是年，寻得琅邪台刻石，拓后分赠翁方纲、孙星衍、钱大昕等人。
是年，书《古体诗》
乾隆六十年（乙卯） 1795年 三十二岁
九月升授内阁学士兼礼部侍郎
为王士祯书墓道碑。四月，所著《仪礼石经校勘记》刻成。八月，奉旨调任浙江学政。九月，毕沅为媒，聘孔璐华为阮元继室。十月二十三日，黄承吉、江藩、焦循、李斗在扬州虹桥净香园为阮元饯行，雨中泛游瘦西湖，奚冈绘《虹桥话旧图》记实。
是年，赵魏在阮元幕中助其校订《山左金石志》等。
嘉庆元年（丙辰）1796年 三十三岁
正月，征刻《准海英灵集》，撰《小沧浪笔谈》。七月，修朱彝尊曝书亭。
是年，作《曹岳竹垞图卷题跋》。
嘉庆二年（丁巳） 1797年 三十四岁
正月，始修《经籍纂诂》。始撰《畴人传》。夏六月，《七经孟子考文》刻成。闰六月，纳妾谢氏。八月上巳，兰亭修禊，同人赋诗。
是年，摹刻天一阁拓北宋《石鼓文》，嵌于杭州府学明伦堂壁间。冬，《山左金石志》刻成。
嘉庆三年（戊午）1798年 三十五岁
正月，修《淮海英灵集》成。四月，辑《两浙輶轩录》成。六月，《曾子十篇注释》撰成。刻《小琅嬛仙馆叙录书三种》。八月，补授兵部右侍郎，后又调补礼部右侍郎。《经籍纂诂》书成。
是年，作《乾嘉名人合书屏》。九月，解浙江学政任入都觐见，途经苏州，王昶邀其游虎丘。
嘉庆四年（己未）1799年 三十六岁
正月，兼兵部左侍郎。三月，调户部左侍郎。充经筵讲官。充己未科会试副总裁，总裁朱珪属阮元一人批阅文策，论者谓得士如鸿博科，计209人，张惠言、陈寿祺、王引之、姚文田等均是此科所得。六
月，《广陵诗事》撰成。七月，兼礼部左侍郎。九月，兼管国子监算学。十月，《畴人传》成。奉署浙江巡抚，成亲王永瑆、大学士刘墉等有诗文送行。十二月，《经籍纂诂》刻成，钱大昕、王引之作序。冬，为张叔未作《行书项圣谟题画诗轴》，洒金笺。
嘉庆五年（庚申）1800年 三十七岁
正月，奉谕实授浙江巡抚。四月，书《大禹陵庙碑》，隶书。六月，《定香亭笔谈》刻成。十一月，立阮氏宗祠于扬州公道桥旧里，亲书楹联三副，一为“鲁浙试文章，杜绝院棚关节；江湖种芦稻，筹开祭赡章程”，二为“文秉枢衡；武承嗣荫”，三为“恩传三锡；家衍千名”。是年，作《隶书屏》。
是年，作《筹海诗册》。
嘉庆六年（辛酉）1801年 三十八岁
正月，立诂经精舍，延请王昶、孙星衍主讲。陈鸿寿、张鉴均为讲学之士。《两浙防护录》撰成。四月，《经籍纂诂补遗》撰成。五月初九日，夫人生子阮凯。十二月二十七日，妾谢氏生子阮福。是年，《广陵诗事》刻成。夏六月，朱朗斋、陈鸿寿共同为阮元刊刻《两浙輶轩录》。
是年，段玉裁在阮元幕中，主定《十三经校勘记》。
嘉庆七年（壬戌）1802年 三十九岁
正月，《浙江图考》撰成。刻《诂经精舍文集》。纳妾唐氏。三月，《宋王复斋钟鼎款识》摹刻成。隶书考释、题跋。七月，夫人生女阮安。九月，置西汉定陶鼎于镇江焦山。十一月，撰集《皇清碑版录》。凉秋月，书《砚铭》，隶书89字，首句为“自有天然砚，山林景可嘉。”——广东省博物馆藏。
嘉庆八年（癸亥）1803年 四十岁
正月，立宁海安澜书院。二月，为朱珪刻《知足斋集》。（阮元曾先后为钱辛楣、谢东壁、张皋闻、汪容甫、钱溉亭、刘端临、凌仲子、焦里堂等学者刻书数十种。）八月，子阮凯卒（1801年生，3岁）。
是年，作《奚冈弢光庵设色花卉合卷题跋》。
嘉庆九年（甲子）1804年 四十一岁
正月，修《海塘志》成。五月，在杭州“苏公祠”边建“白公祠”，屠倬即席赋诗呈阮元，阮元书“白苏二公祠”匾额，并书联“但有人家有遗爱；曾将诗句结风流。”春，为山民待诏翰林作《行书七言联》。联为“叙出玉台徐孝穆，吟成渔具陆天随。”五月，刘氏生子阮祜。八月，《积古斋钟鼎彝器款识》刻成。九月，在扬州旧城文选楼北兴仁街建阮氏家庙，书《扬州阮氏家庙碑》九月，作《嘉禾图跋》。初冬，为郑乡年兄作《王学浩滦水联吟图卷题跋》，行书，二十六行。
是年，为平原作《行书轴》，纸本。
嘉庆十年（乙丑）1805年 四十二岁
正月，嘱元和何元锡修《两浙金石志》成，此稿后在粤删刻。闰六月二十五日，父阮承信卒于浙江官署（1734年生，72岁），阮元解职归扬州三年。（《阮公湘圃暨妻林太夫人合葬墓志铭》为孙星衍撰、梁山舟书。）七月初二日，孔夫人生子阮祎，后改名孔厚。十二月，隋文选楼在扬州落成，《揅经室集》有《扬州隋文选楼记》。两江总督铁保为书“隋文选楼”石额，今存扬州高旻寺中。伊秉绶为书漆联“七录旧家宗塾；六朝古巷选楼”。
是年，伊秉绶为扬州府知府，与阮元颇多交往。（《揅经室四集》诗卷十《伊墨卿太守由闽赴都过南昌赋别》诗中有句：“洪都三日住，淮海十年情。”有自注云：“嘉庆乙丑，余丁忧回扬州，时墨卿同年为扬州太守，旋以忧去官。”）
是年，《天发神谶碑》毁于火。
嘉庆十一年（丙寅）1806年 四十三岁
因阮氏墓庐在“雷塘”，始署“雷塘庵主”，并自刻“雷塘庵主”小印。
四月，重修《皇清碑版录》。六月，扬州太守伊秉绶嘱重刻石鼓十石于扬州府学。十月，撰《十三经校勘记》刻成。
是年，与伊秉绶议编《扬州图经》、《扬州文粹》。
是年，登甘泉山，于惠照寺台阶下得石，一石有“中殿第廿八”五字，一石有“第百册”三字，经与翁方纲、伊秉绶、江藩等人辩识，定为西汉厉王刘胥造宫殿用石，早于曲阜“五凤二年石”，伊秉绶将之运于扬州府学。
是年，途经扬州二郎庙菜园，发现古井栏，考为南宋淳熙十年古井栏，后移至准提庵内。
嘉庆十二年（丁卯）1807年 四十四岁
正月，编《瀛舟书记》成。在扬州雷塘寻出隋炀帝陵，亲为立石，并请扬州府知府伊秉绶书碑。
是年，拓《周散氏南宫大盘》数本赠伊秉绶等人，并模铸两盘，极肖，一藏扬州府学，一藏阮氏家庙。同年，又摹刻《石鼓》于扬州府学明伦堂。
是年，于扬州北郊古兴教寺南水塘中得八角石柱，考为唐杜佑题名故物，因原字泯灭，重书题名，移置寺前，以恢复旧观，并于石上题识。十月，入京，进《四库未收书六十种》。十一月，奉上谕补授兵部右侍郎。
嘉庆十三年（戊辰）1808年 四十五岁
三月二十八日，抵杭州接印，再任浙江巡抚。
是年，购得钱东壁所藏《西岳华山碑》四明本拓片。命阮亨、王豫编《续淮海英灵集》。
嘉庆十四年，（己巳）1809年 四十六岁
九月，受浙江学政刘凤诰科场舞弊案牵连，革职。上谕曰：“……明系袒庇同年，阮元止知友谊，罔顾君恩，轻重倒置，不可不严行惩处，即著照部议革职。”长夏，命海盐吴厚生在杭州摹刻《兰亭》，归置扬州北门外古木兰院中，以还故迹。
是年，属长州吴雪锋摹刻《西岳华山碑》四明本、《泰山刻石》及《天发神谶碑》于扬州北湖祠塾。同时将欧阳修书《华山碑跋》补刻于四明本所缺百字空处。
嘉庆十五年（庚午）1810年 四十七岁
正月，自编《十三经经郛》。四月，奉旨补授翰林院侍讲。九月，充署日讲起居注官。十月，兼国史馆总辑，辑《儒林传》。《畴人传》写定。
正月，金正喜造访阮元，阮元以为“非常英物”，延请他至泰华双碑之馆，以稀代名茶龙团胜雪款待，并观赏了《华山庙碑》及《唐贞观造像铜碑》等。二月一日，阮元、朱鹤年、李鼎元、翁树昆、刘华东、李林松等在法源寺为金正喜设宴饯行。
是年，携《西岳华山碑》四明本至京师，装裱成轴，在桂香东少宰家借钩长垣本百字补于缺处并记以长诗，清明日，楷书作《西岳华山碑四明本跋》于衍圣公第中。夏，阮元以四明本与长垣本相较。冬十月廿一日，又与关中本相较，此时又以三本聚于城南龙泉寺，较读竟日。…
