淳熙十五年（1188年）十一月，上《戊申封事》。主张“正心”、“任选大臣”、“振举朝纲”等事。淳熙十六年（1189年），诏命朱熹知漳州。绍熙元年（1190年），61岁的朱熹到漳州赴任。朱熹在漳州的全部施政变革，主要体现在正经界、蠲（免）横赋、敦风俗、播儒教和劾奸吏等方面，而正经界则是他全部变革的灵魂。时值当地土地兼并之风盛行，官僚地主倚势吞并农民耕地，而税额没有随地划归地主，至使“田税不均”，失地农民受到更为沉重的剥削，导致阶级矛盾激化。为此，朱熹提出行“经界”，即核实田亩，随地亩纳税。这一建议势必减轻农民负担，但却损害大地主的利益，所以遭到后者的强烈反对，“经界”终于未能推行。绍熙二年（1191年）正月，朱熹长子朱塾卒。闻噩耗后，朱熹无奈以治子丧请祠。五月，朱熹迁居建阳。次年，承父志建“竹林精舍”，后更名为“沧洲精舍”，即淳祐四年（1244年）诏赐的“考亭书院”。
绍熙五年（1194年），湖南瑶民蒲来矢起义，震动了朝野，湖南地方局势骤然紧张起来。朱熹临危受命，除知潭州、荆湖南路安抚，赐紫章服。具有道学家傲骨、强烈忧国忧民心态的朱熹，不敢推辞朝命，欣然拜命前往赴任。五月，朱熹至潭州。此时，瑶民已败退深山，被困溪洞。朱熹采取了善后招抚的怀柔政策，遣使招降瑶民起义军首领蒲来矢。因本次镇压瑶民起义是湖北、湖南两地的共同行动，朱熹的招抚遭到了湖北帅王蔺的反对，在蒲来矢押解后，王蔺主张斩杀以警众。朱熹不得不在入都奏事中，直接向宋宁宗面恳，要求对瑶民“毋失大信”。朱熹到任后，兴学校，广教化，督吏治，敦民风。朱熹改建、扩建了位于湖南长沙岳麓山下的岳麓书院，空余时间亲自到此讲课，使岳麓书院成为南宋全国四大书院之一。
绍熙五年（1194年）八月，朱熹除焕章阁待制兼侍讲。九月，朱熹于行宫便殿奏事。第一札要宋宁宗正心诚意，第二札要宋宁宗读经穷理，第三、四、五札论潭州善后事宜。十月十四日，朱熹奉诏进讲《大学》，反复强调“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”八目，希望通过匡正君德来限制君权的滥用，引起宋宁宗和执政韩侂胄的不满。因此，朱熹在朝仅46日，被宋宁宗内批罢去了待制兼侍讲之职。
还居建阳
绍熙五年（1194年）十一月，朱熹还居建阳考亭。
宋朝庆元二年（1196）十二月，“党禁”正式发生。监察御史沈继祖以捕风捉影、移花接木、颠倒捏造手法奏劾朱熹“十大罪状”，朝廷权贵对理学掀起了一场史所罕见的残酷清算，效法北宋元祐党籍的故伎，开列了一份五十九人的伪逆党籍，名列党籍者都受到了不同程度的处罚。朱熹被斥之为“伪学魁首”，位列黑名单之中的第五位，有人竟提出“斩朱熹以绝伪学”。朱熹以伪学罪首落职罢祠，朱子门人流放的流放，坐牢的坐牢，遭到严重打击。
庆元五年（1199年），朱熹已被各种疾病所困扰，党禁中的朱熹终于预感到死亡的逼近，使他有大限临头的不祥预感，更加抓紧著述。
庆元六年（1200年）入春以后，朱熹足疾大发，病情恶化。朱熹生命垂危，左眼已瞎，右眼也几乎完全失明。朱熹却以更旺盛的精力加紧整理残篇，唯一的愿望就是要将自己生平的所有著作全部完稿，使道统后继有人。三月初九，71岁的朱熹在血雨腥风的“庆元党禁”运动中去世。四方道学信徒决定在十一月聚集在信州举行大规模的会葬，这又吓坏了反道学的当权者，竟令守臣约束。十一月，朱熹葬于建阳县黄坑大林谷，参加会葬者仍然有近千人之多。
朱熹死后，被谥为“文公“，赠宝谟阁直学士，又追封徽国公等。
主要成就
理学思想
理学又称道学，是以研究儒家经典的义理为宗旨的学说，即所谓义理之学。
在宋朝，学术上造诣最深、影响最大的是朱熹。他总结了以往的思想，尤其是宋代理学思想，建立了庞大的理学体系，成为宋代理学之大成，其功绩为后世所称道 ，其思想被尊奉为官学，而其本身则与孔子圣人并提，称为“朱子“。朱熹撰《周易本义》列河洛、先天图于卷首，又与弟子蔡氏父子（蔡元定、蔡沉）编撰《易学启蒙》笃信和诠释河洛、先天之学，后世皆以此立言，阐发朱子的河洛先天思想。
在元朝、明朝、清朝三代，一直是封建统治阶级的官方哲学，标志着封建社会更趋完备的意识形态。元朝皇庆二年（1313年）复科举，诏定以朱熹《四书章句集注》为标准取士，朱学定为科场程式。明洪武二年（1369年），科举以朱熹等“传注为宗”。朱学遂成为巩固封建社会统治秩序的精神支柱。它强化了“三纲五常”，对后期封建社会的变革，起了一定的阻碍作用。朱熹的学说，也对后来明朝王阳明的心学有深刻的影响。王阳明的知行合一思想正是在朱熹哲学基础上的突破。
理气论
朱熹的哲学体系以程颢兄弟的理本论为基础，并吸取周敦颐太极说、张载的气本论以及佛教、道教的思想而形成。这一体系的核心范畴是“理”，或称“道”、“太极”。朱熹所谓的理，有几方面互相联系的含义。
动静观
朱熹主张理依气而生物，并从气展开了一分为二、动静不息的生物运动，这便是一气分做二气，动的是阳，静的是阴，又分做五行（金、木、水、火、土），散为万物。一分为二是从气分化为物过程中的重要运动形态。朱熹认为由对立统一，而使事物变化无穷。他探讨了事物的成因，把运动和静止看成是一个无限连续的过程。时空的无限性又说明了动静的无限性，动静又是不可分的。这表现了朱熹思想的辩证法观点。朱熹还认为动静不但相对待、相排斥，并且相互统一。朱熹还论述了运动的相对稳定和显著变动这两种形态，他称之为“变”与“化”。他认为渐化中渗透着顿变，顿变中渗透着渐化。渐化积累，达到顿变。
格物致知论
“格物致知”出于《大学》“致知在格物”一语，原无认识论意义，基本上是讲对一般道德的体认。明确从认识论的意义上解释“格物”的第一个人是程颐。他说：“格犹穷也，物犹理也。犹日穷其理而已矣。”（《二程遗书》）朱熹继承了二程的说法，并建立了更系统的格物穷理说。他通过对“格物致知”的阐释，表述了自己的认识论思想。
从认识的目的来看，朱熹讲“格物致知”是为了当圣人 。认为若做不到“格物致知”，无论如何都是凡人，只有达到“物格知至”，方可进入圣贤之域。
“格物致知”的具体内容是“穷天理，明人伦，讲圣言，通事故。”（《文集》）这里的“天理”主要是指仁、义、礼、智等封建道德，“人伦”、“圣言”、“事故”则是天理的阐发应用。朱熹认为，如果放弃对天理的追求，只把精力花在草木、器用的研究上，那就如象散兵游勇那样，回不到老家。他说：“兀然存心乎草木、器用之间，此何学问！如此而望有所得，是炊沙而欲成饭也。”（《文集》）
在“知”“行”关系上，朱熹主张“知先行后”。朱熹的知行观，是指儒家的个人道德修养和实践。由于道德实践需要封建伦理指导，因此“知为先”。又因封建伦理不能只流于空谈，所以“行为重”。“知先”“行重”是实践道德的两个方面，有其内在的逻辑一致性。如果从认识的角度看，“知先行后”颠倒了主次关系。认识来源于实践，知行之间应以“行”为第一性。“知为先”的主张显然是错误的。至于所谓“行为重”，虽有其合理因素，但它强调的也只是封建知识分子的个人道德实践。
人性二元论
在人性问题上，朱熹直接继承了张载和二程的思想。张载把人性分为“天地之性”和“气质之性”两种，认为人性的善恶是禀气不同所造成的。朱熹对此说十分赞赏，认为这个思想“有功于圣门，有补于后学”，“发明千古圣人之意，甚为有功。”（《语类》）二程继张载后，对“天理之性”和“气质之性”作了区别。在张、程思想的基础上，朱熹又全面论证了“天命之性”和“气质之性”的人性二元论。“理”与“气”，人生不可缺少 。“理”在人未形成之前浑然于天空，于人一旦形成，便附于人体，成为先验禀赋于人心的仁、义、礼、智等封建道德，是先天的善性所在，人人皆有，故名“天命之性”。人体形成之时，必禀此气，由于气精粗、厚薄、清浊、久暂的不同，就产生了善恶、贤愚、贫富、寿夭的不同和性格上的差异。它有善有恶，名曰“气质之性”。上述二性并存于人身，这就是朱熹的人性二元论观点。…
