南平市境内河流众多，流域面积在50平方千米以上的溪河有176条，100平方千米以上的溪河有70条，构成溪河众多、径流量大、流域面广的自然水系。主要河流有“一江八溪”，即闽江、建溪、富屯溪、崇阳溪、南浦溪、松溪、麻溪、沙溪和金溪。
福建省第一大江--闽江，发源于海拔千米以上的武夷山，干支流水力资源都很丰富，其中建溪，富屯溪和闽江境内河段是闽北水源，水力、水运的大动脉。
建溪：发源于武夷山脉和仙霞岭，在建瓯以上又分为崇阳溪、南浦溪．松溪三条溪，分别流经武夷山、浦城、松溪、政和、建阳、建瓯、延平等七个县（市、区），起迄地点是浦城坑尾至延平园口，延平以上流域面积16396平方千米，干支流长1352千米，干流长294千米，年平均径流量158亿立方米，河道坡降为8万分率，流域形状系数为0.19。祟阳溪，自武夷山市东南流至建阳，全长135千米，建阳以上流域面积3278平方千米，在建阳汇麻沙溪后入建溪干流。南浦溪，自浦城城南流往建瓯徐墩与祟阳溪汇合后流至建瓯，汇入建溪干流，全长199千米，芝城以上流域面积4018平方千米。松溪，自浙江省庆元西流入松溪县，折向南流，左汇政和七星溪于西津，向西南流入建溪干流，全长196千米，建瓯以上流域面积4785平方千米。以上三支流在建瓯市境内汇合，流经南雅，于延平区汇入闽江。
富屯溪：发源于杉岭山脉，集光泽西溪、北溪之水，自光泽南流，经邵武至顺昌，右汇金溪、复东流，至洋口折向南流至沙溪口，与沙溪汇合，沙溪口以上集水面积13733平方千米，干流长285千米，河道坡降为12万分率，流域形状系数为0.17。
沙溪：源自宁化的枫树排，经清流、沙县蜿蜒东流，至延平沙溪口汇富屯溪，在南平市延福门码头再与建溪汇合入闽江。沙溪口以上集水面积11793平方千米，河道坡降为7万分率，南平市境内河长约9千米。
闽江：南平市境内的闽江仅南平-樟湖板一段，长度为56千米，樟湖板以上集水面积4990平方千米。此段江面较宽，全年可以通航500吨级轮船。
自然资源
土地资源
2015年，南平市境内土地总面积3983万亩，占全省陆地面积的21.7%。人均拥有土地13亩，高于全省人均7.2亩的水平。全市2003年末实有耕地面积309.9万亩，占全省耕地26.7%。按户籍总人口计算人均耕地1亩。全市山地面积3168万亩，占全省山地的25%，居第一位，按户籍总人口计算人均l0．4亩，按农业人口计算人均15.6亩。按使用权属分，国有253.4万亩，占8%。农户经营2664.23万亩，占84．1%。其它250.5万亩，占7.9%。2013年，全市粮食播种面积373.9万亩，总产143.4万吨；茶园面积57.4万亩，毛茶总产5.96万吨；果园面积78.3万亩，水果总产78.9万吨；烟叶种植面积33.44万亩。
水力资源
闽北境境内森林茂盛，雨量充沛，溪河纵横，水库棋布。境内的闽江和建溪、富屯溪干支流，水力资源理论蕴藏量为387.37万千瓦，居全省第一位。其中建溪流域干支流47条、200.9万千瓦；富屯溪干支流40条、130.1万千瓦；闽江（南平至尤溪口）36.6万千瓦。水力资源进一步开发利用的潜力较大，前景广阔。
森林资源
截至2015年9月，南平八山一水一分田，是中国南方重点林区。全市林业用地面积3259万亩，占全市土地总面积的83%，其中有林地面积2964万亩，占全省的24%。在有林地中，用材林1487万亩、生态林836万亩、毛竹林527万亩（立竹量8.4亿株）、锥栗79万亩。全市森林覆盖率74.75%，活立木蓄积量1.18亿立方米，占全省的33%。森林蓄积量为1.58亿立方米。建瓯、武夷山、顺昌是“中国竹子之乡”，建瓯、建阳、政和是“中国锥栗之乡”，顺昌是全国唯一的“中国杉木之乡”。林业在全市经济中占有重要地位，是山区农民致富奔小康的主要途径。全市有省级以上自然保护区5个，面积108万亩；自然保护小区1283个，面积127万亩；普查建档的古树名木9391株。
矿产资源
截至2015年9月，南平市境内已知矿产有50多种，探明储量的矿产有30多种，如铜、铅、锌、煤、铁、铌钽、玻璃、金、银、铂钯、钨、锡、石墨、硫铁矿、萤石、高岭土、滑石、重晶石、石灰岩、白云岩、蛇纹岩、钾长石、云母、压电水晶、叶蜡石、明矾石、珍珠岩、磷矿等。
全市探明大型矿产产地11处，如政和压电水晶、熔炼水晶、浦城硫铁矿，邵武、建阳、松溪、光泽萤石矿，建阳石墨矿，延平铌钽矿，顺昌石灰岩、水泥硅质原料等。中型矿产地15处，其中铅锌矿4处、萤石矿4处、石灰岩矿1处，蛇纹岩矿2处，硫铁矿2处，铌钽矿1处，水泥硅质原料1处。小型矿产产地80多处。已知矿点矿化点700多处，化探异常200多处，重砂异常200多处，（其中黄金重砂异常14处，钨锡钼重砂异常112处），分流异常50多处，磁异常20多处，地面磁异常百余处。
全市有三十多处矿点进行不同规模的开采。如邵武煤矿、萤石矿，浦城铜矿、硫铁矿，政和铅锌矿、磁铁矿，建瓯煤矿、萤金矿，顺昌石灰岩、硅质原料、蛇纹岩矿，延平石灰岩、磷矿、铌钽矿，松溪钨矿、磷矿、光泽萤石矿等。
主要矿种储量：钽铌矿储量2336万吨（矿石，下同），居全国第一，亚洲第二位。萤石矿储量254.8万吨、硫铁矿储量2459万吨、石墨矿储量634万吨，居福建省第一位。
动物资源
截至2015年9月，南平市境内森林植被丰富多样，为动物的栖息繁衍提供基本条件。全市有各种高等动物兽类近百种，分属22科46属，约占全国四分之一；鸟类近400种，占全国三分之一多，两栖类33种；山溪鱼类33种；昆虫31个目，200多科，2000多种。
武夷山自然保护区有“蛇的王国”之称，已知蛇类有63种，占全国160种的39%、全省77种的82%。主要蛇类有蕲蛇（五步蛇）、银环蛇、青竹蛇、眼镜蛇、腹蛇、蟒蛇、灰鼠蛇等。在数量上，单是我国特产的五步蛇在保护区内约有50万条以上。
闽北水域鱼类有17科138种（包括亚种），主要养殖有草鱼、鲤鱼、鲢鱼、鲫鱼、罗非鱼、团头鲂鱼等。龟类有l0多个科近60种。两栖类有田鸡、青蛙、棘胸蛙、鳖、龟等，贝壳类常见的有腹足田螺。双壳类砚、蚌，甲壳类草虾、溪蟹等。
闽北珍稀动物较多，主要有野猪、熊、云豹、精猪、猕猴、短尾猴、苏门羚、马麂、金猫、大灵猫、小灵猫、毛冠鹿，大自鼠、白蝙蝠、髭蜡（角怪）、蛙蛙鱼、武夷湍蛙、华东雨蛙、大头平胸龟、南海闪磷蛇等。鸟类中的中华小隼、山鹧鸪、黄腹角雉、蜂鸟、白颈长尾雉等，在全国境内只在闽北繁殖生长。
植物资源
截至2015年9月，全市有植物1790多种，仅种子植物就有110科，1200多种。针叶树、常绿阔叶树和乔灌木等森林植物有400余种、大宗用材林主要有杉木、马尾松、阔叶林三大类。竹类植物有80多种。毛竹为多，其次有绿竹、麻竹、芦竹、苦竹、黄竹、雪竹、刚竹等。油脂植物、纤维植物、淀粉植物以及其他食用植物也很丰富，其中大宗提供利用的有油茶、油桐、乌柏、生漆、山苍籽、香樟、香榧、棕榈、苎麻、黄麻，板栗、木薯、茶叶和各种水果。药用植物有泽泻、厚朴、九节茶、七叶一枝花、十大功劳等700多种，蕨类、苔藓、地衣、真菌等760多种，其中蕨类、苔藓360多种，地衣、真菌400多种。
境内山区珍稀名贵树种较多，有古老的“活化石”——银杏，材质优良的楠木、花榈木、桂花木，木质细硬的降香黄檀，适于工艺雕刻的黄杨木，珍贵稀有的香果树、紫檀、亮叶永青岗，红豆杉、紫杉、木莲红椿、钟萼本、银鹊树、白蜡树、金钱松、三尖松、铁杉、穗花杉等。福建省推荐列为1－4类保护的珍稀植物，闽北有三分之二种类。 …
