本书是"献给巴黎神学院的最有智慧的、最闻名的院长"。笛卡尔原本是想得到巴黎神学院的支持，借助于它的权威来论证他的理论的正确性。他在致神学院院长及神学家们的信中说："如果你们恩准并公开证明它的真理性和确实性，我想，我不会怀疑。从今以后，现在的关于这两个问题的一切错误和虚假的意见将会迅速地从人们的心灵中抹去。"这位院长虽然接受了他的诚意，但是该书在1662年还是遭到被禁印的厄运。当初笛卡尔曾经向梅色纳神父透露："形而上学沉思具有我的物理学的全部基础，但请不要张扬，否则那些亚里士多德的拥护者会故意刁难反对。我希望阅读这些沉思的人不知不觉地习惯于我的原则，使其在发现这些沉思已推翻了亚里士多德之前，已经承认它是真理。"结果亚里士多德的拥护者，还是群起攻击这个新思想。当他将六个沉思与他自己收集起来的第一组反驳(由荷兰神学家卡特鲁斯(Caterus)提出的)和自己的回答送给麦尔塞纳，希望他收集其他人的意见。结果，以麦尔赛纳为首的一批神学家向他提出了第二组反驳。第三组反驳是由英国哲学家霍布斯(Hobbes)提出的。这并不是笛卡尔的心愿，因为与这样一位异教徒和唯物主义者的联系将会使巴黎神学院反感，幸好霍布斯对笛卡尔的观点采取的是敌对态度。第四组反驳是杨森主义者阿尔诺(AArnauld)提出的。麦尔塞纳事后违反笛卡尔的心愿，将《沉思》送给了唯物主义的原子论者伽森狄(Gassendi)，伽森狄提出了一长篇反驳，并且后来对笛卡尔的回答也作了反驳。第六组反驳是由麦尔塞纳集合起来的一批哲学家、几何学家和神学家们提出的。出版第二版时，又增补了巴黎耶稣学院的教授布尔丹提出的第七组反驳，这组冗长的反驳曾使笛卡尔大为不快。这些诘难和笛卡尔本人的回答实际上是欧洲近代第一次公开的、直接的哲学论战。它们对于了解笛卡尔的哲学思想有着十分重要的意义。《方法导论》和《形而上学的沉思》发表后，笛卡尔在欧洲知识界获得了极高的声誉，同时也引起一些人的反对。荷兰乌得勒支大学的校长(沃埃特斯)曾指责他是无神论者，地方当局也谴责他有罪。1645年乌得勒支大学颁布命令，禁止出版支持和反对笛卡尔学说的著作。在法国，笛卡尔遭到他以前的教师、耶稣会的神父们的冷遇。他向他们进一步解释自己的主张，认为这些思想可以得到天主教会，尤其是耶稣会的支持。但是他的希望落了空，耶稣会最终还是正式抨击了笛卡尔主义，他的著作被列入罗马教廷的"禁书目录"。
个人成就
笛卡儿指出科学的本质是数学。他说“我尤其对数学推理的确实性与明了性感到高兴。“他强调科学的目的在于“造福人类”,使人成为自然界的“主人和统治者”。
自从欧几里德的《几何原本》问世以来，人们一直把代数限定在研究数及其关系的范畴内，把几何限定在研究位置和图形的范畴内。代数和几何截然分家持续了几千年，犹如两座高山被万丈深渊分割，连接代数和几何的桥梁将“数”和“形”紧密联系在 一起的科学就是笛卡儿创立的坐标几何学。坐标几何（后被人们称为解析几何）的基本思想是：在平面上建立起坐标系，坐标系是由两条正交的上面已标定好方向和长度单位 的直线所组成的。由于确定了坐标系，因此平面上任何一个点都可以用一对实数来表示它所在的位置，反之，任何一对实数也可用一个平面上的点来表示。这样一来图形和位置关系研究就可以通过曲线方程来转化为对数量关系和计算问题的研究。从此代数问题有了几何直观的解释，几何直观形象有利于去发现其数学的描述。笛卡儿是怎样产生坐标几何的思想的呢？据说是在1619年的夏天，笛卡儿因病进了医院，中午当他躺在病床上，苦苦思索着一个数学问题而不得其解时，忽然发现天花板上有一只苍蝇从这个地方飞到另一地方，当时天花板是用木条嵌成正方形的图形。笛卡儿发现，要说出这只苍蝇在天花板上的位置，只需要说出苍蝇所在正方形是在天花板上的第几行和第几列。当苍蝇落在第四行第五列的那个正方形时 ，他可以用（4，5）来表示 这个位置……由此他联想到可用这类似的办法来描述一个点在平面上的位置。他高兴地边跳下床边叫“我找到了，找到了”，然而不小心将被子上的国际象棋撒了一地，当他目光落到棋盘上时，他又兴奋地一拍大腿：“对，对， 就是这个图”。正是由于笛卡儿那种锲而不舍的毅力，那种勤思苦索的精神，那种献身科学的决心，使他开创了数学的新纪元，改变了科学的历史进程。可以这么说，17世纪以后，数学之所以能突飞猛进的发展，在很大程度上要归功于坐标几何学的创立。
在他的《几何学》中第一次出现变量与函数的思想.笛卡儿所谓的变量,是指具有变化长度而不变方向的线段,还指连续经过坐标轴上所有点的数字变量,正是变量的这两种形式使笛卡儿试图创造一种几何与代数互相渗透的科学。笛卡儿的功绩是把数学中两个研究对象“形”与“数”统一起来,并在数学中引入“变量”,完成了数学史上一项划时代的变革。对此恩格斯给予了极高的评价:“数学中转折点是笛卡儿的变数,有了变数,运动进入了数学,有了变数,辩证法进入了数学,有了变数,微分和积分也就立刻成为必要的了。”应该指出,笛卡儿的坐标系是不完备的,他未曾引入第二条坐标轴,即y轴。另外笛卡儿也没有考虑横坐标的负值。
笛卡儿对韦达所采用的符号作了改进,他用字母表中开头几个字母 等表示已知数,而用末尾几个字母 等表示未知数,这种表示法一直沿用至今。他还考虑过高次抛物线( ),并且给出了作摆线切线的相当精巧的方法。
笛卡儿的哲学思想受到很多人的推崇,黑格尔(Hegel)称他是“现代哲学之父”。他是将哲学思想从传统的经院哲学束缚中解放出来的第一个人,是唯理论的创始人。
在贝克曼提出“运动守恒原理”的影响下，笛卡儿开展对物理学的研究。在1644年出版的《哲学原理》一书中，它弥补了伽利略的不足，他还认为在运动量守恒这条规律之外，再要有其第二级定律两条：第一条定律是如果没有外界的作用，任何物质粒子的状态 包括它的大小、形状、位置和运动）不会有任何变化。 第二条定律是如果物体处在运动之中，那么如无其他原因的作用的话，它将继续以同一速度在同一直线方向上运动，既不停下也不偏离原来的方向。笛卡儿最早认识到惯性定律是解决力学问题的关键所在，最早把惯性定律作为原理加以确立。这对后来牛顿的综合工作有极其深远的影响。1649年10月，勒内.笛卡儿应瑞典女王克里斯蒂娜的邀请来 到瑞典首都斯德哥尔摩，为这位19岁的姑娘讲授哲学和数学，很遗憾由于笛卡儿对女王的生活习惯不适应，加上严寒冬天的威胁，这位伟大的数学家、物理学家和哲学家病倒了。1650年2月11日，这位科学巨人与世长辞了。
社会评价
笛卡儿不仅在哲学领域里开辟了一条新的道路，同时笛卡儿又是一
勇于探索的科学家，在物理学、生理学等领域都有值得称道的创见，特别是在数学上他创立了解析几何，从而打开了近代数学的大门，在科学史上具有划时代的意义。
笛卡儿的主要数学成果集中在他的“几何学”中。当时，代数还是一门比较新的科学，几何学的思维还在数学家的头脑中占有统治地位。在笛卡儿之前，几何与代数是数学中两个不同的研究领域。笛卡儿站在方法论的自然哲学的高度，认为希腊人的几何学过于依赖于图形，束缚了人的想象力。对于当时流行的代数学，他觉得它完全从属于法则和公式，不能成为一门改进智力的科学。因此他提出必须把几何与代数的优点结合起来，建立一种“真正的数学”。笛卡儿的思想核心是：把几何学的问题归结成代数形式的问题，用代数学的方法进行计算、证明，从而达到最终解决几何问题的目的。依照这种思想他创立了现代称之为的“解析几何学”。1637年，笛卡儿发表了《几何学》，创立了直角坐标系。他用平面上的一点到两条固定直线的距离来确定点的距离，用坐标来描述空间上的点。他进而又创立了解析几何学，表明了几何问题不仅可以归结成为代数形式，而且可以通过代数变换来实现发现几何性质，证明几何性质。解析几何的出现，改变了自古希腊以来代数和几何分离的趋向，把相互对立着的“数”与“形”统一了起来，使几何曲线与代数方程相结合。笛卡儿的这一天才创见，更为微积分的创立奠定了基础，从而开拓了变量数学的广阔领域。最为可贵的是，笛卡儿用运动的观点，把曲线看成点的运动的轨迹，不仅建立了点与实数的对应关系，而且把形（包括点、线、面）和“数”两个对立的对象统一起来，建立了曲线和方程的对应关系。这种对应关系的建立，不仅标志着函数概念的萌芽，而且标明变数进入了数学，使数学在思想方法上发生了伟大的转折--由常量数学进入变量数学的时期。正如恩格斯所说：“数学中的转折点是笛卡儿的变数。有了变数，运动进入了数学，有了变数，辨证法进入了数学，有了变数，微分和积分也就立刻成为必要了。笛卡儿的这些成就，为后来牛顿、莱布尼兹发现微积分，为一大批数学家的新发现开辟了道路。…
