10月30日，蒋介石派专机将卫立煌接离沈阳至北平。
11月26日，蒋介石发布命令：“东北剿匪总司令卫立煌迟疑不决，坐失戎机，致失重镇，着即撤职查办。”12月中旬，卫立煌携眷属离开北平经上海至广州，在广州被国民党特务拦阻而返回南京。
12月15日，新华社公布了43名国民党战争罪犯名单，卫的名字列在第13位。
出走香港
1949年1月21日，蒋介石宣告下野，李宗仁出任代总统，卫立煌获释。乘特务监视松懈之时乘车到上海，后又乘船到达香港。
到香港后，卫立煌住在铜锣湾国泰酒店。10月，大陆上传来中华人民共和国成立喜讯，卫立煌不胜喜悦。即亲笔拟就致毛主席并朱总司令、周总理的贺电。
返回大陆
1955年3月14日晚，卫立煌夫妇在有关组织的周密安排下，由香港九龙乘专轮到澳门，再由陆路经石歧，于15日16时安全到达广州。中共中央华南局副书记林李明和统战部长饶彰凤代表中央前
来欢迎并致欢迎词。3月17日上午，卫立煌接到了毛主席给他的欢迎电报：“先生返国，甚表欢迎，盼望早日来京，籍图良晤。如有兴趣，可于沿途看看情况，于月底或下月初到京，也是好的。”这一天，《人民日报》、《南方日报》等均在第一版刊登了新华社播发的《卫立煌返回人民祖国》的消息和卫立煌撰写的《告台湾袍泽朋友书》。卫立煌夫妇在广州参观后，于26日到杭州，31日到上海。4月6日上午9时，卫立煌夫妇抵达北京，周恩来、朱德等亲到车站迎接。25日毛泽东会见并宴请了卫立煌。
卫立煌先后被推选为全国人大代表、全国政协常委、民革中央常委，又接替龙云担任国防委员会副主席。
1958年5月1日，卫立煌到天安门观礼台参加国际劳动节庆祝活动，
回家后感觉身体不适，后经医生诊断为糖尿病并发心脏病，当即送医院抢救。卫立煌住院期间，周恩来、朱德、刘少奇、陈毅、薄一波、李维汉等先后前来看望。以后，卫立煌的健康日见恶化，除心肌梗塞外又并发肺炎，经多方抢救无效，于1960年1月17日逝世，终年63岁。
21日上午，公祭卫立煌大会在中山公园中山堂举行。在卫立煌的灵堂前，摆着党和国家领导人毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德、宋庆龄、董必武、陈云、邓小平等送的花圈。
家庭生活
1927年12月24日，圣诞之夜，卫立煌与镇江崇实女子学校校长朱韵珩在上海举行了隆重热烈的婚礼 。这位镇江夫人可谓是卫立煌的大贵人，助他拉近与蒋介石的关系。原来，卫立煌夫妇在上海举行婚礼的时候，正赶上蒋介石与宋美龄举行“世纪婚礼”，朱韵珩因此结识了宋美龄。因为她与美龄背景相似，都是虔诚的基督教徒，都留学美国，二人一见如故，有了许多共同语言 ，书信来往常用英文，见面对话也常讲英语 。
朱韵珩与宋美龄的“太太路线”是双向的，不但朱韵珩利用这个关系帮助丈夫接近蒋介石，宋美龄也以此帮助蒋介石笼络人才 。在卫立煌当上河南省主席上，更可看出朱韵珩在调节卫立煌与蒋介石关系上所起的作用。
1939年1月，蒋介石委任卫立煌为第一战区司令长官，作战地区跨及六省，战区兵员有114万人，战区幅员和拥兵人数是当时全国十二个战区中最大最多的。这是卫立煌为将以来最鼎盛的时期，但唯一遗憾的是，他没有象其他战区司令一样兼任主要驻地河南省主席。
有一天，宋美龄给朱韵珩打电话，以兴奋的口吻说：“路德（朱韵珩的教名），恭喜你呀，俊如升任第一战区司令长官了，一方诸侯啊！相对安定了，你可以到洛阳和他团聚了”。朱韵珩早已知道卫立煌升任战区司令长官了，也在作去洛阳团聚的准备，听了宋美龄的报喜，也就计上心来，说道：“感谢神的恩赐！感谢夫人总惦记着我。也请夫人代为向蒋公致意，多谢他提携、栽培俊如。不过，俊如说了，先不忙着去，还是等当上省主席再去。我想也是的，那就再等一段时间吧。 ”
宋美龄听到这里，很快说：“路德，我知道了，你放心，俊如很快就会当上省主席的。你现在就可以准备好去团聚了 。”朱韵珩不失时机的提出了卫立煌的要求，果然没有多久，卫立煌兼任河南省主席的任命就发表了 。
个人评价
第二战区副司令长官。抗战时他指挥的最著名的是忻口战役，该战役给日
军以沉重打击，歼敌数万，如果不是刘峙在河北大溃退，使得娘子关门户大开，也许会取得忻口大捷也未可知。但忻口战役毕竟是个不战而败的战役。43年卫立煌担任第二次远征军司令长官时远征缅甸，取得的才是名副其实的胜仗，该战消灭了盘踞缅甸的日军，打通了滇缅公路，成果辉煌。卫立煌是蒋介石的五虎将之一，但其他四将都是空有其名，只有卫立煌最具指挥才能，但正好是这员卫立煌最不受到信任。
张治中致悼词，评价他是一位“善始”、“善终”的“爱国军人”，指出：“党和人民记住卫立煌同志为人民做的好事，给了他以极大的信任和荣誉。”卫立煌的骨灰盒安放在八宝山公墓。
