挫败王琳
陈霸先立萧方智为帝后，王琳不服，于太平二年（557年）五月，大治船舰，将攻陈霸先。六月，陈霸先命平西将军周文育、平南将军侯安都等领水
军2万会师于武昌（今属湖北武汉）征讨王琳。十月，侯安都进抵武昌，王琳部将樊猛弃城退走。周文育军由豫章（今江西南昌）进至武昌，与侯安都会师，得知陈霸先废萧方智自立为帝，侯安都认为师出无名，又因两将并行，不相隶属，部下交争，以致围攻郢州（今湖北武汉）不克。王琳军进至弇口（今湖北武汉西南），侯安都乃撤围移军至沌口（今武昌），仅留沈泰守汉曲（即汉口），侯安都遇风不得进，与王琳军对峙数日后交战，侯安都军大败。周文育、侯安都等均被俘，仅沈泰退走。王琳军移驻郢州，又派部将樊猛袭占江州（今江西九江）。
永定二年（558年）正月，王琳率兵10万进至湓城（治所江州，今江西九江），驻扎白水浦（九江西），北江州刺史鲁悉达据地自保，控制中流，王琳欲东下，不敢，乃向北齐求援，请立梁永嘉王萧庄返江南，即帝位，改元天启。萧庄以王琳为梁侍中丞相、录尚书事。六月，陈霸先再遣侯填、徐度率水军攻王琳，又另派谢哲前往游说。八月，王琳同意退军湘州（今湖南长沙），陈霸先召众军还驻大雷（今安徽望江）。
建国去世
萧方智在位期间“征伐有所自出，政刑不由于己”，受陈霸先控制。梁太平二年（557年）十月，梁敬帝萧方智禅位于陈霸先，如释重负，南梁灭亡。陈霸先称帝，改元永定，国号陈，是为陈武帝。 史称南朝陈。
陈永定三年（559年）六月十二日，武帝生病。六月二十一日病逝。遗诏追临川王陈蒨入纂大统。八月甲午，群臣上谥号曰武皇帝，庙号高祖。丙申，葬万安陵今南京郊区。
陵墓被掘
据史书记载，陈亡后，陈霸先政敌王僧辨之子王颁，纠集其父旧部，夜掘陈武帝陵，破棺焚尸，并将骨灰倒于池塘中，命上千人喝掉，极尽污辱，万安陵被彻底掘毁，成为轰动一时的大事。后世文人过此，莫不感慨万端。
人物评价
总评
《陈书》对陈霸先青少年时有这样的评
价：倜傥大度，志度弘远，不理家产，“明达果断，为当时所推服，”又称陈霸先“及长，涉猎史籍，好读兵书，明纬候、孤虚、遁甲之术，多武艺。”
陈霸先生逢乱世，尽管身经百战，收拾的却是百废待兴的江山，在位三年，任贤使能，政治清明，江南局势渐趋稳定。
陈霸先在抵御落后势力摧残，维护社会稳定，恢复南方经济，保护华夏传统文化等方面，做出了历史的贡献，是中国古代的政治家和军事家。 而且，就陈霸先治国、治军、从政、为人的自身品格来讲，更是中华民族优秀文化的杰出代表。陈霸先不仅是一代开国皇帝，他还具有彪炳千古的贤明人格。
历代评价
轶事典故
鸭肉胜仗
梁太平元年（公元556年）六月，北齐大军进兵梁都建康，陈霸先想动员士兵，鼓舞士气。然而士兵个个饥饿不堪，根本无法出战。就在陈霸先一筹莫展的时候，陈蒨奇迹般的送来了三千斛米、一千只鸭。陈霸先大喜过望，立即命令煮熟，发给每个人一包用荷叶裹的饭，中间夹着几块鸭肉。士兵们填饱了肚子，振作精神，拼死一搏。最终，这场力量悬殊的战争最终以南方政权的获胜而告终，南方战士们竟然在一块鸭肉的鼓舞之下战胜了南下的蛮族铁骑。以少胜多的战例在军事史上并不少见，但是用一块鸭肉鼓舞士气的事例却是很少。
裔布天下
陈氏后裔派系众多。其中“开漳圣王”陈元光一支，名声较大。此外还有“北庙派”、“南院派”、“忠顺世家”、“南康世家”、“颍川世家”、“颍川堂”、“江州义门”、“鹰扬将军后”等各种堂号。不管称呼如何，都与隋朝时候众多陈氏子弟面向全国的一次强势分布有关。 鸦片战争时候的陈化成、清末的陈天华、辛亥革命的陈其美、民国元老陈果夫、陈立夫、为创建新中国立下丰功伟绩的陈独秀、陈云、陈毅等，都是陈霸先的后裔。
