窦建德被阻于虎牢东月余（一说20余日）不得西进，几次小战又都失利，将士思归。五月初二，窦建德率军倾巢而出，擂鼓挑战。唐军诸将都十分惊慌，李世民带几名骑兵登上高丘望敌阵，对诸将说：“敌人从山东起兵，还没有碰见过强大的对手，如今身涉险境却很喧嚣，是没有纪律，逼近城池排列战阵，有轻视我们的意思。我们如果按兵不动，他们的勇气自然就会衰竭，列阵时间一长士卒饥饿，势必就会自动撤退，我们再追上去攻击，必然会取胜。我和各位相约，一过正午，肯定能打败他们！”窦建德轻视唐军，派三百骑兵涉过汜水，在离唐营一里地方停止。派人通报李世民说：“请挑选几百名精兵和他们打着玩玩。”李世民派王君廓带领二百名长枪手应战，相互交锋，骤进骤退，双方不分胜负，各自返回营地。当时王世充侄子王琬骑着隋炀帝的青骢马，铠甲兵器都很新，远离阵前向众人夸耀。李世民说：“他骑的真是匹好马！”尉迟敬德请求去夺马，李世民制止他说：“怎么能为了一匹马损失一员猛士呢？”尉迟敬德不听，和高甑生、梁建方三人骑马直冲入敌阵，活捉了王琬，牵着他的坐骑奔回唐营，众人没有敢阻挡的。李世民让他去召回黄河以北的牧马，等他返回才出战。
窦建德排列战阵，从早晨到中午，士卒们饥饿疲惫，都坐了下来，又争着喝水，迟疑着想撤退。李世民见时机成熟，遂下令出击，夏军士卒迅速崩溃，窦建德也为唐军所俘。唐军主力回师洛阳，王世充见大势已去，被迫于五月初九率太子、群臣等二千余人投降。
七月，窦建德旧部刘黑闼起兵反唐，很快占据河北大部郡县和河南部分地区。九月初四，突厥又入侵原州，唐以尉迟恭为行军总管，将其击退。十二月十五日，李世民命奉命征讨刘黑闼。
武德五年（622年）三月，李世民和在洺水以南扎营。刘黑闼多次挑战，李世民均坚壁不战，以挫其锋。此时双方已相持60余日，刘黑闼暗中率军袭击李勣军，李世民率略阳公李道宗袭击刘黑闼军侧后以救援李勣，结果被刘黑闼包围。此时尉迟恭率勇士冲入包围，大破帮阵，将李世民和李道宗救出。二十六日，唐军大败刘黑闼，刘黑闼逃入突厥。随后尉迟恭又随军平掉响应刘黑闼的徐圆朗。尉迟恭因功被授予秦王府左二副护军。
忠心无二
从太原起兵到统一全国过程中，李世民屡建奇勋，威望很高，并形成了以秦王府谋士和勇将为核心的实力雄厚的政治集团，对太子李建成构成严重威胁。李建成为保住太子地位及皇位继承权，与齐王李元吉结交，共同反对李世民。
鉴于秦王府多骁将，李建成、李元吉欲收买诸将，以为已用。由于尉迟恭是李世民手下大将，所以便先向尉迟恭下手，他们秘密递信叫去尉迟敬德说：“要委屈您给予我们父兄般的照看，同您做一个真诚亲密的朋友，希望您答应我们的要求。”接着赠送给他一车金银器物。尉迟恭说：“我出身低下，遇上隋朝衰亡，天下四分五裂，自己无处藏身，长期陷入叛乱队伍，罪大恶极死有余辜。结果承蒙秦王给我生命，如今还在秦王府供职，只应以生命报答他的恩情。我对您没有功劳，不敢错受重赏。如果私自答应为您效劳，就是背叛，一个为了私利忘掉忠诚的人，您又用他干什么呢？”李建成火了，此后就断绝了交往。尉迟恭很快报告了这事，李世民说：“您纯洁的思想，高于山岳，就是堆起一斗黄金，我知道您也不会改变气节。他送东西您就接着，不必顾虑。不这样，恐怕您不安全。并且了解他们的阴谋，也可以帮助想出好的对策。”李元吉等人非常忌恨尉迟敬德，派刺客去暗杀他。尉迟敬德知道他们的阴谋，就大开重重门户，若无其事地睡觉，刺客多次走进他家厅堂，终究不敢走进卧室。李元吉就在李渊面前诬陷尉迟敬德，李渊下令囚禁审讯，准备杀掉他。李世民坚决劝谏才获得释放。
诛杀元吉
武德九年（626年），突厥入侵乌城，李建成推荐李元吉为统帅出兵抗敌，密谋请李世民到长安近郊的昆明池一起送行，乘机杀害。
尉迟恭听到个阴谋，同长孙无忌立即禀告李世民说：“您如果不赶紧惩治他们，恐怕要被他们杀害，那么国家政权就危险了。”李世民叹息说：“现在他们二人离间陷害同胞兄弟，除灭君主的儿子，这种危机，大家从头至尾都很清楚。我虽然深遭他们忌恨，灾祸就在眼前，然而兄弟之情，始终令我不忍下手。我打算在他们先动手后，再按义理惩罚他们，您二位认为怎么样？”
尉迟恭说：“人的本性怕死，大家情愿以死来侍奉您，这是上天的恩赐，如果上天给您却不接受，反而会受罪责。虽然顾及了仁爱的私情，却忘掉了国家的大事，灾祸来了不知担忧，快要灭亡却无动于衷，丧失作为人臣不避艰险的气节，不具备前辈圣贤大义灭亲的品德，这些我没听说过。我的心愿，是请先下手杀掉他们。您如果不采纳我的意见，就请让我逃走，我不能坐等别人来杀。再说靠危难成就大业，是圣贤的高明主见；把灾祸变为福祉，是智士的天赋机敏。我如果逃走，无忌也要一起逃走。”
李世民还是犹豫不决，长孙无忌说：“您如果不采纳敬德的意见，我们就不再事奉您了。事情如果失败，您到底怎么办呢？”李世民说：“我刚才说的，还不能全然不顾，各位再商议吧。”尉迟恭说：“您现在办事犹犹豫豫，不算明智；面对危难不能果决，不算英勇。您即使不采纳我的意见，就请您自己考虑，到底怎样保全国家社稷？到底怎样保全身家性命？况且外边的八百名勇士，现在已经全都进了皇宫，手握兵器身穿铠甲，事情发展到这一步了您怎么能够拒绝！”尉迟恭又和侯君集日夜进言鼓动，李世民这才下了决心。
当时房玄龄、杜如晦都被李渊逐出了秦王府，不能再来。李世民叫长孙无忌去秘密地把他们请来，房玄龄等人回话说：“陛下诏令规定不许我们再事奉秦王，如果私自拜见，一定会杀我全家，不敢接受秦王的命令。”李世民大发脾气，对尉迟恭说：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗？”取下腰间的宝剑交给尉迟恭说：“您去一趟，看见他们没有来的意思，斩下他们的首级带回来。”尉迟恭又去通知长孙无忌说：“秦王已决定限期除奸，您应该按时进府筹划。我们四个人不能邀在一起走。”于是房玄龄、杜如晦道士打扮跟着长孙无忌进了秦王府，尉迟恭也从另一条路进来了。
六月初三，李世民密奏建成、元吉淫乱后宫妃嫔，并欲杀他，似为王世充、窦建德报仇，李渊愕然，声称明日早朝鞫问。
四日清晨，李世民率尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九将伏兵玄武门（长安太极宫北面正门）内。李建成、李元吉行至临湖殿感觉有变，慌忙掉马准备返回东宫和齐府。李世民从后面招呼他们，李元吉张弓即射，仓促间控弦不开，皆未中的，李世民则趁机射杀李建成。此时，尉迟恭率赶七十名骑兵至，左右箭射李元吉，李元吉中流矢坠马，逃入树林中。李世民纵马追赶，但衣服被树枝挂住，坠马落地。李元吉见状，立刻赶到，夺弓将扼杀李世民。在此危难之时，又是尉迟恭及时赶到，跃马喝叱李元吉，李元吉见到尉迟恭，放开李世民，欲趋武德殿，尉迟恭边追边射，将李元吉射杀。这时，东宫翊
卫车骑将军冯立、副护军薛万彻和屈唾至直府左车骑谢叔方率东宫、齐府精兵二千人赶来，猛攻玄武门，形势危急。关键时刻，尉迟恭持建成、元吉首级赶到示众，东宫、齐府士卒遂溃散。
这时，李渊正在海池上划船游览。李世民命令尉迟恭去保卫高祖。他身穿铠甲手执武器，直奔海池。李渊极度震惊，问道：“今天发动叛乱的是谁？你到这里来干什么？”尉迟恭回答说：“秦王由于太子、齐王发动叛乱，派兵杀了他们，他担心陛下受惊，派我来值班警卫。”高祖这才放心。南衙卫兵、北门羽林军以及东宫、齐王府、秦王府的将士还在混战，尉迟敬德奏请高祖亲笔写了道诏令，命令各部人马一并听从秦王处置，于是宫廷内外都安定了。李渊慰劳尉尉迟恭说：“你为国家立下了稳定政权的大功勋。”赏赐给他很多珍贵物品。李世民立为太子后，任命他为太子左卫率。当时的舆论认为李建成等人的一百多名部属，都应判处胁从罪而没收他们的家产充公，只有尉迟敬德坚持反对，说：“两名罪魁祸首，已经惩罚完毕，如果再株连他们的部属，这不是稳定局势的政策。”因此都免于处分。后来论功行赏，尉迟敬德和长孙无忌定为头等，每人赏赐了一万匹绢，齐王府的钱财器物，连同整个府第，都赏给了尉迟恭。 …
