1860年12月，南方的南卡罗来纳州首先宣布脱离联邦而独立，接着密西西比、佛罗里达等蓄奴州也相继脱离联邦。
1861年2月，他们宣布成立一个“美利坚联盟国 ”，推举大种植园主杰弗逊·戴维斯为总统，还制定了“宪法”，宣布黑人奴隶制是南方联盟的立国基础：“黑人不能和白人平等，黑人奴隶劳动是自然的、正常的状态。”
1861年4月12日，南方联盟不宣而战，迅速攻占了联邦政府军驻守的萨姆特要塞。林肯不得不宣布对南方作战。林肯本人并不主张用过激的方式废除奴隶制，他认为可以用和平的方式，先限制奴隶制，然后逐步加以废除，而关键是维护联邦的统一。在这种思想的支配下，北方政府根本没有进行战争的准备，只是仓促应战，而南方则是蓄谋已久，有优良的装备和训练有素的军队，所以，尽管北方在多方面都占有优势，但还是被南方打得节节败退，连首都华盛顿也险些被叛军攻破。
颁布重要法令
北方在战场上的失利引起了广大人民的强烈不满，许多城市爆发了示威游行，要求政府采取措施扭转战局。这时林肯才意识到，要想打赢这场战争，就必须调动农民的积极性，废除奴隶制、解放黑奴。
1862年5月，林肯签署了《宅地法》 ，规定每个美国公民只交纳10美元登记费，便能在西部得160英亩土地，连续耕种5年之后就成为这块土地的合法主人。这一措施从根本上消除了南方奴隶主夺取西部土地的可能性，同时也满足了广大农民的迫切要求，大大激发了农民奋勇参战的积极性。
1862年9月，林肯又亲自起草了《解放黑人奴隶宣言（草案）》。
1863年1月1日正式颁布《解放黑人奴隶宣言》，宣布即日起废除叛乱各州的奴隶制，解放的黑奴可以应召参加联邦军队。宣布黑奴获得自由，从根本上瓦解了南军的战斗力，也使北军得到雄厚的兵源。内战期间，直接参战的黑人达到18.6万人，他们作战非常勇敢，平均每三个黑人中就有一人为解放事业献出了生命。
1863年提出“民有，民治，民享”的纲领性口号，从而使战争成为群众性的革命斗争。有必要指出的是，《解放奴隶宣言》主张所有美利坚联邦叛乱下的领土之黑奴应享有自由，然而豁免的对象也包含未脱离联邦的边境州，以及联邦掌控下的诸州。此宣言仅立即解放少部分奴隶，但实质上强化联邦军掌控联邦的领土后这些黑奴自由的权威性，并为最终废除全美奴隶制度预先铺路。
最终获胜
这两个法令的颁布是美国南北战争（the Civil War)的转折点，战场上的形势变得对北方越来越有利了。
1863年7月1日到3日，双方在华盛顿以北的葛底斯堡展开了内战以来规模最大的一次战斗。双方激战了三天三夜，北军重创南军，使南军损失了3.6万人，从此北军开始进入反攻，而
南军只有防守了。
这年的7月4日，北军又在维克斯堡大获全胜。维克斯堡位于密西西比河上，是一个高出水面200英尺的悬崖，据守悬崖的南军居高临下，可以用炮火直接威胁河上来往的船只。如果从下面攻打这个要塞非常困难。早在1862年末，格兰特就率军在海军的协助下几次攻打这个要塞，但都没成功。1863年4月，格兰特实行了新的进攻计划，先摧毁了要塞周围的各个据点，然后包围了维克斯堡。海军也来助战，从陆地和水上同时进攻，猛烈炮击要塞，震耳欲聋的炮声一直响了47天之久。7月4日，困守要塞的南军弹尽粮绝，被迫投降，北军这一次俘虏叛军2.9万人。
紧接着，北方军队以秋风扫落叶之势，迅猛追击叛军，1865年4月3日攻占了叛军首都里士满。4月9日，叛军总司令罗伯特·李率残部2.8万人在阿波马托克斯小村向格兰特投降。历时四年的南北战争以北方的胜利而告终。
南北战争被称为继独立战争之后的美国第二次革命。林肯成黑人解放的象征。但奴隶主却对他万分仇恨。1865年4月14日晚上，林肯在华盛顿的福特剧院里看喜剧《我们的美国亲戚》时，被拥护奴隶制的狂热者约翰·威尔克斯·布斯刺杀。
林肯是一位杰出的政治家（也是一位杰出的律师），为推动美国社会向前发展做出了巨大贡献，受到美国人民的崇敬，在美国人的心目中，他的威望甚至超过了华盛顿。
枪杀去世
林肯的举动虽让美国在200多年内没有打过一次仗，但在当时得罪了许多南方种植园主和奴隶主义狂热者，刺杀林肯的约翰·威尔克斯·布斯就是一位奴隶主义狂热者，他和他的同党让林肯在无数美国人民的哀悼中死去。
由于亚伯拉罕·林肯的卓越功绩，1864年11月8日他再次当选为美国总统。然而，还没等林肯把他的战后政策付诸实施，悲剧发生了。1865年4月14日晚10时15分，就在南方军队投降后第5天，林肯在华盛顿福特剧院被枪杀。同情南方的演员约翰·布斯趁总统保镖离开之时，悄悄溜到总统包厢开枪击中了林肯。4月15日，美利坚合众国第16任总统亚伯拉罕·林肯与世长辞。
布斯出身于美国戏剧界名门之后，他高超的演技一直是女性戏迷追逐的对象。但是布斯人在戏行，心忧国家，他在政见上毫不含糊：一个坚定的南部联邦的极力支持者。内战期间，布斯就纠合了一群人暗中活动，这些人包括他的儿时好友米切尔·奥劳夫林和萨姆·阿诺德；马里兰州一个制造马车的乔治·阿茨罗德；23岁的药店员工大卫·赫罗尔德；前南部联邦战士路易斯·鲍威尔，还有一个曾经为南军提供过情报的约翰·萨拉特。这个组织曾经在华盛顿的一所公寓密谋了绑架林肯以交换南部被俘战士的计划，但这些计划都像其他许多阴谋一样，毫无结果。
林肯被刺的前两三天，布斯几乎天天酩酊大醉，他以前的那个阴谋组织支离破碎，只剩下佩因、赫罗尔德和阿茨罗德了。4月14日中午时分，他去福特剧院取邮件，无意中看到海报上说，林肯和格兰特将出席晚上的节目，布斯一阵狂喜，立即召集死党实施他们的最后计划：阿茨罗德去刺杀副总统约翰逊，佩因和赫罗尔德去刺杀日渐康复的国务卿西华德，布斯自己去枪杀总统。
布斯于晚上10点平静地进入了总统的包厢。本来包厢是有个锁的，但这锁在几天前就坏了，也没有人报告此事。由于布斯本来是个演员，所以警卫总统的人都没有为难他。警察约翰·派克本来应该是守在大厅通往包厢的必经之路上的，但是他对看戏毫无兴趣，所以躲到另一个房间去喝酒去了。
当布斯进入包厢后，他平静地把枪瞄准了林肯的左耳和背脊之间……共开枪8次，林肯被击中6次，其中5次击中要害。然而1675名观众中，只有很少人听见枪声，甚至坐在旁边的林肯夫人和几个陪同看戏的人都没有对枪声太震惊。因为布斯选择了戏剧的高潮处开枪，观众的大笑和枪声混杂在一起是很难听清的。
接下来包厢里一片混乱，布斯从包厢里跳到舞台上，转身向观众喊了句：“一切暴君 都是这个下场。”这是弗吉尼亚州的名言。林肯遇刺后，布斯一直向南逃，但由于政府展开了全国性的搜查，布斯被发现在一个锁着的猪圈里，最后被外面的人员的枪打死了。死后的几十年内，有很多人声称自己才是真正的布斯，还有一个人间隔几十年两次声称自己是布斯，但其实都是因为这些人想通过于此来出名，从这些事可以反映出林肯在美国人心目中的地位极高。
人物轶事
（一）林肯经常开玩笑。早在读书时，有一次考试，老师问他：“你愿意答一道难题，还是两道容易的题目？”林肯很有把握地说：“答一道难题吧。”“那你回答，鸡蛋是怎么来的？”“鸡生的。”老师又问：“那鸡又是从哪里来的呢？”“老师，这已经是第二道题了。”林肯微笑着说。
（二）林肯当过律师。有一次出庭，对方律师把一个简单的论据翻来覆去地陈述了两个多小时，讲得听众都不耐烦了。好不容易才轮到林肯上台替被告辩护，他走上讲台，先把外衣脱下放在桌上，然后拿起玻璃杯喝了两口水，接着重新穿上外衣，然后再脱下外衣放在桌上，又再喝水，再穿衣，这样反反复复了五六次，法庭上的听众笑得前俯后仰。林肯一言不发，在笑声过后才开始他的辩护演说。…
