学术
王先谦学术成就最大的方面是史学。他治史的方法大体遵循乾嘉学风，注重校勘。其仿经疏体例注释旧史的代表作是《汉书补注》。该书旁采诸家之说，经多年穷究，使疑难不解之处得以通晓，因而至今
仍受国内外史学界推崇。其他的注释著作《后汉书集解》《新旧唐书合注》等也颇见功力，被后代史学史专家评为“王氏所作补注、集解诸作，都是校注书中标准的著作。” 《十朝东华录》是王先谦的又一部重要的史著。《东华录》本是清代的一种编年体史料长编，因国史馆在京城东华门内而得名，先有蒋良骥编成自努尔哈赤天命朝至雍正朝5朝《东华录》。王先谦任职翰林院和国子监时，嫌其过于简略，特详加增订，并加修了乾隆、嘉庆、道光3朝，后增修咸丰、同治2朝，合称《十朝东华录》。该书取材广泛，不仅取自《清实录》，还广采《方略》、《会典》、《御制诗文》、《大臣列传》等，所以至今仍是研究清史的基本史料。
鸦片战争之后，随中西方文化逐渐交流，中国学者开始著述外国史地，王先谦也顺应时代潮流，于光绪年间撰成《日本源流考》、《五洲地理志略》。 《日本源流考》探讨日本的政事学术和治乱得失的本源，目的是欲使闭目塞听的中国能急起仿效。书中还用一定篇幅辑录明代戚继光、俞大猷等抗倭的资料，反映出作者的爱国之心。《五洲地理志略》是王先谦花4年时间辛勤编纂而成的，书中荟萃了古今中外的史地图籍，对欧美各主要国家作了较详细的介绍。一个原先遵循乾嘉旧规的学者，能睁眼看世界，辑成世界地理书籍，确实是难能可贵的。
作为一名学术大家，王先谦深知版本校辑的重要，他强调“欲博览遗书，尤以精研版本为重。”他独自校勘或邀人合作而成的《郡斋读书志》、 《天禄琳琅书目前后编》、《魏
书校勘记》、《盐铁论校本》等都受到版本目录 学者的重视。其中《盐铁论校本》被郭沫若、杨树达著书时参考取材；他的《合校水经注》集乾嘉以来《水经注》研究之大成，为近百年来的独特通行之作。
王先谦是史学大师，又是经学大师，他曾花费半生心力
，成《尚书孔传参正》一书，书中探讨《尚书》原委，旁证历代诸儒训释；博采《史记》、 《汉书》、《论衡》等材料，对伪托之处详加辨正。今文经学大师皮锡瑞评价它“兼疏今古文，说明精确，最为善本。”他并继乾嘉年间的大经学家阮元之后，博观慎取，解释和考订经书，集资汇刻了卷帙浩繁，于保存文献，发展学术非常有益的《续皇清经解》，因而清代著名文献学家刘锦藻评价：“维持文献之功，阮氏而后为推先谦矣。”他还撰有《诗三家义集疏》等经学著作，从而奠定了自己在近代经学史上的地位。
在语言文字学方面，王先谦也颇有造诣。东汉时刘熙曾作《释名》一书，以辞音求义，来推究事物名称的由来，清代毕沅又作《释名疏证》，对《释名》加以注释论证。对此，王先谦又特意撰写了《释名疏证补》，对毕沅此书再加补证。此书撷取江浙和湖湘学者精英，所校所释，颇为
全面而有系统，后人认为它超过了毕沅的《释名疏证》，于训诂、词汇、音韵学等方面，均有一定的贡献。
此外，王先谦一生所作诗文共有44卷，1190篇，蔚蔚大观。他文宗秦汉，效法韩愈，笔力遒劲，气魄雄浑，诗宗杜甫、苏轼，自成格调，是晚清一大家，与王闿运齐名，人称“二王”。
王先谦于主讲岳麓书院达十年之久，岳麓书院自976年（北宋开宝九年）创办以后，就一直是湖湘文化的中心所在，历届山长都由著名学者担任，而其中撰述最为宏富的，当推第53届山长，亦即最后一届山长王先谦。他自著《虚受堂文集》、 《虚受堂诗存》、《葵园自订年谱》等书，编纂校刊《荀子集解》、《十朝东华录》、《群斋读书志》、《魏书校勘记》等书，终其一生，共著、编、校、注、辑、刊各类书籍达50余种，计3200多卷。
教育主张
1891年（光绪十七年），王先谦任城南书院山长。1894年，又转任岳麓书院山长。此后，主讲岳麓书院达10年之久。
王先谦主讲岳麓书院期间，正是清末维新思潮兴起，书院改革呼声日高的时期。作为岳麓书院的最后一任山长，王先谦既为书院教育制度及其课程的改革作出了一定贡献，也对维新思想和西学的传播起了一定的阻碍作用。
王先谦曾指出：“中国学人大病，在一空字。理学兴，则舍程朱而趋陆王，以程朱务实也；汉学兴，则诋汉而尊宋，以汉学苦人也；新学兴，又斥西而守中，以西学尤繁重也。”他进一步指出，“日本维新，从制造入；中国求新，从议论入。所务在名，所图在利，言满天下，而无实以继之，则仍然一空，终古,罔济而已。”他本人以科举进仕，又多次任考官，遵制以八股取士，自己又爱好八股文，但他并不主张生徒埋头八股制文。1898年他曾作《科举论》，认为八股时文已经“决裂横溃，其体已不能自立”，他主张废除八股考试，让士人“啬其精神，优其日力，多读有用之书”。即使在西太后下令废除新政，恢复旧制时，他也坚持认为八股“体实已灭裂”，“章句所用，而庸庸者因之束书不观，人才消耗，半由于此”。他鼓励生徒不为功名所累，应趋重实学，多读有用之书。由于他的引导，岳麓书院生徒中涌现出大批在古籍校勘、注释和研究方面卓有成果的国学大师。
王先谦注重于考据学，但并不是把学生局限在故纸堆里，而是提倡学以致用。他本人非常忧时忧国，也勉励学生以救国为己任。甲午战争后，他在发给生徒的手谕中列举了中国面临的民族危机，指出：“为士子者，若不争自振奋，多读有用之书，相与讲明切磋，储为国器，出则疏庸贻笑，无以劢相国家
；处则迂腐不堪，无以教子弟”。他认为：“士子读书，期于致用。近日文人，往往拘牵帖括，罕能留意时务”。他认为上海《时务报》 “为目前不可不看之书”，为了使学生“开广见闻”，启发志意”，他特意让书院订购了六份《时务报》，“每二斋共阅一份”，“随时派人分送”，让学生“或翻阅抄誊，或略观大意”。由此可见他启发学生“期于致用”，“留意时务”的苦心。
为了学以致用，王先谦主张对书院课程进行改革。他认为：“中国风气未开，才能未显，故外人声光化电之学，皆宜加意讲求。”因此，他主张书院课程“自群经、国文外，历史、舆地、算学、图画，中西共者也；各国语言文字，函宜通者也”。在时务学堂的带动下，王先谦在岳麓书院也进行了一些课程改革。当时湖南著名维新派人士皮锡瑞在1897年九月的日记中记载：“岳麓师课已改，不用时文，课经史兼算学。”十一月的日记中又记载：“岳麓书院改章后，别造房屋二间，仿西学式教算学、方言。”《湘报》41号也报道，岳麓书院“以经义、治事分门，提倡新学”，“添设算学、译学”。这些都为古老的千年书院注入了新鲜空气，也为以后书院改为学堂奠定了基础。
维新运动中，面对新学思潮，王先谦并不是一开始就是反对派，甚而还
是湖南新政的积极参与者之一。他积极投资举办近代工矿企业，也参与南学会的活动。同时，他还是时务学堂的创设人之一。他与蒋德钩、熊希龄等首倡“添设时务学堂之议”，并亲自建议聘梁启超来湘任中文总教习。熊希龄被任命为时务学堂总理后，王先谦还致函予以支持，并表示，“先谦断无置身局外之想。有须先谦到场者，随时示知可也”。
然而，王先谦毕竟是一个地主阶级知识分子。当新学思潮危及到封建专制统治时，他便毫不犹豫地站出来反对新学。他认为时务学堂师生关于“民权”、“议院”的言论是“悖逆语”，“其志在谋逆”。于是他草拟《湘绅公呈》并附岳麓书院学生宾凤阳要求整顿学堂的上书呈递巡抚衙门，对时务学堂师生进行攻击，要求对时务学堂“严加整顿，屏退主张异学之人”。同时，他又支持长沙三书院订立《湘省学约》，阻挠学生参与维新运动。当学政徐仁铸要追查对时务学堂进行造谣毁谤的人时，王先谦又多方包庇开脱，并以辞馆相要挟。…
