元大德元年(1297年)，高克恭迁山西、河北道廉访副使，改江南行台治书侍御史。在任上他建议“兴学校，选真才，汰冗官，增吏俸，慎刑狱”，力主开科取士。大德三年(1299年)，高克恭又入朝为工部侍郎。六年(1302年)，任吏部侍郎。八年(1304年)，任刑部侍郎、刑部尚书等职。在任期间，他体恤民情，赈济灾民，平反冤狱，改革吏制，无视权贵，伸张正义，受到平章事何荣祖的赏识。九年(1305年)，调大名路任总管，他廉洁奉公，惩治贪官污吏，赢得人民的爱戴和拥护。至大三年(1310年)，他还归京师，不久，逝世于燕京之南，终年63岁，谥文简。
画作
