天文历算
黄宗羲精通天文历算和数学。他用推算日食的方法和阎若璩等人考证古文《尚书》是系古人伪作，给当时思想界带来很大震动。黄宗羲通过对照《国语》，认为古文《尚书·汤诰》是后人“误袭周制以为《汤诰》”。并得结论“今因推日食于昭十七年六月”（鲁昭公十七年夏六月甲戌朔日），“可见《夏书》本文不同孔书、左氏而非伪也，则不能不致疑于古文矣”。西人FredEspenak的数据表明黄宗羲的推算完全正确。
沈括之说， 世后没人怀疑。黄宗羲作《春秋日食历》，对此观点进行进行了分析和修正。黄宗羲用西汉三统历推算出鲁庄公十八年二月是否有闰，并用授时历并参考西方历法，说明了比月频食是不可能发生的。黄宗羲发现《春秋》中记载的两次比月食都是“前食而后不食”，并论证了《春秋》中鲁襄公二十四年有关月食的记录是错误的，而鲁庄公十八年三月日食记录是可靠。
黄宗羲用历算的方法对武王伐纣的确切年代进行了探讨，写有《历代甲子考》。他重新推算了孔子的确切生辰日期，并论证了周正建子和周历改月。
黄宗羲参考西方天文学中本均轮的理论（托勒密的理论）考察了中国“日高于月”的说法。
数学地理
黄宗羲在有限性、无限性的观念认识上亦有所建树。他在数学上纠正了朱熹《壶说书》中的相关错误。分析了明朝流行的算盘和《数术记遗》中记载的计算器的区别。他对乡射侯制进行了详细数学分析。黄宗羲亦对中国和西方数学进行了平行比较，但由于时代的局限性，他认为西方数学中的一些概念方法不过是对中国古代算术的窃取和修改。
黄宗羲详细刊校了《水经注》，批驳了“分野说”。
文学历史
黄宗羲主张文学应当反映现实社会，表达作者的真情实感，这具有现实主义的特点。不满明代文学的刻意摹拟，摘抄剽窃之风。黄宗羲详细注解了蔡元定乐律学，纠正了朱熹注《孟子》中的相关乐律错误。
作为浙江史学的开创者，黄宗羲主要在三个方面对浙东史学作出了自己的贡献。经世致用是儒家的一个根本看法。做为一个儒者，黄宗羲无论是研究经学，还是史学，都主张一个“经世致用”。在他看来，史书所载绝非仅是史料一堆，而是蕴含着“经世之业”的阐述，“夫二十一史所载，凡经世之业，无不备矣”（《补历代史表序》）。所以，研究历史既是为了总结历史发展的经验，更是为现实社会发展提供理论依据和历史借鉴。基于这种治学目的，黄宗羲在史学研究上主张“寓褒贬于史”，他认为史必须扬善惩恶。如果善恶不分，忠奸不辩，甚至颠倒是非，混淆黑白 。史书的作用之一，即必得发挥其特有的扬善惩恶功能。
黄宗羲对明史的研究就其著述成果而言，可以分为两部分：一是所撰的《弘光实录钞》四卷、《行朝录》三卷；二是搜集史料选编的、卷帙浩繁的《明史案》二百四十二卷，《明文案》二百十七卷，及增益《明文案》而成的四百八十卷的《明文海》。在明史的研究中，黄宗羲形成了他的史学研究方法论。主要有三个方面：首先，黄宗羲十分注重史料的搜集。而且，他的史料概念十分宽阔，不仅包括历史人物、事件、典章法令等，也包括建置沿革、山川变异，甚至是乡邦文献所记的亭台楼阁也作为史料予以考证、保存。其次，黄宗羲在史学研究中还十分注重真实性。对所得史料总要广证博考、去伪存真，才加引用，并力求客观地作出合乎历史真实面目的论述。即使对自己昔日积累的史料，也决不轻率运用，同样要予以核实，以确保其无误。再者，黄宗羲十分注重史学主体即史学家在治史中的作用。表现为这样几个方面：一是要求史学主体通过自己的思维运作确保史学研究的客观性，以真实地揭示历史的本来面目；二是史学主体在史学研究中应当有自己的是非观，不仅要“寓褒贬于史”，还得对历史事件作出中肯的评价；三是要求史学主体以饱含自身情感的笔写出历史的过程。
黄宗羲的《明儒学案》是具有划时代意义的哲学史专著。它开创了中国编写学术思想史的先河，标志着中国学术史体裁的主要形式——学案体臻于完善和成熟。黄宗羲的《明儒学案》以及其后开始草创、并由后人和学生共同合作完成的《宋元学案》这两部著作在中国史学史上有非常重要的地位，他开创了中国史学上的新体裁，即“学案体”。学案体以学派分类的方式介绍一定时代的学术史，这种体裁被清人取用，成为编写中国古代学术史的主要方式。全书共立案十九个六十二卷，计叙述学者二百余人。从所列的人物看，除刘基、李贽、何心隐外，《明儒学案》基本上把所有明代重要思想家都包罗进去了；从学派上看，既叙述了以王阳明为代表的心学各派，又叙述了以吴与弼、胡居仁、娄谅为代表的程朱理学各派；从哲学性质看，既叙述了吴与弼、王阳明等唯心主义思想家，也叙述了罗钦顺、王廷相等唯物主义思想家。是中国第一部系统的内容丰富的哲学史专著。
个人著述
黄宗羲一生著述大致依史学、经学、地理、律历、数学、诗文杂著为类，多至50余种，300多卷，其中最为重要的有《明儒学案》《宋元学案》《明夷待访录》《孟子师说》《葬制或问》《破邪论》《思旧录》《易学象数论》《明文海》《行朝录》《今水经》《大统历推法》《四明山志》等。黄宗羲生前曾自己整理编定《南雷文案》，又删订为《南雷文定》《文约》。
浙江古籍出版社2005年刊印的《黄宗羲全集》（12册），精装，沈善洪主编，吴光执行主编，是收集黄宗羲诗文最全的版本。
人物评价
黄宗羲自云：初锢之为党人，继指之为游侠，终厕之于儒林。
马叙伦称道黄宗羲是秦以后二千年间“人格完全，可称无憾者”的少数先觉之一。 顾诚在《南明史》批判黄宗羲的基本论点只是一句话，东林人士是“君子”，与东林异调者为“小人”。
夏允彝《幸存录》书中说：“东林之持论高，而于筹边制寇，卒无实着。”黄宗羲真不愧是刘宗周的弟子，反驳道：“夫筹边制寇之实着，在亲君子远小人而已。”
中国国务院温家宝：我喜读黄宗羲著作，在于这位学问家的思想有着朴素的科学性和民主性。身为天下人，当思天下事。而天下之事，莫过于万民之忧乐了。行事要思万民之忧乐，立身要先天下之忧而忧，后天下之乐而乐。我应谨记这些道理，并身体力行。
清华大学教授秦晖：黄宗羲的思想本身当然也有缺陷，但他在民权理论上确实有超越卢梭的地方。
东方网（《不可忘记黄宗羲》）：他猛烈抨击封建君主专制制度，表示“君主以天下之利尽归于已，以天下之害尽归于人”，得出君主专制是“天下之大害”的结论。黄宗羲从民本到民主思想的发展，促进了十九世纪末维新派要求兴民权，实行君主立宪的政治主张。历史证明，维新派的“兴民权”，孙中山的三民主义，“五四”时期的“民主与科学”，无不受到黄宗羲民主启蒙思想的影响。即使在当代中国，黄宗羲的思想对天下观与法治观、社会公仆观、权力制约观等依然具有现实意义。
杨国荣的《王学通论》：黄宗羲的致知工夫已开始由体认道德本体而向明自然之理扩展，这种转向，在某种意义上可以视为从封建理学观念向近代思维方式迈出了一步。
中国共产党新闻网（《黄宗羲的社会批判精神》）：黄宗羲的批判求实精神及力主改革的理论勇气，体现了中国传统知识分子“士志于道”、“天下兴亡，匹夫有责”的人文精神和历史使命感。今天，我们纪念黄宗羲，不仅要研究、了解黄宗羲为后人留下了哪些有意义的思想与学术遗产，更要学习黄宗羲的社会批判与思想创新的精神，为促进社会进步、推动学术文化的发展而做出应有的贡献。
光明网（《黄宗羲新民本思想的理论结构及其现代意义》）：（《留书》和《明夷待访录》）这两部堪称姊妹篇的政论专著，从政治、法律、经济、军事、文化、教育等各个方面阐述了作者的新民本思想，从而奠定了黄宗羲作为中国明清之际伟大启蒙思想家的历史地位。 …
