虽然朝廷中有人反对，但该事在内阁大学士叶向高等人的多方努力下，还是很快得到了万历皇帝的照准。1611年，由徐光启主持，皇帝赐物利玛窦安葬于平则门外二里沟的滕公栅栏。教会无需付款便可拥有这份产业。至19世纪末，安葬于“滕公栅栏”的欧洲传教士已逾百名。1900年墓地被义和团砸毁。墓穴被掀，碑石被砸。其后清政府依《辛丑条约》出资重修了被毁墓地，而且还立了一块道歉的石碑。20世纪初此地已经成为天主教的公共墓地。墓地面积也不断扩大。至中华人民共和国成立，栅栏墓地已先后埋葬了数百名西方传教士，成为明清以来西方传教士在东方安息的一个最为集中的所在。 1949年中华人民共和国成立之后，外国神父被迫撤离了中国，1954年，墓地内的墓碑只有利玛窦、汤若望、南怀仁三块依照国务院宗教事务管理处指示被保留在原地。文化大革命期间，利玛窦墓碑被平埋于地下。1973年，马尾沟教堂被拆，墓碑无人照管。中国社会科学院于1978年10月24日向北京市革命委员会发出一份题为《关于请修复意大利学者利玛窦墓》的函件，指出，此事已经“华国锋、邓小平、李先念等五位中国中央领导批准重修利玛窦墓，请批转有关单位办理。“北京市革命委员会将墓地修复任务交给了北京市民政局。1979年后墓地得到了修复，并列入了北京市文物保护单位。
