侍中、司空、假节、录尚书事，领中书监。
当时太山太守徐龛反叛，司马睿访求可以镇守安抚黄河以南地区的人，王导推举太子左卫率羊鉴。不久，羊鉴战败受罚。王导上疏说：“徐龛叛逆，长时间没有受到诛罚，臣主张武力征讨，推荐并委派了羊鉴担此重任。羊鉴胆小懦弱丧师败绩，有司予以应有的处罚，圣上降天地之大恩，保全了他的性命。然而臣身负重任，总领全局掌握机要，使三军受挫，这是臣的责任，请求对臣予以贬黜，以严肃朝廷之法纪。”司马睿下诏不许。
大兴二年（319年），代贺循为太子太傅。当时中兴局面处于草创之际，朝中未设史官，王导执政时开始设置，从此典籍史录就较齐备了。之前孝怀太子司马诠为刘曜所杀，于是奉其名讳，有司奏丧礼的规格，天子举三朝之哀，群臣一哭就可以了。王导则认为皇太子是皇位的继承者，普天下都有悲哀之情，应该也哀伤三朝而非仅仅是一哭，这一建议被采纳。
提掣三代
王敦之乱
司马睿登帝位以后，不满王氏的骄横，想削弱王氏势力。他引用刘隗、刁协作心腹，并且暗中作军事布置，释放扬州地区内沦为僮客的北方流民，把他们组成军队，任命东吴旧族戴渊为征西将军，都督兖、豫等六州军事；刘隗为镇北将军，都督青、徐等四州军事，各率万人，分驻合肥、淮阴，名义上是北讨石勒，实际上是对付王敦。王导因此被疏远，但他一任自然安其本分，淡泊自如。有识之士都称赞王导善于对待升沉兴废。
永昌元年（322年），王敦以反对刘隗、刁协，替王导诉冤为借口自武昌举兵，攻入建康，杀戴渊、刁协等，刘隗逃奔石勒，史称“王敦之乱”。
王敦反叛时，刘隗劝司马睿尽诛王氏家族之人，人们议论纷纷，都为之担心。王导率族中兄弟子侄二十余人，每天天亮时到台阁处等待议罪领罚。司马睿因王导素来忠诚正直，特地还给他朝服，并召见了他。王导叩首答谢说：“叛臣贼子，哪个朝代没有呢，但想不到会出在我们王氏家族中。”司马睿赤着脚走下来拉着王导的手说：“茂弘，我正要托付一国之命与你，你怎么说这样的话呢。”于是下诏说：“王导以大义而灭亲，可以把我任安东将军时的符节授予他。” 但王导在此役中并未真正假节。
到王敦得势的时候，任王导为尚书令。王导认为佞臣扰乱朝纲，同意王敦来“清君侧”，但当这些人被杀逐以后，帝室势力退缩回去，王敦还想进一步篡夺政权，王导便表示坚决的反对，出面来维护帝室。当初，长安陷没、四方劝进的时候，王敦欲专国政，恐怕元帝年长难制，想更议所立，王导不从，及至王敦攻入建康以后，对王导说：“那时不听我言，几乎全族被灭。”但王导始终不为所动。王敦无法实现他的野心，只好退回武昌。
自从汉魏以来，朝廷赐谥号多是依据其人的封爵，有人虽然地位高德行声誉重，因没有爵位，按例不加封谥号。王导上疏说：“武官有爵必定加谥，而卿校常伯等官因无爵不得其谥，这种做法不符合赐谥制度的本意。”这一建议被采纳。自此以后，公卿等文官没有爵位的也可加封谥号，这都是王导提议的结果。
永昌二年（323年），司马睿忧愤而死，晋明帝司马绍继位，王导辅政，解任扬州刺史，改拜司徒，依照曹魏时陈群辅佐魏明帝的先例。王敦以为有机可乘，又加紧图谋篡夺，王导站在维护帝室立场坚决反击。后王敦领兵向京师逼进，当时王敦正患病，王导率族中子弟为王敦发丧，大家都以为王敦已死，于是胆气倍增斗志高昂。明帝讨伐王敦时，使王导假节，都督诸军，领扬州刺史。
王敦之乱被讨平后，王导被晋封为始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹，进位太保，司徒之职依然如前，特许他剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。但王导坚决推辞不接受。
苏峻之乱
太宁三年（325年），司马绍病死，幼主司马衍（晋成帝）继位，王导受顾命，与西阳王司马羕、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴、领军将军陆晔、护军将军外戚庾亮、丹阳尹温峤共同辅政，并加羽葆鼓吹仪仗、班剑二十人。 但庾亮很快借帝舅之重及太后之威而独大。
咸和元年（326年），据称，石勒军侵犯阜陵，司马衍下诏加王导为大司马、假黄钺，出兵讨伐。晋军停驻江宁，司马衍亲自在郊外为之饯行。不久，后赵军退走，王导解除大司马之职。
庾亮准备下诏召历阳内史苏峻，和王导商议此事。王导说：“苏峻奸诈多疑，必定不肯奉诏前来。山川原野中，可以躲藏毒虫猛兽，苏峻在外，还不至于马上发难，应暂时包容不惊动他。”王导力争，卞壸、温峤等也纷纷力阻，庾亮一概不听，仍然请求征苏峻入朝，引发了“苏峻之乱”。
咸和三年（328年），朝廷军战败后，庾亮携族人逃离京城，王导与荀崧、陆晔等入宫侍卫司马衍。苏峻因王导德高望重，不敢加害，仍让他官居原职处于自己位置之上。苏峻想要逼迫成帝前往石头城，因王导竭力争执不起作用。
苏峻成日在司马衍面前胡言乱语，王导担心会有不测之祸。当时，苏峻部下路永、匡术、贾宁都劝说苏峻，要他杀掉王导，尽诛朝中大臣，重新安置上自己的心腹。苏峻素来敬畏王导，不听他们的劝告，因此路永等人和苏峻产生了矛盾。王导派参军袁耽暗中开导、诱劝路永等人，谋划让成帝潜逃出来投奔陶侃、温峤的义军。由于苏峻防守看护甚严，事情未能成功。王导只好带着两个儿子随路永逃奔到白石。
群情自安
咸和四年（329年），苏峻之乱平息后，宫殿宗庙都被焚为灰烬。温峤建议迁都到豫章，三吴之地的豪杰们请求定都于会稽，这两种意见争来争去，不知哪样为好。王导说：“建康，即古时的金陵，过去就是帝王之都，而孙仲谋、刘玄德都说这里是帝王之宅。古代帝王不必因简陋豪华而移都，如果能弘扬卫文公以大布之衣大帛之冠为君的风尚，则可无事不成。若不勤勉耽于安乐，即使找到一块乐土，也会变成废墟。况且北方敌寇像游魂一样，窥伺我们的空隙，我们一旦有胆怯的表现，跑到南越之地，再想得到威望和实力，恐怕是难以办到。现在应该特别镇静，这样民情便可自安了。”由此所有迁都的提议都不能实施。
位极人臣
咸和六年（331年）冬，举行冬祭，司马衍下诏将祭品送给王导，并说“不必下拜。”王导连连推辞不敢承受。当初，司马衍年幼，每次见到王导，都要下拜。又曾在给王导的诏书上写着“惶恐地说”这样的话，中书省起草的诏书，则称“敬问”，这以后就成了定规。后来正月初一，王导入朝，司马衍还亲自起来迎接， 并以家人礼拜见他的妻子曹淑。
当时天下大旱，王导上疏请求退职。诏书说：“圣明的君主管理天下，行动都要合乎天道，举止不能偏离了规则，这才能使人伦肃整，万物生长顺利。我肩负祖宗基业的重任，受着王公的推举辅佐，但不能继承仰接古圣王的遗风，使宇宙万物平安，造成天旱日久，万民忧愁怨胥，国家的不幸，责任在我一人。您贤明通慧，精于道博于理，才志弘大深远，功盖四海，辅助朝政已有三代，国家之典则没有废亡，都是由于您像仲山甫那样辅佐的结果。而现在贬低自己的功绩，引咎自责。现在把元首的过失，移给宰辅大臣来承担，这更会增加我的过错。国家治理的万千事机，不可一日不理，您应该放下谦虚礼让的个人品节，而承担起治世经国的大任。门下省速遣侍中以传达我的诚意。”王导坚决地推让，朝廷数次下诏恳请，然后才继续执掌朝政。 …
