妥协教义
深知等级制中国社会运行规则的利玛窦，专心和有地位的人交往。为了避免教义中内容引起他们的不满，使基督教更加易于理解和投人所好，他把基督教演绎成一种类似于并能兼容儒教的伦理体系--------删去了耶稣被钉死在十字架上，耶稣的童贞女之子身份，特别是“人人平等”等内容。利玛窦还尽量避免谈论基督教的神学。这种简化了的宗教版本，自然不能让罗马教廷满意，使他和教廷之间出现了麻烦。
传教影响
利玛窦等意大利传教士在中国取得了很大成就。明代末帝崇祯的皇后在清军入关时曾写信准备皈依天主教并请求教皇支援（此信尚保存在梵蒂冈）。清朝康熙仍然重用意大利传教士。但后来欧洲其他天主教各教会之间对中国传统祭祖敬孔习俗的争论以这些习俗对当时中国天主教的影响削弱了利玛窦等人本已取得的成功。康熙时代，西班牙传教士为了在菲律宾和中国排挤意大利传教士，向教皇申诉并取得教皇敕令，宣称利玛窦等人允许中国教徒崇拜祖先违背了天主教教义，并派特使到中国晋见皇帝，态度骄横，和康熙争辩。康熙认为“天下没有不忠不孝的神仙”，说这个特使“不可理喻”，下令囚禁到澳门，使其病死狱中。从此中国皇帝和罗马教廷关系急剧恶化，禁止了西班牙传教士在中国的活动，并进一步严格的实行了“闭关锁国”政策。而祭祖敬孔的禁令直到数百年后的1939年12月8日由教宗碧岳十二世（Pius XII，即庇护十二世）删除，这也侧面显示出了利玛窦对中国文化的了解。
传教策略
利玛窦采用的是“驱佛近儒”的手段进行传教，这种方法佛教也曾用过。利玛窦补的儒是孔孟时代及孔孟以前的中国文化中较原始的“儒家”思想，所谓“先儒”，实则策划通过“合儒-补儒-超儒”“阳辟佛而
阴贬儒”“贬佛毁道，援儒攻儒”的路线图超越儒家，取而代之，达到以夷变夏的目的。他甚至偷换儒家圣教中的“上帝”“圣经”的概念。因为有了佛教的前车之鉴，这引起了明朝士大夫的极度不满。崇祯年间的《刻辟邪集序》中说：“有利马窦、艾儒略等，托言从大西来，借儒术为名，攻释教为妄，自称为天主教，亦称天学。”利玛窦在《利先生复莲池大和尚竹窗天说四端》中声称：“佛者天主所生之人，天主视之，与蚁正等。”
利玛窦死后没多久，僧众联合儒士对天主教进行了激烈的批判。崇祯十二年（1639年）由徐昌治订正印行《圣朝破邪集》八卷（亦题《破邪集》或《皇明圣朝破邪集》），就是万历、崇祯年间佛教僧众（部分儒家士大夫）对于天主教的批判，其历时之久、规模之大、涉及问题之多、论辩之激烈、影响之深远，在中国文化史、学术史和宗教思想史上，都是罕见的，在迄今为止的人类思想文化史上，也蔚为大观。此外还有费隐通容 编《原道辟邪说》（1636） 和钟始声 编《辟邪集》（1643）。
人物影响
长期以来，西方许多人，尤其是天主教徒将利玛窦视为令人景仰的，“诱导异教徒皈依的”传教士。而东方却将利玛窦视为促进东西方交流的科学家。这种评价主要是因为他向东亚地区传播了西方的几何学、地理学知识，以
及人文主义和天主教的观点，同时他又向西方介绍了中国文化。因此有人将他视为一位汉学家。
利玛窦和他的同事们虽然只争取到了不多的信徒，但后人把他的作用看出为日后的冲击准备了基础。因为他们通过假托儒教学者，已经使中国人较容易接受基督教中较少争议的部分，而具有敏锐思想、学识渊博和迷人个性魅力的利玛窦是发挥这种作用的理想才干。
利玛窦是天主教在中国传教的最早开拓者之一，也是第一位阅读中国文学并对中国典籍进行钻研的西方学者。利玛窦除了通过“汉语著述“和西方僧侣”的方式传播天主教教义外，还广交中国官员和社会名流，传播西方天文、数学、地理等科学技术知识，他的著述不仅对中西交流作出了重要贡献，对日本和朝鲜半岛上的国家认识西方文明也产生了重要影响。
人物评价
教宗若望·保禄二世在《利玛窦到北京四百周年国际学术研讨会致词》中对利玛窦的评价可以代表天主教会的观点：“利玛窦神父最大的贡献是在‘文化交融’的领域上。他以中文精编了一套天主教神学和礼仪术语，使中国人得以认识耶稣基督，让福音喜讯与教会能在中国文化里降生。由于利玛窦神父如此道地的‘做中国人中间的中国人’，使他成为大‘汉学家’，这是以文化和精神上最深邃的意义来说的，因为他在自己身上把司铎与学者，天主教徒与东方学家，意大利人和中国人的身份，令人惊叹地融合在一起。” 他又说：“利玛窦神父确信信奉基督，不会损害中国文化，相反会使中国文化更加丰富完善……今天，利玛窦的形象以及他的著作，重新呈现到中国人民的现实生活中，象征着中国现代化步伐发展的进程。”
日本作家平川佑弘：利玛窦是“人类历史上第一位集欧洲文艺复兴时期的诸种学艺，和中国四书五经等古典学问于一身的巨人。”他还将利玛窦看作是“地球上出现的第一位“世界公民”（homo universale）（中文版序言）”。
美国《生活》杂志：将他评为公元第二千年内(1000年—1999年)最有影响力的百名人物中的一员。
罗马天主教会：“利玛窦神父最大的贡献是在‘文化交融’的领域上”。
丘成桐：“400多年前，被誉为‘沟通中西文化第一人’的利玛窦把现代数学引进了中国，而他就是在肇庆开始传播《欧几里德几何》等现代数学著作。因此，从某种意义上说，中国现代数学起源于肇庆。”
人物纪念
利玛窦墓现位于北京西城区官园桥附近的北京行政学院院内。墓为土丘
形，前立螭首方座石碑一座，碑额十字架纹饰，碑身刻中西文合壁“耶稣会士利公之墓”。如今公墓东边墓碑数十块。西边有墓碑三块：面向墓穴，中间为利玛窦，左右首分别为汤若望、南怀仁。利玛窦的墓碑上刻着“耶稣会士利公之墓”，有拉丁文和中文两种文字。
利玛窦墓园里并排竖立着三通汉白玉石碑，墓碑的形制与常见的一样，利玛窦墓只是碑额雕龙花纹的中心，镌有代表天主教会的十字徽记，表明墓主是一位虔诚的天主教徒。中间的那一通螭首方座碑高2.7米、宽0.94米，为明万历三十八年(1610年)立。碑身正中刻有“耶稣会士利公之墓”八个大字。右边碑文是:“利先生讳玛窦，号西泰，大西洋意大利亚国人。自幼入会真修，明万历壬辛年航海首入中华衍教，万历庚子年来都，万历庚戌年卒。在世五十九年，在会四十二年。”石碑后面是灰身黑顶圆拱式的长方形砖砌坟墓，墓高1.5米、长2.4米、宽1.3米。利玛窦墓东侧为南怀仁墓，西侧为汤若望墓。
墓地四周被矮墙围绕，前有石牌坊大门一座。据史料记载，利玛窦墓地址墓碑上应有“钦赐”二字及少京兆黄吉士题字“幕义立言”的坊额，门簪、门口的一字影壁及雕花依然清晰可见，典型的西洋装饰橄榄玫瑰枝点缀四周，顶上却是中国的盘龙，墓身后为方形石制灵柩。墓碑一面镌“利先生，讳玛窦，号西泰，大西洋意大利亚人……”的中文墓志铭，一面则刻着拉丁文。但如今已看不到这些字迹。
利马窦墓碑依照明朝的惯例，客死中国的传教士必须迁回澳门神学院墓地安葬。1610年5月11日利玛窦病逝于北京后，其他传教士和利玛窦受洗的教徒都希望可以得到皇帝的恩准，让利玛窦安葬于北京，藉此来认可教会和天主教在中国的合法存在。为此，耶稣会士庞迪我神父（Didace de Pantoja）向万历皇帝上呈奏疏，希望能破例赐地埋葬利玛窦。庞迪我在奏章里称：“利玛窦以年老患病身故，情实可怜，况臣利玛窦自入圣朝，渐习熙明之化，读书通理，朝夕虔恭，焚香祝天，颂圣一念，犬马报恩忠赤之心，都城士民共知，非敢饰说。生前颇称好学，颇能著述，先在海邦，原系知名之士，及来上国，亦为缙绅所嘉？臣等外国微臣，悲其死无葬地，泣血祈恳天恩，查赐闲地亩余，或废寺闲房数间，俾异域遗骸得以埋瘗，而臣等见在四人，亦得生死相依，恪守教规，既享天朝乐土太平之福，亦毕蝼蚁外臣报效之诚。” …
