孝宗“恭俭有制，勤政爱民”，其中可能有溢美之词，不过，与前后几朝相比，弘治时期的朝政的确算是清明的。
明代历朝国家赋税收入，洪武、永乐、宣德三朝为高峰。正统年间，由于将江南重赋官田改依民田起科，赋税收入锐减至二千六百余万石。从此以后，景泰、天顺、成化始终徘徊于二千五百万至二千六百万石之间，而弘治朝却增至二千七百万石，成为明中叶赋入高峰。其实这不仅是赋税的增加，人口也一直在比较稳定地增长，从弘治元年（1488年）至弘治八年（1495年），人户由9113630户增至10100279户，至弘治十四年（1501年）更增至10408831户，弘治十七年（1504年）达10508935户，人口数则由弘治元年（1488年）的50207934口，增至弘治十七年（1504年）的60105835口。
弘治元年（1488年），他采纳大臣的建议，开设大小经筵 。这一制度是在正统初年制定的，大经筵，每月逢二、十二、廿二日举行，主要是一种礼仪；小经筵又称日讲，君臣之间不拘礼节，从容问答，是重要的辅政方式。大小经筵制度，在宪宗朝时一度废置。孝宗开始坚持日讲 ，同时，又在早朝之外，另设午朝，每天两次视朝，接受百官面陈国事。孝宗勤政图治的做法，与他父亲的怠于朝政形成鲜明的对照。由于孝宗锐意求治，朝廷上下，文武百官纷纷上言，或痛陈时弊，或广进方略。马文升上时政十五事，包括选贤能、禁贪污、正刑狱、广储积、恤士人、节费用、抚四裔、整武备等诸多方面，孝宗无不大为赞赏，一一付诸实施，这对弘治朝兴利除弊起了积极的作用。
军事
朱祐樘重视军事，极力维护国家统一。他在位时期，明军先后三次收复哈密，其中第三次也是规模最大的一次武力收复。羽奴思统治国吐鲁番地区后，开始与明朝争夺对哈密地区的控制权。1488年，朱祐樘令罕慎袭封哈密忠顺王 ，“给金印，冠服”，对新疆的实际控制。同年，羽奴思之子阿黑麻躬至哈密城下，诱罕慎盟，执杀之，复据其城，而遣使到明朝入贡 。明朝识破其诡计，只得献还哈密金印。1493年，阿黑麻再次攻占哈密 ，令其尊长牙兰守护哈密，并不时抢掠沙州等地威胁各卫归顺，为患不已。1497年，明马文升前往平抚，汇同河西诸卫及诸部落族数千人，袭哈密城，牙兰等人逃跑，哈密收复 。当时朝廷中有人主张放弃哈密，但朱祐樘主张坚决出兵收复哈密，并立即委派马文升为元帅，大败吐鲁番军，收复了哈密 。
他爱护武将，如马文升在兵部尚书任上，一次就罢免了三十多名不合格的军将，得罪了许多人，朱祐樘坚定地支持马文升整军，甚至还特地派一些大内侍卫保护马文升。他下令命任何人不得役使团营军士。对鞑靼小王子、火筛的反复多次入侵 ，均进行有效打击，使其败走。最著名的战役有：1488年都指挥廖冰击败小王子于兰州 。1497年甘肃总兵官刘宁败小王子于凉州、1500年甘肃参将杨翥败小王子于黑山、1503年朱晖袭小王子于河套。
朱祐樘奉行和平政策，采取积极防御抗战的战略。特别是鞑靼小王子，时战时和，不时侵扰明境。朱祐樘统治期间，对鞑靼小王子、火筛等的多次入侵只是采取抗战驱赶之策，没有劳师远征，没有深入沙漠主动出攻击小王子、火筛老巢，更没有主动对邻国发动大规模征战。对此，史家褒贬不一。但其他邻邦或属国如安南、暹罗、乌斯藏、琉球、占城、撒马儿罕、火剌札、爪哇、日本等，则不定期来明朝入贡 。
明代自正统以来，军事武备逐渐走向衰落，京军疲惫，边防松弛。为振兴军备，明孝宗依靠以马文升为主要代表的朝臣，在京军整顿与边备守御上做了种种努力，采取一系列措施，在一定程度上提高了军队战斗力，多少改变了边备空虚的弱态，为"弘治中兴"赢得了相对安定的外部环境。但因积弊年深日久，弘治一朝的军队和边防问题依旧百弊丛生，这些小修小补更加难以扭转明朝军事力量日益衰落的趋势。
人物评价
总评
朱祐樘此人人品极佳，提倡一夫一妻制。一生无大作为，但是很稳定，不胡来，比较勤政，尊敬大臣，做了很多为民的善政。这样的皇帝虽然不能名声远扬，但是能够让自己的子民真正享受到安了。
他也是明代中叶励精图治的明君。朱祐樘的政绩诚然卓越，但最让人感动的，是他的宽厚仁慈，不管对谁，他都是宽厚对待，甚至包括他的仇人。
史书评价
《明史》：明有天下，传世十六，太祖、成祖而外，可称者仁宗、宣宗、孝宗而已。仁、宣之际，国势初张，纲纪修立，淳朴未漓。至成化以来，号为太平无事，而晏安则易耽怠玩，富盛则渐启骄奢。孝宗独能恭俭有制，勤政爱民，兢兢于保泰持盈之道，用使朝序清宁，民物康阜。《易》曰：“无平不陂，无往不复，艰贞无咎。”知此道者，其惟孝宗乎！这在《明史》多用史笔贬低明朝皇帝中是比较少见的。
历代评价
