经济领域的改革，一是清丈全国田亩；二是推广“一条鞭法”。万
历六年（1578年）十一月，朱翊钧下令在福建行省进行试点。 至万历八年（1580年）九月，福建“清丈田粮事竣”。 朱翊钧与张居正因势利导，趁热打铁，立即通行全国清丈。户部奉旨就清丈范围、职责、政策、方法、费用、期限等制定了八项规定，于同年十一月下发各地。至万历十年（1582年）十二月，各省均按三年期限基本完成，总计支出新增一百四十余万顷。 推广“一条鞭法”，是当时经济改革的又一个重要举措。万历九年（1581年），一条鞭法已在全国各地“尽行之”。这标志着整个张居正改革已经取得了重大胜利。
万历朝的前十年，在幼年朱翊钧的支持下，张居正在政治上、经济上进行大刀阔斧的改革，政府面貌焕然一新，经济状况也大为改善。万历十年（1582年）六月，一代名臣张居正病逝，朱翊钧从此开始亲政。 这次改革，始于万历元年（1573年），至万历十年（1582年）基本结束。它是明中叶以来地主阶级革新自救运动的继续和发展，也是明后期政治、经济关系新变动的深刻反映。其范围，覆盖政治、经济诸方面。具体步骤是，前五年以政治改革为重点，后五年以经济改革为主要任务。十年改革取得了非常大的成就，扭转了正德、嘉靖两朝以来形成的颓势。
朱翊钧亲政后，主持了著名的“万历三大征”。先后在明王朝西北、西南边疆和朝鲜展开的三次大规模军事行动；分别为李如松（李成梁长子）平定蒙古人哱拜叛变的宁夏之役、李如松，麻贵抗击日本丰臣秀吉政权入侵的朝鲜之役，以及李化龙平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，巩固了汉家疆土。 后世有说明军虽均获胜，但军费消耗甚钜。而三大征实际军费则由内帑和太仓库银足额拨发，三大征结束后，内帑和太仓库仍有存银。
万历怠政
万历十四年（1586年）十一月，朱翊钧开始沉湎于酒色之中 ，身体虚弱，每况愈下。因此，朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。“万历三大征”中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。同年，礼部主事卢洪春奏曰：朱翊钧“日夜纵饮作乐”。从同年起，为争立皇太子，演成了旷日持久的“国本之争”。
明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛
一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。 在东林党争无休无止之时，由于明神宗私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。福王之国洛阳刚刚过了一年，万历四十三年（1615年）五月初四日酉时，又发生了晚明历史上著名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称“梃击案”。起初，皇太子也以为“必有主使”。是时，郑贵妃一再指天发誓，自明无他。朱翊钧见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人。并特地为此于同月二十八日，一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场 。
因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。 万历十七年（1589年），朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象。 至于贪财一事，朱翊钧他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜括民财。
万历二十五年（1597年），右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样。” 以至于朱翊钧在位中期以后，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间。万历四十年（1612年），南京各道御史上疏：“台省空虚，那些致力于废除掉，皇上深居二十多年，从来没有一个接见大臣，天下将要沦陷的忧虑。” 首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。万历四十五年（1617年）十一月，“部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人。”
万历中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局。
与世长辞
参见：萨尔浒战役
就在朱翊钧宗晏处深宫，“万事不理”，导致从内廷到外廷闹得不可开交之际，辽东后金迅速崛起，不断出兵南犯，向明军发动进攻，辽东战争爆发。万历四十四年（1616年）正月初一日，后金政权正式建国，终于成为明朝的主要威胁。自此明朝辽东的形
势也随之每况愈下。尤其是经过东征援朝战争和矿税使高淮乱辽以后，辽东边防空虚，军民困甚，供应艰难，加上明神宗用人不当，明军屡屡败北。万历四十七年（1619年）三月，萨尔浒之战，明军四路大军，三路全军覆没，丧师九万，败局遂成。辽东战争每年约需银四百余万两， 朱翊钧为了应付这笔庞大的军费，自万历四十六年九月起，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。明末三饷（辽饷、剿饷、练饷）加派开始。加派非但无济于事，反而激起了全国人民的强烈不满，纷纷投入反对明朝的革命洪流。朱翊钧自己也因此情绪低落，愁眉不展。
万历四十八年（1620）三月，朱翊钧因长期酒色无节，加上辽东惨败，国事困扰，终于病重不起。七月二十一日，在弘德殿咽下了最后一口气，终年五十八岁。二十二日发丧，二十三日颁布遗诏，命皇太子朱常洛嗣位。九月初十日尊谥号神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，庙号神宗。十月初三日，安葬于定陵。
为政举措
政治
万历初年的政治改革主要措施是“考成法”，是万历元年（1573年）推行的。它是针对官僚作风和文牍主义而提出的，意在“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”，提高朝廷机构办事效率。按照考成法的要求，事必专任，立限完成；层层监督，各负其责。明神宗说：“事不考成，何由底绩。”其特点是改变国家机构的运作机制：以内阁监控六科，六科监控部院，部院监控地方抚按，最后使“部权尽归内阁”。六科和部院原是直接向皇帝负责，把它们变为受内阁制约，听从内阁指挥，实有悖于祖宗旧制，实质上是将一部分皇权转移到内阁。这是张居正对明代官制的一次重大变革。
隆庆六年（1572年），朱翊钧即位，关于早朝这一仪式有了折中的变通办法。根据大学士张居正的安排，一旬之中，逢三、六、九日早朝，其他日子则不朝，以便年轻的皇帝可以有更多的时间攻读圣贤经传。这一规定执行以来已近15年，越到后来，圣旨免朝的日子也越来越多。与此同时，其他的礼仪，如各种祭扫，皇帝也经常不能亲临而是派遣官员代祭。实际上，神宗的早朝，即使按规定举行，较之前代，已经要省简多了。首先是早朝的地点很少再在正殿，而且在一般情况下早朝人员都不经午门而集结于宣治门，所有骏马驯象的仪仗也全部减免不用。其次，御前陈奏也已流于形式，因为所有陈奏的内容都已经用书面形式上达，只有必须让全体官员所知悉的事才在早朝时重新朗诵一过。 …
