现存的《毛诗笺》也是郑注中的力作。笺与注释不同，笺是宗一家之说而又有所引申发明。郑笺以《毛诗故训传》为主，《毛诗》讲的简略之处，便加以补充，有不同的见解，则另加标明，即“若有不同，便下己意”（郑玄语），实际上也是融会今古经，兼采三家诗说。《诗经》在史学上与文学上都属极重要的一部经典，但由于时代久远，其中许多内容我们今天已经不易理解了。若要真正读懂它，非借助前人的注释不可，而郑笺正是最好的古注本，是《诗经》研究的第一个里程碑。郑笺的成就是多方面的，简括地说，一是对《诗》义的理解较为深刻和符合原意；二是花大力气点明诗的象征特性，突现诗的文学意味；三是在文字、音韵、训诂、博物等方面取得了相当的成就。汉人传诗有齐。鲁、韩、毛四家，但前三家诗相继亡佚，《毛诗》在魏晋以后盛行，郑玄作笺是起了决定性的作用的。郑玄所注群经，经过长时期的流传，如今保存在《十三经注疏》中的，尚存四部，那就是《毛诗笺》与《三礼注》。在《十三经注疏》中，也以这四部注最为渊博详明，明显优于其他各家。宋人刘克庄有《杂咏一百首·郑司农》称赞《毛诗笺》说：“新笺传后学，古诗在先儒。不拟狂年少，灯前骂老奴。”宋人尊郑玄者不多，但《毛诗笺》的成就却是谁也抹杀不了的。
郑玄注《易》，用的是费氏古文，他把象、象与经文合在一起，并在其前面加上“象曰”、“彖曰”字样，以与经文相区分。郑氏易学兼采义理、象数之说。在象数学方面，除用互卦、消息等方法外，还力主五行生成说与交辰说。在义理方面，多采三礼的观点，据礼以证易道广大，凡涉及嫁娶、祭把、朝聘等项，所注皆与礼经所说相合，这一特点与后来易学义理派的治易特点相通。郑玄所注古文费氏《易》流行，今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了，后世王弼、韩康伯注《易》都用郑玄本，孔颖达《五经正义》即采用王、韩注本，通行至今。
郑玄所注《尚书》用的是古文，但与马融不同，也兼采今文。郑注的《古文尚书》流行，“今文经的欧阳与大小夏侯三家《尚书》”便散失了。至于《春秋》，郑玄本“欲注《春秋传》”，后因与服虔观点多相同，故未成之，但著有驳难公羊家何休的《发<墨守>》、《针<膏盲>》、《起<废疾>》，表明其扬左氏抑公羊的态度。郑学于魏晋南北朝时极受重视。这也是以后《左传》大兴的一个原因。
郑玄还注释过汉代律令。《晋书·刑法志》记载，秦汉旧律诸儒章句十有余家，魏明帝曾下诏但用郑氏章句，不得采用余家。郑玄还注过《孝经》与《论语》，都有较大影响。至于他注释纬书，并用纬书解经，无论对纬书本身，还是对经今文学、古文学、训诂学，也都是有贡献的。
总之，郑玄以其丰富的著述创立了“郑学”，破除了过去今、古文经学的家法，初步统一了今、古文经学，使经学进入了一统时代，对经学的发展做出了重大贡献。
总的看，郑玄以其毕生精力注释儒家经典，是一位空前的经学大师。从唐代起，其所注的《诗》、《三礼》即被视为儒家经典的标准注本，收入九经。宋代又把它列入十三经注疏，长期作为官方教材。直到今天，仍是古经典的权威注本。
教育
郑玄遵循儒家经籍中的一贯思想，力主尊师。他指出：尊尊师以教民，而以治政则无过差矣 （《礼记正义》卷二十二）。《诗·周南·葛覃》：言告师氏，言告言归。毛传：言，我也。郑玄笺：重言我者，尊重师教也 （《毛诗正义》卷一）。
值得注意的是，郑玄总是将尊师与重道联系在一起，这是他个人思想的体现。例如：《学记》 大学之礼，虽诏于天子无北面，所以尊师也。郑玄注：尊师重道焉，不使处臣位也 （《礼记正义》卷三十六）。《曲礼》：请业则起，请益则起。郑玄注：尊师重道也 （《礼记正义》卷二）。
《曲礼》：礼闻来学，不闻往教。这本是尊师之礼，郑玄也将其概括为尊道艺 （《礼记正义》卷一）。由此可见，在郑玄看来，尊师的实质在于重道。这是由于教师是道德和学术的代表者。马融曾说：师者，教人以事以谕诸德也 （《通典》卷五十三），郑玄继承了这一师说。也指出：师，教人以道者之称也 （《周礼注疏》卷九），这种以重道的角度来看待尊师的意义的态度，比起单纯将师与天、地、君、亲来作比附的态度要积极得多。
郑玄认为，在教学过程中，教师起着主导和支配作用。他指出：师说之明，则弟子好述之，教者言非，则学者失问 （《礼记正义》卷三十六），这不仅反映了汉代经师具有巨大的权威性，在相当大的程度上也是符合教学的一般规律的。
教师既然具有如此重要的地位和作用，所以郑玄说：师善则善。他将教师本身的品德、学识以及教学态度视为教育成败的关键。郑玄对教师提出了很高的要求。
第一，教师必须行以正直，这在儿童教育中尤为重要。郑玄说：小未有所知，常示以正物，以正教之，无诳欺 （《礼记正义》卷一），这种 以正教之的主张既是一项教育原则，又包含着对教师本人的严格要求。
第二，教师必须精通学业。郑玄批评那些自不晓经之义，但吟诵其所视简之文，多其难问 （《礼记正义》卷三十六）的教师，这种人看起来是教学方法不佳，其原因还在于他们自己对经籍就没有真正理解，又怎么可能教好别人呢？所以《学记》说：记问之学，不足以为人师。郑玄注：此或时师不必解，或学者所未能问 （《礼记正义》卷三十六）。总之，只知照本宣科，死诵经文，而自己没有研究成果的教师不能说是称职的。
第三，教师必须积极施教。虽然教师有不往教及不复告的戒律，但郑玄认为这并不是减轻教师的教育职责。首先，在教育对象上，郑玄认为人虚己自洁而来，当与其进之 （《郑氏逸书·论语注》卷四）。凡是虚心求学有上进心的，就应该予以促进，而不应因枝节问题而拒之门外。其次，在教学过程中，郑玄虽然反对填鸭式的强行灌注，但他也认为学者既开其端意，进而复问，乃极说之 （《礼记正义》卷三十六），而反对师肩所隐 （《礼记正义》卷三十六）的作法，可见郑玄并不否定教师的积极施教。
只是这种施教应在学生具有上进心和求知欲的情况下，以启发学生积极思考的方式进行。
第四，教师应该不断深造。按郑玄的话说，就是能够通过教育活动而见己道之所未达 （《礼记正义》卷三十六）。虽然是教诲别人，但要能够通过教育活动达到自反，即求诸己的目的；虽然是促进别人提高，但也要能自强，即自己也修业不敢倦。也就是说，教师既应是教育者，又应是受教育者。总之，教师只有具备以上几个方面的品格和作风，才能当之无愧于崇高的地位和重要职责。
郑玄毕生致力于儒家经籍的研究和传授。他破除了宗师和学派的门户藩篱，集汉代经学之大成，他的经注是后代经学教科书的重要组成部分。他对儒家经籍中所记载的教育设置和教育观点作了大量精辟的阐发，其涉及面之广要超过一般思想家的专题论述。特别是郑玄的教育思想多以经注的形式出现，尽管有依附于经籍，失于支离的弱点，但在将儒家经籍内容奉为圣人之道的古代，却有着超出一般学者论述的影响。
《后汉书·郑玄传》称“玄自游学，十余年乃归乡里。家贫，客耕东莱，学徒相随已数百千人”。又记其六十岁时，“弟子河内赵商等自远方至者数千”。由此可见，郑玄当时私门讲学，极一时之盛。
其弟子众多，几遍全国各地，见载于《郑志》、《郑记》与史传者，著名的就有河内赵商、清河崔琰、清河王经、乐安国渊、乐安任嘏、北海张逸、鲁国刘琰、汝南程秉、北海孙乾、山阳郗虑、南阳许慈等等。他的学生有的成了大官，有的成了著名的学者，《后汉书》本传说：“其门人山阳郗虑至御史大夫，东莱王基、清河崔琰著名于世。又乐安国渊、任嘏，时并童幼，玄称渊为国器，嘏有道德，其余亦多所鉴拔，皆如其言。”…
