截止1987年底，全省内河干支流通航河流及水库湖泊航线144条。通航里程达5519公里。
港口码头
上游安徽省境内流域内主要港口有：洋棚港（桐城鲟鱼镇）、华阳港（望江县华阳镇）、池口港（贵池县池口）、梅梗港（贵池县梅埂乡）、牛头山港（贵池县桐山乡）、童埠港（青阳县童埠镇）、汀州港（铜陵县太平乡）、新港（繁昌县新港镇）、湾港（芜湖湾心镇）、谢家凹（马鞍山谢家凹）、当涂港（当涂县城关）、定埠港（郞溪县定埠镇）、泗县港（泗县南新汴河）、大寺集港（毫县大寺集）、霍邱港（霍邱城关）、正阳关港（中渡口码头）、寿县港（寿县城关）、六安港（六安新河码头）、舒城港（河南乡）、固镇港（固镇南小荷）、三河港（三河镇）、明光港（明光镇）、散兵港（散兵镇）、缺口港（缺口桥北侧）、钓鱼台港含山县钓鱼乡）、刘渡港（无为县刘渡镇）、无为港（无为仓埠门）、金河口港（和县金河口）。
比较知名的有：深渡港位于安徽歙县深渡镇，地处深渡河下游西岸，新安江与深渡河交汇处，上航55公里达屯溪市，下航99公里抵新安江铜官大坝。
深渡港是歙县古港之一，开港于20世纪初。新安江水库大坝未建以前，深渡港水运繁忙，上至屯溪，下至杭州来往的船只常在此港停靠。1958年，新安江水电站封坝蓄水，徽杭水路中断，深渡港货运量下降。1960年水库蓄水，改善了通航条件，港口客货运输吞吐量逐年上升。
1965年，省交通厅投资1.5万元，建石砌踏步码头2座，总长60米，宽70米。同时投资3万元，建踏步客运码头1座，长20米，宽7米，1967年投资2万元，建中、高水位候船室2座，300平方米。
1984年，交通部投资30万元，开始对深渡港进行扩建，兴建客、货码头，岸线总长175米，站房452平方米，其中候船室152平方米。
深渡港港区自然岸线长1.1公里，水域面积6.5万平方米，陆域面积3.8万平方米。有码头6座，总延长297.5米，泊位10个，最大靠泊能力300吨级。仓库1座260平方米，简易堆场1处70平方米（主要利用自然岸坡），港口无装卸机械，装卸力量为当地农民及搬运站工人。
河道治理
新安江古称渐江、浙江，是钱塘江上游的重要支流之一，属钱塘江流域。新安江上游分两支：南支率水，北支横江。南支率水为新安江正源，发源于休宁县西南五股尖北麓。率水流至屯溪市与横江汇合后，始称新安江。新安江流至歙县街口后入浙江省境，注入新安江水库。新安江街口以上河道总长242.3公里，安徽境内流域面积6500平方公里。
新安江流域地处黄山主峰的南部，境内山脉连绵，地势高峻，相对高差大，“梯山而耕且田少，兴灌溉之利难”。历史上流域内水利建设主要是拦河筑坝，开渠引灌以及开凿山塘蓄水灌溉。晋代开始，坝工程兴起。至宋代，绩溪、歙县、休宁、黟县、祁门五县有水塘2302口，坝1754处。建国后，坚持以蓄为主的治水方针，从修复旧有塘坝开始，发展到开挖山塘、兴建水库，建设灌区和开发小水电。截至1985年，新安江流域内已建成或基本建成的水库共有214座。其中中型水库2座，兴利库容5585万立方米，有效灌溉面积7.44万亩；小型水库212座，兴利库容3791万立方米，有效灌溉面积10.26万亩。全流域保证灌溉面积已达51.06万亩，占流域内耕地面积的73.7%，其中水库灌溉16.59万亩，机电站灌溉面积7.91万亩，引水灌溉面积9.44万亩，塘坝及其他灌溉面积17.12万亩。
历史上，新安江由街口上溯，10吨木船可经屯溪沿率水抵达江潭，沿横江可达渔亭。5吨木船自歙县沿扬之水可至绩溪县城，通航里程近350公里。然而，流域内山多田少，随着人口的增加，开荒种地、毁林种粮的破坏生态环境的活动导致了山区水土流失的加剧。据1985年统计，全流域水土流失面积共2713.4平方公里，占流域面积的47.1%。其中初步治理的为1298.2平方公里，不到流失面积的一半。水土流失导致流域内航道里程大幅度减少，山区河道水运功能基本丧失。
新安江的治理与开发始于东晋咸和二年（327年）。是年在歙县岩寺镇附近的丰乐河下游建鲍南，坝长160丈。鲍南灌田3700亩。明崇祯末年（1644年）鲍南被水冲塌，至清乾隆十九年（1754年）始修复。此后至民国时期又屡毁屡修，但灌溉效益均没有超过2000亩。1952年将灌区的北干渠延伸到七里头桥，扩大灌溉面积630亩。1968年因兴建岩寺镇发电厂，需要提供水源，又将原来旧桩石坝改为浆砌块石坝。坝长100米，高1.5米，提高蓄水位0.5米，投资13.82万元，增加了蓄水量，满足了发电厂用水的要求，灌溉面积也增至4500亩。
梁大通元年（527年），由新安内使吕文达倡议，在歙县西溪志村附近的丰乐河上建吕，分南、北二渠，为流域内古中至今灌溉效益最大的工程。清康熙五十九年（1720年）改筑石坝，长80余寻（每寻8尺）。乾隆十九年（1754年）洪水毁坝，修复后灌田4787亩。后多次淤塞并重修。至民国年间，原石坝毁，无力修复，群众以炭篓装河卵石堆筑临时性拦流软坝，灌田面积锐减至3690亩。1951年10月，徽州专区水利委员会组织劳力将软坝改建为木桩石坝，整修老渠。并延伸支渠5公里，建涵洞15处，完成土石方3097立方米，投资2.56万元，灌溉面积增加到5700亩，抗旱能力也大有提高。1959年冬至1960年春，结合血吸虫防治，对引水沟渠进行裁弯取直，以畅水流。1961年又投资大修，1964年又增建防洪堤160米。1969年石坝被冲毁50余米，当年修复。吕石坝现已长达120米，高1.2米，总干渠长1.2公里，渠首正常引水流量约1立方米每秒，最大时可达1.5立方米每秒，灌溉面积已扩大至7500亩。
南宋嘉定十四年（1221年），在歙县城南渔梁龙井山麓的练江干流建石坝引水灌溉。初建时仅聚石立栅，至绍定二年（1229年）改建为石坝，砌石八层，左右为蓬卷，坝底宽三丈，高一丈五，长六十丈。至明初石坝倾圮。弘治十二年（1499年），知府张祯拨款重建，砌石九层，以石灰和沙填坝心，底宽2.5丈，长50余丈。弘治十四年（1501年）为洪水所毁，后重建为阶梯状石坝。明万历和崇祯年间又分别重修，至清康熙二十六年（1687年）又再次重修。用青石、白条石错缝密砌20余尺，石缝衔接处用石榫锁定，上开三门，以利泄洪，工程历时四年完成。乾隆三十七年（1772年）和光绪二十八年（1902年）又两次修葺，至今基本完好。
明永乐年间（1403～1424年），山西运粮主簿汪辛罢官归里，出资在黟县际联乡东亭河上筑石头。开渠引水至宏村泉窟，后称月塘，作灌溉、消防和生活用水。明万历三十五年（1607年）汪奎等十七人发起在宏村南掘建南湖，凿深数丈，仿西湖格局。湖为弧形，以苏堤为楷模，堆泥而筑中堤。湖分东西两半，湖水相通，砌石立岸，取名“南湖”。历经三百余年，湖渐废弃，渠道淤塞。民国12年（1923年）春，汪氏族人又集资修建南湖，历时两年，于民国14年8月完成，南湖恢复旧貌。1981年7月，石头被洪水冲毁，是年11月，黟县人民政府和群众共同筹资1万元进行修复。修复后的坝身为浆砌块石，面层为混凝土浇筑，至次年1月完工。
明正德十三年（1518年），邑人尚书胡松白、巡扶陈凤梧、知县陈约筹款在绩溪县华阳镇东门外筑东门石坝，坝长183丈，高1丈6尺。清乾隆十二年（1747年）石坝被水冲毁，于乾隆十五年（1750年）由知县萧吕祥筹资修复，后又多次塌圮、修复。1965年东门坝又被洪水冲毁，后由水利部门修复。1982年大水，石坝又被冲坏。是年冬开始重修东门坝，采用浆砌块石，水泥砂浆勾缝，按百年一遇洪水标准确定坝高，至1983年，石坝全部竣工。建成后坝长278米，坝高6米，顶宽12米。…
