其论一藻，则力诋和议之非。帝疑道周以不用怨望，而“缙绅”、“勃溪”语，欲为郑鄤脱罪，下吏部行谴。嗣昌因上言：“鄤杖母，禽兽不如。今道周又不如鄤，且其意徒欲庇凶徒，饰前言之谬，立心可知。”因自乞罢免，帝优旨慰之。
七月五日，召内阁及诸大臣于平台，并及道周。帝与诸臣语所司事，久之，问道周曰：“凡
无所为而为者，谓之天理；有所为而为者，谓之人欲。尔三疏适当廷推不用时，果无所为乎？”道周对曰：“臣三疏皆为国家纲常，自信无所为。”帝曰：“先时何不言？”对曰：“先时犹可不言，至简用后不言，更无当言之日。”帝曰：“清固美德，但不可傲物遂非。且惟伯夷为圣之清，若小廉曲谨，是廉，非清也。”时道周所对不合指，帝屡驳，道周复进曰：“惟孝弟之人始能经纶天下，发育万物。不孝不弟者，根本既无，安有枝叶。”嗣昌出奏曰：“臣不生空桑，岂不知父母？顾念君为臣纲，父为子纲，君臣固在父子前。况古为列国之君臣，可去此适彼；今则一统之君臣，无所逃于天地之间。且仁不遗亲，义不后君，难以偏重。臣四疏力辞，意词臣中有如刘定之、罗伦者，抗疏为臣代请，得遂臣志。及抵都门，闻道周人品学术为人宗师，乃不如郑鄤。”帝曰：“然，朕正拟问之。”乃问道周曰：“古人心无所为，今则各有所主，故孟子欲正人心，息邪说。古之邪说，别为一教，今则直附于圣贤经传中，系世道人心更大。且尔言不如郑鄤，何也？”对曰：“匡章见弃通国，孟子不失礼貌，臣言文章不如鄤。”帝曰：“章子不得于父，岂鄤杖母者比。尔言不如，岂非朋比？”道周曰：“众恶必察。”帝曰：“陈新甲何以走邪径，托捷足？且尔言软美容悦，叩首折枝者谁耶？”道周不能对，但曰：“人心邪则行径皆邪。”帝曰：“丧固凶礼，岂遭凶者即凶人，尽不祥之人？”道周曰：“古三年丧，君命不过其门。自谓凶与不祥，故军礼凿凶门而出。夺情在疆外则可，朝中则不可。”帝曰：“人既可用，何分内外？”道周曰：“我朝自罗伦论夺情，前后五十余人，多在边疆。故嗣昌在边疆则可，在中枢则不可；在中枢犹可，在政府则不可。止嗣昌一人犹可，又呼朋引类，竟成一夺情世界，益不可。”帝又诘问久之。帝曰：“少正卯当时亦称闻人，心逆而险，行僻而坚，言伪而辨，顺非而泽，记丑而博，不免圣人之诛。今人多类此。”道周曰：“少正卯心术不正，臣心正无一毫私。”帝怒。有间，命出候旨。道周曰：“臣今日不尽言，臣负陛下；陛下今日杀臣，陛下负臣。”帝曰：“尔一生学问，止成佞耳！”叱之退。道周叩首起，复跪奏：“臣敢将忠佞二字剖析言之。夫人在君父前，独立敢言为佞，岂在君父前谗谄面谀为忠耶？忠佞不别，邪正淆矣，何以致治？”帝曰：“固也，非朕漫加尔以佞。但所问在此，所答在彼，非佞而何？”再叱之退。顾嗣昌曰：“甚矣，人心偷薄也。道周恣肆如此，其能无正乎？”乃召文武诸臣，咸聆戒谕而退。
是时，帝忧兵事，谓可属大事者惟嗣昌，破格用之。道周守经，失帝意，及奏对，又不逊。帝怒甚，欲加以重罪，惮其名高，未敢决。会刘同升、赵士春亦劾嗣昌，将予重谴，而部拟道周谴顾轻。嗣昌惧道周轻，则论己者将无已时也，亟购人劾道周者。有刑部主事张若麒谋改兵部，遂阿嗣昌意上疏曰：“臣闻人主之尊，尊无二上；人臣无将，将而必诛。今黄道周及其徒党造作语言，亏损圣德。举古今未有之好语尽出道周，无不可归过于君父。不颁示前日召对始末，背公死党之徒，鼓煽以惑四方，私记以疑后世，掩圣天子正人心息邪说至意，大不便。”帝即传谕廷臣，毋为道周劫持相朋党，凡数百言。贬道周六秩，为江西按察司照磨，而若麒果得兵部。
久之，江西巡抚解学龙荐所部官，推奖道周备至。故事，但下所司，帝亦不覆阅。而大学士魏照乘恶道周甚，则拟旨责学龙滥荐。帝遂发怒，立削二人籍，逮下刑部狱，责以党邪乱政，并杖八十，究党与。词连编修黄文焕、吏部主事陈天定、工部司务董养河、中书舍人文震亨，并系狱。户部主事叶廷秀、监生涂仲吉救之，亦系狱。尚书李觉斯谳轻，严旨切责，再拟谪戍烟瘴，帝犹以为失出，除觉斯名，移狱镇抚司掠治，乃还刑部狱。逾年，尚书刘泽深等言：“二人罪至永戍止矣，过此惟论死。论死非封疆则贪酷，未有以建言者。道周无封疆贪酷之罪，而有建言蒙戮之名，于道周得矣，非我圣主覆载之量也。陛下所疑者党耳，党者，见诸行事。道周抗疏，只托空言，一二知交相从罢斥，乌睹所谓党，而烦朝廷大法乎？且陛下岂有积恨道周，万一圣意转圜，而臣已论定，悔之何及。”仍以原拟请，乃永戍广西。
十五年八月，道周戍已经年。一日，帝召五辅臣入文华后殿，手一编从容问曰：“张溥、张采何如人也？”皆对曰：“读书好学人也。”帝曰：“张溥已死，张采小臣，科道官何亟称之？”对曰：“其胸中自有书，科道官以其用未竟而惜之。”帝曰：“亦不免偏。”时延儒自以嗣昌既已前死矣，而己方再入相，欲参用公议，为道周地也，即对曰：“张溥、黄道周皆未免偏，徒以其善学，故人人惜之。”帝默然。德璟曰：“道周前日蒙戍，上恩宽大，独其家贫子幼，其实可悯。”帝微笑，演曰：“其事亲亦极孝。”行甡曰：“道周学无不通，且极清苦。”帝不答，但微笑而已。明日传旨复故官。道周在途疏谢，称学龙、廷秀贤。既还，帝召见道周，道周见帝而泣：“臣不自意今复得见陛下，臣故有犬马之疾。”请假，许之。
居久之，福王监国，用道周吏部左侍郎。道周不欲出，马士英讽之曰：“人望在公，公不起，欲从史可法拥立潞王耶？”乃不得已趋朝。陈进取九策，拜礼部尚书，协理詹事府事。而朝政日非，大臣相继去国，识者知其将亡矣。明年三月，遣祭告禹陵。濒行，陈进取策，时不能用。甫竣事，南都亡，见唐王聿键于衢州，奉表劝进。王以道周为武英殿大学士。道周学行高，王敬礼之特甚，赐宴。郑芝龙爵通侯，位道周上，众议抑芝龙，文武由是不和。一诸生上书诋道周迂，不可居相位，王知出芝龙意，下督学御史挞之。
当是时，国势衰，政归郑氏，大帅恃恩观望，不肯一出关募兵。道周请自往江西图恢复。以七月启行，所至远近响应，得义旅九千余人，由广信出衢州。十二月进至婺源，遇大清兵。战败，被执至江宁，幽别室中，囚服著书。临刑，过东华门，坐不起，曰：“此与高皇帝陵寝近，可死矣。”监刑者从之。幕下士中书赖雍、蔡绍谨，兵部主事赵士超等皆死。
道周学贯古今，所至学者云集。铜山在孤岛中，有石室，道周自幼坐卧其中，故学者称为石斋先生。精天文历数皇极诸书，所著《易象正》、《三易洞玑》及《太函经》，学者穷年不能通其说，而道周用以推验治乱。殁后，家人得其小册，自谓终于丙戌，年六十二，始信其能知来也。
后世纪念
纪念馆
黄道周纪念馆面对旗鼓山，占地1.7亩，是典型的明代闽南古民居建筑。馆内以丰富的图片和翔实的文字，展示黄道周一生的贡献和生平事迹。馆中存有他制作的天地盘，由两层石板重叠构成，正方形，盘面刻有16 384个方格和八个直径不等的同心圆，相互交错，谓之“天圆地方，方圆相削，凡十八变而返于原”。天地盘石案是他释天论地、研究和讲授易学数理的仪器，是稀世罕见的科技史信物，其中的奥秘至今无人破解。黄道周纪念馆和位于县城北郊的黄道周墓均为省级重点文物。
黄道周馆建于明代崇文书院原址之上(崇文书院，始建于明正德元年，为东山历史上三大书院之一，黄道周童年曾就读于此，清康熙初年实行“迁界”政策，书院遂废。)，与宝智寺、关帝庙相毗邻。该馆建筑面积800平方米，占地面积约1千平方米，属泥石结构仿古建筑，红墙绿瓦，颇为壮观。
黄道周就义后，邑人在其出生地铜山深井村旧居设神牌祭祀，在其执教的明诚堂设馆纪念。相传在他就义后十年，有人在武夷山林里，看见一个黄衫朱履的老者策杖优游于林泉间，酷似黄圣人。于是为之建庙崇祀，享受人阅香火。人们视黄道周为神，尊称“助顺将军”，以避清廷忌视。…
